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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » DS/Sybyl/Autodock » 求助：本人新手，想分段同源建模，不知道用什么软件和方法？
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scusmf

铁虫 (初入文坛)

[求助] 求助：本人新手，想分段同源建模，不知道用什么软件和方法？

想同源建模一个蛋白分子，有一级结构，在DS和SWISS-model上自动建模过，但是都只有部分残基被建模，现在想将序列分段开来建模，再最后连接在一起，即蛋白片段的在组装，不知道有没有高手做过这方面的工作，需要用什么软件，具体方法是什么？求高手指点一二，不胜感激！

[ Last edited by scusmf on 2012-3-1 at 16:44 ]
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1楼 2012-02-27 17:01:24
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回帖支持 ( 显示支持度最高的前 50 名 )

郝明

新虫 (正式写手)
★ ★ ★ ★ ★
jiaoyixiong(金币+5): 鼓励多多交流，共同进步 2012-03-08 14:41:08
可以用PredictProtein  和Jpred 也可以用sybyl 中的 biopolymer模块  针对不同部分分别模建 我也是新手 希望对你有点帮助
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3楼2012-03-08 14:35:27
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普通回帖

scusmf

铁虫 (初入文坛)
有没有这方面的大神来帮帮忙啊，给点建议也行啊。
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2楼2012-03-06 16:11:20
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scusmf

铁虫 (初入文坛)
谢谢你的回复，我想再问下，你说的这些软件在建模好了之后是不是自带将分段的模型拼接在一起的功能，可信度高吗，我这几天看了下文献，发现建模后的拼接过程好像很麻烦。
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4楼2012-03-09 09:32:30
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aqiao

新虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
scusmf: 金币+2, ★有帮助 2012-03-20 14:48:31
zh1987hs: 金币+2, 谢谢 2012-03-20 16:53:53
DS可以做到的。用align sequnces profile
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5楼2012-03-20 09:47:13
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scusmf

铁虫 (初入文坛)
引用回帖:
5楼: Originally posted by aqiao at 2012-03-20 09:47:13:
DS可以做到的。用align sequnces profile

我去试试看，有什么不懂的再问下哈
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6楼2012-03-20 14:48:55
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郝明

新虫 (正式写手)
你好 分段模建完后你组合到一起了吗 用的sybyl哪块组建的啊
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7楼2012-03-29 08:48:35
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scusmf

铁虫 (初入文坛)
引用回帖:
7楼: Originally posted by 郝明 at 2012-03-29 08:48:35:
你好 分段模建完后你组合到一起了吗 用的sybyl哪块组建的啊

我也是不知道怎么将这些蛋白片段组合起来，中间有一些空缺的位置不知道怎么填补，你有什么好方法能分享下吗
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8楼2012-03-29 17:16:08
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郝明

新虫 (正式写手)
★
chaizhm: 金币+1, 谢谢~ 2012-04-05 16:37:09
模建好的有些地方连不起来吗 有数据库的话应该在模建的时候就能连起来
我特别想知道怎么把两端结合到一起
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9楼2012-04-05 14:44:15
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Tavel

铜虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
zh1987hs: 金币+2, thank you 2012-04-07 18:45:19
scusmf: 金币+2 2012-04-09 09:49:24
你可以用SYBYL中的APM（Advanced Protein Modeling）模块,，它是分步进行模建的，先构建骨架，再构建LOOP区，然后构建侧链......
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10楼2012-04-07 17:22:30
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