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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » DS/Sybyl/Autodock » 【求助】从同源建模开始，一个完整的分子对接实验需要多久？
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lzrlt

铁虫 (初入文坛)

[交流] 【求助】从同源建模开始，一个完整的分子对接实验需要多久？已有3人参与

想做药物分子和两个酶的分子对接，一个需要同源建模，一个不需要，结合位点都不知道，我想问同源建模加上后面的对接的过程，整个实验大概需要多长时间？不需要同源建模的又需要多久？

[ Last edited by lzrlt on 2011-3-12 at 16:55 ]
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1楼2011-03-12 16:52:58
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zh1987hs

金虫 (著名写手)

分子模拟新手
★
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Originally posted by lzrlt at 2011-03-12 16:52:58:
想做药物分子和两个酶的分子对接，一个需要同源建模，一个不需要，结合位点都不知道，我想问同源建模加上后面的对接的过程，整个实验大概需要多长时间？不需要同源建模的又需要多久？

[ Last edited by lzrlt ...

这个得分具体情况，还不一定能得到好的结果
同源模建你要使用SWISS-MODEL的话花5min看看教程就能学会了
对接不知道位点你得去看相关文献报道类似酶的结合位点，这个时间不可估计
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2楼2011-03-12 17:07:57
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lzrlt

铁虫 (初入文坛)
zh1987hs: 看你要对接的分子多不多，此外，看软件 2011-03-12 22:39:00
引用回帖:
Originally posted by zh1987hs at 2011-03-12 17:07:57:
这个得分具体情况，还不一定能得到好的结果
同源模建你要使用SWISS-MODEL的话花5min看看教程就能学会了
对接不知道位点你得去看相关文献报道类似酶的结合位点，这个时间不可估计

那在电脑上计算的时间会不会很久？
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3楼2011-03-12 17:38:21
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lizhuo0205

金虫 (正式写手)
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zh1987hs(金币+2): 谢谢 2011-03-12 22:39:18
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Originally posted by lzrlt at 2011-03-12 17:38:21:
那在电脑上计算的时间会不会很久？

单纯对接的环节的话，要看你的小分子的库多大，还要看你用哪个软件做，时间差距还是很大的
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4楼2011-03-12 20:22:32
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lzrlt

铁虫 (初入文坛)
引用回帖:
Originally posted by lizhuo0205 at 2011-03-12 20:22:32:
单纯对接的环节的话，要看你的小分子的库多大，还要看你用哪个软件做，时间差距还是很大的

不是很多，十来个化合物，打算用sybyl和DS做…………同源建模的是不是很快就计算好？不把分子动力学模拟算在内的话………………

[ Last edited by lzrlt on 2011-3-12 at 20:49 ]
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5楼2011-03-12 20:46:08
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lizhuo0205

金虫 (正式写手)
★ ★ ★
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zh1987hs(金币+2): 谢谢 2011-03-15 22:22:03
引用回帖:
Originally posted by lzrlt at 2011-03-12 20:46:08:
不是很多，十来个化合物，打算用sybyl和DS做…………同源建模的是不是很快就计算好？不把分子动力学模拟算在内的话………………

[ Last edited by lzrlt on 2011-3-12 at 20:49 ]

同源建模很快，几分钟，至少我用的是，呵呵，至于有没有精度很高比较耗时的，我就不知道了，呵呵，我也是初学者而已，大家交流一下吧，哈哈
10来个化合物的话应该很快，不过不记得你之前的帖子有没有说是已知靶点还是blind docking啊？如果已知靶点的话很快的
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6楼2011-03-14 15:43:56
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lzrlt

铁虫 (初入文坛)
引用回帖:
Originally posted by lizhuo0205 at 2011-03-14 15:43:56:
同源建模很快，几分钟，至少我用的是，呵呵，至于有没有精度很高比较耗时的，我就不知道了，呵呵，我也是初学者而已，大家交流一下吧，哈哈
10来个化合物的话应该很快，不过不记得你之前的帖子有没有说是已知靶 ...

靶点已知的，就是结合位点不知道……我还想问，对接完是不是一定要做分子动力学去评价对接的结果？看打分难道不可以么…………
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7楼2011-03-14 21:03:04
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lizhuo0205

金虫 (正式写手)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
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Originally posted by lzrlt at 2011-03-14 21:03:04:
靶点已知的，就是结合位点不知道……我还想问，对接完是不是一定要做分子动力学去评价对接的结果？看打分难道不可以么…………

呵呵呵，这个我还真是回答不了你，因为我也是初学，还没做到动力学，不过我之前的就是看打分筛选，不过是用稍微大一点的库，筛出来的在做活性，好像有两个还挺有希望的，你说的做分子动力学是指生物活性实验？还是模拟的动力学啊？做出来的还是做活性才有说服力的吧，呵呵呵呵
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8楼2011-03-15 09:50:37
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