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lzrlt

铁虫 (初入文坛)

[交流] 【求助】从同源建模开始,一个完整的分子对接实验需要多久?已有3人参与

想做药物分子和两个酶的分子对接,一个需要同源建模,一个不需要,结合位点都不知道,我想问同源建模加上后面的对接的过程,整个实验大概需要多长时间?不需要同源建模的又需要多久?

[ Last edited by lzrlt on 2011-3-12 at 16:55 ]
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lzrlt

铁虫 (初入文坛)

引用回帖:
Originally posted by lizhuo0205 at 2011-03-14 15:43:56:
同源建模很快,几分钟,至少我用的是,呵呵,至于有没有精度很高比较耗时的,我就不知道了,呵呵,我也是初学者而已,大家交流一下吧,哈哈
10来个化合物的话应该很快,不过不记得你之前的帖子有没有说是已知靶 ...

靶点已知的,就是结合位点不知道……我还想问,对接完是不是一定要做分子动力学去评价对接的结果?看打分难道不可以么…………
7楼2011-03-14 21:03:04
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zh1987hs

金虫 (著名写手)

分子模拟新手


小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
引用回帖:
Originally posted by lzrlt at 2011-03-12 16:52:58:
想做药物分子和两个酶的分子对接,一个需要同源建模,一个不需要,结合位点都不知道,我想问同源建模加上后面的对接的过程,整个实验大概需要多长时间?不需要同源建模的又需要多久?

[ Last edited by lzrlt ...

这个得分具体情况,还不一定能得到好的结果
同源模建你要使用SWISS-MODEL的话花5min看看教程就能学会了
对接不知道位点你得去看相关文献报道类似酶的结合位点,这个时间不可估计
2楼2011-03-12 17:07:57
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lzrlt

铁虫 (初入文坛)

zh1987hs: 看你要对接的分子多不多,此外,看软件 2011-03-12 22:39:00
引用回帖:
Originally posted by zh1987hs at 2011-03-12 17:07:57:
这个得分具体情况,还不一定能得到好的结果
同源模建你要使用SWISS-MODEL的话花5min看看教程就能学会了
对接不知道位点你得去看相关文献报道类似酶的结合位点,这个时间不可估计

那在电脑上计算的时间会不会很久?
3楼2011-03-12 17:38:21
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lizhuo0205

金虫 (正式写手)

★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
zh1987hs(金币+2): 谢谢 2011-03-12 22:39:18
引用回帖:
Originally posted by lzrlt at 2011-03-12 17:38:21:
那在电脑上计算的时间会不会很久?

单纯对接的环节的话,要看你的小分子的库多大,还要看你用哪个软件做,时间差距还是很大的
4楼2011-03-12 20:22:32
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