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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » 【讨论】同源建模之后的能量最小化
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aquariusy

木虫 (小有名气)

[交流] 【讨论】同源建模之后的能量最小化 已有4人参与

据我所知，用swiss-model建立模型的过程中已经经历了能量最小化的步骤，那再用NAMD做能量最小化还有必要吗？

另外，NAMD做能量最小化，是不是不用涉及molecular dynamics？我在用VMD生成*.namd文件时有选项，分别是能量最小化的循环数和分子动力学模拟的循环数，请教大家，如果只进行能量最小化，需不需要做分子动力学模拟？
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1楼 2010-12-30 12:07:41
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zh1987hs

金虫 (著名写手)

分子模拟新手
★ ★ ★ ★ ★ ★
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ghcacj(金币+5):谢谢 2010-12-31 14:14:17
引用回帖:
Originally posted by aquariusy at 2010-12-30 12:07:41:
据我所知，用swiss-model建立模型的过程中已经经历了能量最小化的步骤，那再用NAMD做能量最小化还有必要吗？

另外，NAMD做能量最小化，是不是不用涉及molecular dynamics？我在用VMD生成*.namd文件时有选项，分 ...

同源模建的结果通常存在许多不合理的原子间距离，就是“clash",其后的能量最小化就是减少这种clash的过程，单纯采用能量最小化能不能达到合适的效果，这个不好说，如果单独的用检验蛋白质量的工具，比如procheck,errat等来说，能量最小化有可能能使一些指标变得更好，但是这个指标的细微改变是不是导致活性位点的结构发生改变，是你需要注意的，个人的意见还是需要做进一步的能量最小化的，单独的能量最小化是分子动力学的前处理步骤，是分子动力学必须的，而同源模建的结果不一定需要分子动力学修饰
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2楼2010-12-30 12:37:42
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nufang19a

金虫 (正式写手)
★
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很晕，结构的好坏，自己还不能看出来吗？？
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3楼2010-12-30 15:57:09
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zh1987hs

金虫 (著名写手)

分子模拟新手
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小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
ghcacj(金币+3):谢谢 2010-12-31 14:14:27
引用回帖:
Originally posted by nufang19a at 2010-12-30 15:57:09:
很晕，结构的好坏，自己还不能看出来吗？？

呵呵~当然是看不出来的，比如氨基酸残基的phi,psi角度，ERRAT等等，很多质量指标都是统计出的结果，不是单看一个蛋白结构就能看出来的
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4楼2010-12-30 17:10:22
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nufang19a

金虫 (正式写手)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
你同源模建的pdb可以放上来吗？？我想看看，特别是你的方法（理由）及选择的模板

[ Last edited by nufang19a on 2010-12-30 at 18:02 ]
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5楼2010-12-30 18:01:21
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zh1987hs

金虫 (著名写手)

分子模拟新手
★ ★ ★
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ghcacj(金币+2):谢谢 2010-12-31 14:14:49
引用回帖:
Originally posted by nufang19a at 2010-12-30 18:01:21:
你同源模建的pdb可以放上来吗？？我想看看，特别是你的方法（理由）及选择的模板

[ Last edited by nufang19a on 2010-12-30 at 18:02 ]

我在这个版块有个置顶的同源模建贴，东西在里面都有，有时间看看吧
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6楼2010-12-30 18:10:32
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aquariusy

木虫 (小有名气)
感谢版主，那个帖子真的很不错
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7楼2010-12-30 18:36:37
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aquariusy

木虫 (小有名气)
看到文献里报道的能量最小化叫steepest descent energy minimization，请问能量最小化有具体方法间的差异吗？NAMD做的能量最小化是什么方法？
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8楼2011-01-30 14:51:20
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wally8962

木虫 (著名写手)
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zh1987hs(金币+2): 谢谢，gmx默认最速下降法 2011-02-09 21:12:00
引用回帖:
Originally posted by aquariusy at 2011-01-30 14:51:20:
看到文献里报道的能量最小化叫steepest descent energy minimization，请问能量最小化有具体方法间的差异吗？NAMD做的能量最小化是什么方法？

共扼梯度法、最速下降法等

namd默认共扼梯度法
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9楼2011-02-06 21:30:57
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aquariusy

木虫 (小有名气)
那么能量最小化一般做多少步呢？怎么来判断一个体系能量最小化已经充分？有没有什么参数？
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10楼2011-02-11 13:40:11
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