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aquariusy木虫 (小有名气)
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【讨论】同源建模之后的能量最小化 已有4人参与
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据我所知，用swiss-model建立模型的过程中已经经历了能量最小化的步骤，那再用NAMD做能量最小化还有必要吗？ 另外，NAMD做能量最小化，是不是不用涉及molecular dynamics？我在用VMD生成*.namd文件时有选项，分别是能量最小化的循环数和分子动力学模拟的循环数，请教大家，如果只进行能量最小化，需不需要做分子动力学模拟？ |
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小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
ghcacj(金币+5):谢谢 2010-12-31 14:14:17
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
ghcacj(金币+5):谢谢 2010-12-31 14:14:17
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同源模建的结果通常存在许多不合理的原子间距离，就是“clash",其后的能量最小化就是减少这种clash的过程，单纯采用能量最小化能不能达到合适的效果，这个不好说，如果单独的用检验蛋白质量的工具，比如procheck,errat等来说，能量最小化有可能能使一些指标变得更好，但是这个指标的细微改变是不是导致活性位点的结构发生改变，是你需要注意的，个人的意见还是需要做进一步的能量最小化的，单独的能量最小化是分子动力学的前处理步骤，是分子动力学必须的，而同源模建的结果不一定需要分子动力学修饰 |
2楼2010-12-30 12:37:42
3楼2010-12-30 15:57:09
4楼2010-12-30 17:10:22
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aquariusy
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10楼2011-02-11 13:40:11