| 查看: 2945 | 回复: 9 | |||
| 当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖 | |||
aquariusy木虫 (小有名气)
|
[交流]
【讨论】同源建模之后的能量最小化 已有4人参与
|
||
|
据我所知，用swiss-model建立模型的过程中已经经历了能量最小化的步骤，那再用NAMD做能量最小化还有必要吗？ 另外，NAMD做能量最小化，是不是不用涉及molecular dynamics？我在用VMD生成*.namd文件时有选项，分别是能量最小化的循环数和分子动力学模拟的循环数，请教大家，如果只进行能量最小化，需不需要做分子动力学模拟？ |
回复此楼» 猜你喜欢
自然科学基金委宣布启动申请书“瘦身提质”行动
已经有4人回复
-
投稿Elsevier的杂志（返修），总是在选择OA和subscription界面被踢皮球
已经有6人回复
-
中科院杭州医学所招收博士生一名（生物分析化学、药物递送）
已经有4人回复
-
求个博导看看
已经有18人回复
-
自荐读博
已经有6人回复
-
青基代表作，AAAI之类的A会的special track在国内认可度高吗？还是归为workshop之流？
已经有3人回复
-
上海工程技术大学【激光智能制造】课题组招收硕士
已经有6人回复
-
上海工程技术大学张培磊教授团队招收博士生
已经有4人回复
-
临港实验室与上科大联培博士招生1名
已经有9人回复
-
写了一篇“相变储能技术在冷库中应用”的论文，论文内容以实验为主，投什么期刊合适？
已经有6人回复
» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)
» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
- Forcite能否对结构进行能量最小化优化？与DMOL、CASTEP、 DICOVER等有什么区别？
已经有6人回复
- 求助，已有PDB结构的DS同源建模步骤，谢谢
已经有11人回复
- 求助：本人新手，想分段同源建模，不知道用什么软件和方法？
已经有11人回复
- 点突变后蛋白结构变化预测
已经有18人回复
- MS 能量最小化出错，急求帮助
已经有6人回复
- ms较大体系在能量最小化时算到结束突然跳出“应用程序发生异常……”的对话框
已经有8人回复
- 用AutoDock作分子对接前的小分子能量最小化问题
已经有6人回复
- 为什么要进行能量最小化？
已经有7人回复
- 【求助】在swiss model 同源建模以后得到的结果怎么分析
已经有8人回复
- 【讨论】分子模拟还是同源建模
已经有16人回复
- 【求助】modeller同源建模结果选择
已经有10人回复
- 【原创】分子对接，同源模建，分子动力学软件介绍帖
已经有35人回复
aquariusy
木虫 (小有名气)
- 应助: 3 (幼儿园)
- 金币: 3636.3
- 红花: 2
- 帖子: 223
- 在线: 161.4小时
- 虫号: 838208
- 注册: 2009-09-01
- 专业: 生物化工
8楼2011-01-30 14:51:20
★ ★ ★ ★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
ghcacj(金币+5):谢谢 2010-12-31 14:14:17
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
ghcacj(金币+5):谢谢 2010-12-31 14:14:17
|
同源模建的结果通常存在许多不合理的原子间距离，就是“clash",其后的能量最小化就是减少这种clash的过程，单纯采用能量最小化能不能达到合适的效果，这个不好说，如果单独的用检验蛋白质量的工具，比如procheck,errat等来说，能量最小化有可能能使一些指标变得更好，但是这个指标的细微改变是不是导致活性位点的结构发生改变，是你需要注意的，个人的意见还是需要做进一步的能量最小化的，单独的能量最小化是分子动力学的前处理步骤，是分子动力学必须的，而同源模建的结果不一定需要分子动力学修饰 |
2楼2010-12-30 12:37:42
3楼2010-12-30 15:57:09
4楼2010-12-30 17:10:22