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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » DS/Sybyl/Autodock » 为什么要进行能量最小化？
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lily_llf

新虫 (小有名气)

[求助] 为什么要进行能量最小化？

求教各位高手：
    在用AutoDock作分子对接时，为什么要对小分子进行能量最小化？
    我是在PDB中下载的SDF格式的3D小分子文件，用Chem3D转化成PDB格式的，还需要进行能量最小化吗？
        
        感激！
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1楼 2011-05-21 08:47:50
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yalefield

金虫 (文坛精英)

老汉一枚
★ ★ ★
ghcacj(金币+3): 谢谢老汉 2011-05-21 17:06:08
有人在激情中杀人，有人在沉默中爆发。
分子在晶体中受限，能量在自由时最低。
赞一下(6人) 回复此楼
2楼2011-05-21 09:00:07
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lily_llf

新虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by yalefield at 2011-05-21 09:00:07:
有人在激情中杀人，有人在沉默中爆发。
分子在晶体中受限，能量在自由时最低。

在请问一下，在AutoDock对接中，小分子本来就是柔性的，那么还是必须要进行能量最小化的吗？
赞一下 回复此楼
3楼2011-05-21 09:06:04
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lily_llf

新虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by yalefield at 2011-05-21 09:00:07:
有人在激情中杀人，有人在沉默中爆发。
分子在晶体中受限，能量在自由时最低。

谢谢啊！
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4楼2011-05-21 09:06:48
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痴梦潇湘

木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★
lily_llf(金币+1): 很有帮助啊！ 2011-05-21 14:00:06
ghcacj(金币+4): 谢谢 2011-05-21 17:06:24
引用回帖:
Originally posted by lily_llf at 2011-05-21 09:06:04:
在请问一下，在AutoDock对接中，小分子本来就是柔性的，那么还是必须要进行能量最小化的吗？

对接时，计算机会自动寻找小分子不同的构象进行对接，但寻找的方式有随机性，在你设置对接次数大时可能影响不大，但如果设置的次数少就可能没找到最低能构象，如果对接之前能量最小化了，不管设置的参数怎样，最低能构象一定在里面
赞一下(3人) 回复此楼
5楼2011-05-21 10:19:54
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lily_llf

新虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by 痴梦潇湘 at 2011-05-21 10:19:54:
对接时，计算机会自动寻找小分子不同的构象进行对接，但寻找的方式有随机性，在你设置对接次数大时可能影响不大，但如果设置的次数少就可能没找到最低能构象，如果对接之前能量最小化了，不管设置的参数怎样， ...

明白了！感谢啊！
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6楼2011-05-21 14:01:21
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ts2009
7楼2011-05-21 17:32:51
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longytu

捐助贵宾 (正式写手)
zh1987hs: 编辑内容 2012-04-03 09:46
发言屏蔽

[ Last edited by zh1987hs on 2012-4-3 at 09:46 ]
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8楼2012-04-02 19:10:38
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