应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

Znn3bq.jpeg
小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » DS/Sybyl/Autodock » 为什么要进行能量最小化？
81/1返回列表
查看: 4703  |  回复: 7
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

lily_llf

新虫 (小有名气)

[求助] 为什么要进行能量最小化？

求教各位高手：
    在用AutoDock作分子对接时，为什么要对小分子进行能量最小化？
    我是在PDB中下载的SDF格式的3D小分子文件，用Chem3D转化成PDB格式的，还需要进行能量最小化吗？
        
        感激！
回复此楼

» 收录本帖的淘帖专辑推荐

分子模拟

» 猜你喜欢

» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
1楼 2011-05-21 08:47:50
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

yalefield

金虫 (文坛精英)

老汉一枚
★ ★ ★
ghcacj(金币+3): 谢谢老汉 2011-05-21 17:06:08
有人在激情中杀人，有人在沉默中爆发。
分子在晶体中受限，能量在自由时最低。
赞一下(6人) 回复此楼
2楼2011-05-21 09:00:07
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

lily_llf

新虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by yalefield at 2011-05-21 09:00:07:
有人在激情中杀人，有人在沉默中爆发。
分子在晶体中受限，能量在自由时最低。

在请问一下，在AutoDock对接中，小分子本来就是柔性的，那么还是必须要进行能量最小化的吗？
赞一下 回复此楼
3楼2011-05-21 09:06:04
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

lily_llf

新虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by yalefield at 2011-05-21 09:00:07:
有人在激情中杀人，有人在沉默中爆发。
分子在晶体中受限，能量在自由时最低。

谢谢啊！
回复此楼
4楼2011-05-21 09:06:48
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

痴梦潇湘

木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★
lily_llf(金币+1): 很有帮助啊！ 2011-05-21 14:00:06
ghcacj(金币+4): 谢谢 2011-05-21 17:06:24
引用回帖:
Originally posted by lily_llf at 2011-05-21 09:06:04:
在请问一下，在AutoDock对接中，小分子本来就是柔性的，那么还是必须要进行能量最小化的吗？

对接时，计算机会自动寻找小分子不同的构象进行对接，但寻找的方式有随机性，在你设置对接次数大时可能影响不大，但如果设置的次数少就可能没找到最低能构象，如果对接之前能量最小化了，不管设置的参数怎样，最低能构象一定在里面
赞一下(3人) 回复此楼
5楼2011-05-21 10:19:54
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

lily_llf

新虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by 痴梦潇湘 at 2011-05-21 10:19:54:
对接时，计算机会自动寻找小分子不同的构象进行对接，但寻找的方式有随机性，在你设置对接次数大时可能影响不大，但如果设置的次数少就可能没找到最低能构象，如果对接之前能量最小化了，不管设置的参数怎样， ...

明白了！感谢啊！
回复此楼
6楼2011-05-21 14:01:21
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

ts2009
7楼2011-05-21 17:32:51
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

longytu

捐助贵宾 (正式写手)
zh1987hs: 编辑内容 2012-04-03 09:46
发言屏蔽

[ Last edited by zh1987hs on 2012-4-3 at 09:46 ]
回复此楼
8楼2012-04-02 19:10:38
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 lily_llf 的主题更新
81/1返回列表
普通表情 龙 兔 虎 猫
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 调剂 +11 小张ZA 2026-04-10 12/600 2026-04-10 08:21 by 1753564080
[考研] 材料085601调剂 +8 何润采123 2026-04-10 9/450 2026-04-10 08:16 by 5268321
[考研] 08600生物与医药-327 +10 18755400796 2026-04-05 10/500 2026-04-10 08:14 by kangsm
[考研] 277 数一104，学硕，求调剂 +11 瓶子PZ 2026-04-09 12/600 2026-04-10 08:02 by 1753564080
[考研] 求调剂 +12 MAX怅惘 2026-04-09 13/650 2026-04-09 23:32 by cls512
[考研] 求机械专硕297第二批调剂 +5 拾柒12。 2026-04-08 5/250 2026-04-09 16:43 by 允当适度
[考研] 083200 初试305分 求调剂 暂不考虑跨专业 +15 Claireyyyy 2026-04-09 15/750 2026-04-09 16:11 by zhuimr
[考研] 材料工程322 +18 哈哈哈吼吼吼哈 2026-04-07 19/950 2026-04-09 10:44 by cymywx
[基金申请] 有爆料，一个青年教师卖房得400万，然后换了一个四青帽子 +6 babu2015 2026-04-08 6/300 2026-04-09 08:14 by kudofaye
[考研] 304求调剂（085602，过四级，一志愿985） +25 化工人999 2026-04-04 26/1300 2026-04-07 22:06 by hemengdong
[考研] 307求调剂 +3 Youth@@ 2026-04-07 3/150 2026-04-07 09:25 by 小黑不怕难
[考研] 081200-11408-367学硕求调剂 +4 1_2_3111 2026-04-06 4/200 2026-04-07 08:13 by jp9609
[考研] 考研调剂 +3 Wwwwwww哇 2026-04-06 3/150 2026-04-06 20:55 by lbsjt
[考研] 346分的生物与医药08600求调剂 +6 常雨阳上岸 2026-04-05 7/350 2026-04-06 12:36 by lys0704
[考研] 一志愿武汉理工大学080200机械工程308分，求调剂 +4 终不似从前 2026-04-05 4/200 2026-04-06 11:46 by 考研学校招点人
[考研] 284求调剂 +7 徐同学_001 2026-04-04 13/650 2026-04-05 17:19 by yulian1987
[考研] 数一英一274机械调剂 +5 星陨流霞 2026-04-04 6/300 2026-04-05 11:38 by arrow8852
[考研] 一志愿南农090401，268，求调剂 +5 一木鸟然 2026-04-04 5/250 2026-04-04 17:07 by babysonlkd
[考研] 考研求调剂 +3 木心想继续深造 2026-04-03 3/150 2026-04-03 21:56 by 啵啵啵0119
[考研] 285求调剂 +5 AZMK 2026-04-03 8/400 2026-04-03 18:17 by AZMK
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭