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lily_llf

新虫 (小有名气)

[求助] 为什么要进行能量最小化?

求教各位高手:
    在用AutoDock作分子对接时,为什么要对小分子进行能量最小化?
    我是在PDB中下载的SDF格式的3D小分子文件,用Chem3D转化成PDB格式的,还需要进行能量最小化吗?
        
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yalefield

金虫 (文坛精英)

老汉一枚

★ ★ ★
ghcacj(金币+3): 谢谢老汉 2011-05-21 17:06:08
有人在激情中杀人,有人在沉默中爆发。
分子在晶体中受限,能量在自由时最低。
2楼2011-05-21 09:00:07
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lily_llf

新虫 (小有名气)

引用回帖:
Originally posted by yalefield at 2011-05-21 09:00:07:
有人在激情中杀人,有人在沉默中爆发。
分子在晶体中受限,能量在自由时最低。

在请问一下,在AutoDock对接中,小分子本来就是柔性的,那么还是必须要进行能量最小化的吗?
3楼2011-05-21 09:06:04
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lily_llf

新虫 (小有名气)

引用回帖:
Originally posted by yalefield at 2011-05-21 09:00:07:
有人在激情中杀人,有人在沉默中爆发。
分子在晶体中受限,能量在自由时最低。

谢谢啊!
4楼2011-05-21 09:06:48
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痴梦潇湘

木虫 (著名写手)


【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★
lily_llf(金币+1): 很有帮助啊! 2011-05-21 14:00:06
ghcacj(金币+4): 谢谢 2011-05-21 17:06:24
引用回帖:
Originally posted by lily_llf at 2011-05-21 09:06:04:
在请问一下,在AutoDock对接中,小分子本来就是柔性的,那么还是必须要进行能量最小化的吗?

对接时,计算机会自动寻找小分子不同的构象进行对接,但寻找的方式有随机性,在你设置对接次数大时可能影响不大,但如果设置的次数少就可能没找到最低能构象,如果对接之前能量最小化了,不管设置的参数怎样,最低能构象一定在里面
5楼2011-05-21 10:19:54
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lily_llf

新虫 (小有名气)

引用回帖:
Originally posted by 痴梦潇湘 at 2011-05-21 10:19:54:
对接时,计算机会自动寻找小分子不同的构象进行对接,但寻找的方式有随机性,在你设置对接次数大时可能影响不大,但如果设置的次数少就可能没找到最低能构象,如果对接之前能量最小化了,不管设置的参数怎样, ...

明白了!感谢啊!
6楼2011-05-21 14:01:21
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7楼2011-05-21 17:32:51
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longytu

捐助贵宾 (正式写手)


zh1987hs: 编辑内容 2012-04-03 09:46
发言屏蔽

[ Last edited by zh1987hs on 2012-4-3 at 09:46 ]
8楼2012-04-02 19:10:38
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