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aquariusy

木虫 (小有名气)

[交流] 【讨论】同源建模之后的能量最小化已有4人参与

据我所知,用swiss-model建立模型的过程中已经经历了能量最小化的步骤,那再用NAMD做能量最小化还有必要吗?

另外,NAMD做能量最小化,是不是不用涉及molecular dynamics?我在用VMD生成*.namd文件时有选项,分别是能量最小化的循环数和分子动力学模拟的循环数,请教大家,如果只进行能量最小化,需不需要做分子动力学模拟?
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wally8962

木虫 (著名写手)

★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
zh1987hs(金币+2): 谢谢,gmx默认最速下降法 2011-02-09 21:12:00
引用回帖:
Originally posted by aquariusy at 2011-01-30 14:51:20:
看到文献里报道的能量最小化叫steepest descent energy minimization,请问能量最小化有具体方法间的差异吗?NAMD做的能量最小化是什么方法?

共扼梯度法、最速下降法等

namd默认共扼梯度法
9楼2011-02-06 21:30:57
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