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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » DS/Sybyl/Autodock » 【求助】蛋白质建模没有同源模板怎么解决？
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wxf3454552

金虫 (著名写手)

[交流] 【求助】蛋白质建模没有同源模板怎么解决？ 已有5人参与

需要得到蛋白质三维结构 但是没有搜索到可用的同源模板  只知道一级序列
这种情况下应该怎么办？麻烦各位指点迷津。
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1楼 2010-07-20 17:00:35
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zh1987hs

金虫 (著名写手)

分子模拟新手
★ ★
wxf3454552(金币+1):谢谢参与
雪狼乖乖(金币+1):谢谢 2010-07-21 07:43:35
引用回帖:
Originally posted by wxf3454552 at 2010-07-20 17:00:35:
需要得到蛋白质三维结构 但是没有搜索到可用的同源模板  只知道一级序列
这种情况下应该怎么办？麻烦各位指点迷津。

改用thread法~这种方法适合同源性小于30%的模板，如果再小，可以尝试从头构建，上网找ROSETTA软件的在线版 ~这个可以在线构建模型~是华盛顿大学的~
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2楼2010-07-20 22:08:29
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tjegg

铁杆木虫 (著名写手)
★ ★ ★
wxf3454552(金币+1):谢谢参与
lei0736(金币+2):谢谢 2010-07-21 09:21:40
给你一个网址，在上面试试。http://nihserver.mbi.ucla.edu/SAVS/

[ Last edited by tjegg on 2010-7-21 at 08:26 ]
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除了你的亲人，没有人应该对你好，对你好的人，一定要珍惜。
3楼2010-07-21 08:25:28
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zh1987hs

金虫 (著名写手)

分子模拟新手
引用回帖:
Originally posted by tjegg at 2010-07-21 08:25:28:
给你一个网址，在上面试试。http://nihserver.mbi.ucla.edu/SAVS/

[ Last edited by tjegg on 2010-7-21 at 08:26 ]

楼上给的这个网址不是蛋白质结构评价的网址吗？
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4楼2010-07-21 08:37:08
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lowen212

银虫 (小有名气)
★
wxf3454552(金币+1):谢谢参与
引用回帖:
Originally posted by zh1987hs at 2010-07-20 22:08:29:

改用thread法~这种方法适合同源性小于30%的模板，如果再小，可以尝试从头构建，上网找ROSETTA软件的在线版 ~这个可以在线构建模型~是华盛顿大学的~

非常感谢，但是rosetta在线工具我已经提交了序列，一个多星期了还是没有反应，据说这个很慢，不知会慢到什么程度。
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5楼2010-07-21 08:52:37
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zh1987hs

金虫 (著名写手)

分子模拟新手
★ ★
lei0736(金币+2):谢谢 2010-07-21 09:22:03
引用回帖:
Originally posted by lowen212 at 2010-07-21 08:52:37:

非常感谢，但是rosetta在线工具我已经提交了序列，一个多星期了还是没有反应，据说这个很慢，不知会慢到什么程度。

呵呵~那你试试thread法吧，我记得在一本书，貌似是叫：生物信息学-从基因组到药物中有这种方法的一个软件的介绍，有时间你可以去找找看~另外，你的同源性搜索是在哪搜的，PDB里吗？用的是sequence search吗？
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6楼2010-07-21 09:03:02
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lowen212

银虫 (小有名气)
★
雪狼乖乖(金币+1):谢谢 2010-07-21 21:35:56
引用回帖:
Originally posted by zh1987hs at 2010-07-21 09:03:02:

呵呵~那你试试thread法吧，我记得在一本书，貌似是叫：生物信息学-从基因组到药物中有这种方法的一个软件的介绍，有时间你可以去找找看~另外，你的同源性搜索是在哪搜的，PDB里吗？用的是sequence search吗？

恩 通过 BLAST在 PDB数据库里面搜的    swiss-model 也试过  还有别的更有效的方法么
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7楼2010-07-21 09:06:12
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lowen212

银虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by tjegg at 2010-07-21 08:25:28:
给你一个网址，在上面试试。http://nihserver.mbi.ucla.edu/SAVS/

[ Last edited by tjegg on 2010-7-21 at 08:26 ]

是啊 这个貌似只是模型的评估
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8楼2010-07-21 09:47:36
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zh1987hs

金虫 (著名写手)

分子模拟新手
★
wxf3454552(金币+2): 2010-07-21 10:16:47
雪狼乖乖(金币+1):谢谢 2010-07-21 10:27:57
引用回帖:
Originally posted by lowen212 at 2010-07-21 09:06:12:

恩 通过 BLAST在 PDB数据库里面搜的    swiss-model 也试过  还有别的更有效的方法么

呵呵~第一种就是最有效的方法了~如果没有那应该是真没有了~哈哈~你就尝试thread法吧~
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9楼2010-07-21 09:54:37
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wxf3454552

金虫 (著名写手)
引用回帖:
Originally posted by zh1987hs at 2010-07-21 09:54:37:

呵呵~第一种就是最有效的方法了~如果没有那应该是真没有了~哈哈~你就尝试thread法吧~

嗯 非常感谢
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10楼2010-07-21 10:18:18
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