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taizifeihong

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[求助] 关于同源建模预测蛋白三维结构

MTKVYPKVSEEYTLNIERARRKLRGLIAEKNCAPIILRLAWHASGTYDQESKTGGPLGTIRFGQELAHTANAGLEIAVNLLQPIKEKYPDLSYADFYTLAGVVAVEVTGGPTIPFHPGRKDHETVPVEGRLPDATKGMDHLRCVFTKQMGLTDKDIVTLSGAHTLGRCHKDRSGFEGAWTPNPLQFDNTYFKVLLEGEKDGLIMLPSDKALLGDPNTRALVELYAKDEDKFFEDYAESHLKLSELGFAEAGQPGSV
哪位高人帮下忙，看能不能预测该蛋白的三维结构，想知道具体的结构描述。
同时请教是如何预测的？

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1楼 2011-10-02 12:34:17

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nach

铜虫 (著名写手)

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【答案】应助回帖

★ ★
西瓜(金币+2): good 2011-10-03 23:53:37

你可以看看
http://www.rcsb.org/pdb/home/home.do

说不定你的蛋白晶体结构早就解出来了

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不让吃就去死

2楼2011-10-02 15:33:09

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nach

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【答案】应助回帖

我大概看了一下你的序列是Vc过氧化物酶吗？如果是的话 3级结构你可以去
http://www.rcsb.org/pdb/results/ ... p;tabtoshow=Current

不是的话应该也差不多

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不让吃就去死

3楼2011-10-02 15:39:15

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taizifeihong

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下面这段话是别人文章当中的，我就是想知道我要如何写我的序列，这些分析从哪来？

“如图3所示, GbMnSOD蛋白质包含12个α螺旋, 3个β折叠片, 12个卷曲和10个转角结构。该蛋白结构的N端区主要是两个长的反平行螺旋构成, C端区主要为1个拧成三股β折叠片的超二级结构。在活性部位,以Mn原子为中心形成1个五配位的三角双锥构型,其中1个轴向位置为水分子,其他4个配位基为3个His和1个Asp。在这4个氨基酸中,有两个His (96、190位)和186位的Asp配位基位于赤道面,而51位的His的咪唑基则占据另一个轴向位置,与水分子对称。该预测蛋白结构中,活性中心处于一个主要由疏水性氨基酸残基构成的篮子里。”

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4楼2011-10-02 15:54:26

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