应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » DS/Sybyl/Autodock » 【求助】从同源建模开始，一个完整的分子对接实验需要多久？
81/1返回列表
查看: 3510  |  回复: 7
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

lzrlt

铁虫 (初入文坛)

[交流] 【求助】从同源建模开始，一个完整的分子对接实验需要多久？ 已有3人参与

想做药物分子和两个酶的分子对接，一个需要同源建模，一个不需要，结合位点都不知道，我想问同源建模加上后面的对接的过程，整个实验大概需要多长时间？不需要同源建模的又需要多久？

[ Last edited by lzrlt on 2011-3-12 at 16:55 ]
回复此楼

» 收录本帖的淘帖专辑推荐

蛋白模拟与改造

» 猜你喜欢

» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
1楼 2011-03-12 16:52:58
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

zh1987hs

金虫 (著名写手)

分子模拟新手
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
引用回帖:
Originally posted by lzrlt at 2011-03-12 16:52:58:
想做药物分子和两个酶的分子对接，一个需要同源建模，一个不需要，结合位点都不知道，我想问同源建模加上后面的对接的过程，整个实验大概需要多长时间？不需要同源建模的又需要多久？

[ Last edited by lzrlt ...

这个得分具体情况，还不一定能得到好的结果
同源模建你要使用SWISS-MODEL的话花5min看看教程就能学会了
对接不知道位点你得去看相关文献报道类似酶的结合位点，这个时间不可估计
赞一下(1人) 回复此楼
2楼2011-03-12 17:07:57
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

lzrlt

铁虫 (初入文坛)
zh1987hs: 看你要对接的分子多不多，此外，看软件 2011-03-12 22:39:00
引用回帖:
Originally posted by zh1987hs at 2011-03-12 17:07:57:
这个得分具体情况，还不一定能得到好的结果
同源模建你要使用SWISS-MODEL的话花5min看看教程就能学会了
对接不知道位点你得去看相关文献报道类似酶的结合位点，这个时间不可估计

那在电脑上计算的时间会不会很久？
赞一下(1人) 回复此楼
3楼2011-03-12 17:38:21
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

lizhuo0205

金虫 (正式写手)
★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
zh1987hs(金币+2): 谢谢 2011-03-12 22:39:18
引用回帖:
Originally posted by lzrlt at 2011-03-12 17:38:21:
那在电脑上计算的时间会不会很久？

单纯对接的环节的话，要看你的小分子的库多大，还要看你用哪个软件做，时间差距还是很大的
赞一下(2人) 回复此楼
4楼2011-03-12 20:22:32
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

lzrlt

铁虫 (初入文坛)
引用回帖:
Originally posted by lizhuo0205 at 2011-03-12 20:22:32:
单纯对接的环节的话，要看你的小分子的库多大，还要看你用哪个软件做，时间差距还是很大的

不是很多，十来个化合物，打算用sybyl和DS做…………同源建模的是不是很快就计算好？不把分子动力学模拟算在内的话………………

[ Last edited by lzrlt on 2011-3-12 at 20:49 ]
赞一下 回复此楼
5楼2011-03-12 20:46:08
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

lizhuo0205

金虫 (正式写手)
★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
zh1987hs(金币+2): 谢谢 2011-03-15 22:22:03
引用回帖:
Originally posted by lzrlt at 2011-03-12 20:46:08:
不是很多，十来个化合物，打算用sybyl和DS做…………同源建模的是不是很快就计算好？不把分子动力学模拟算在内的话………………

[ Last edited by lzrlt on 2011-3-12 at 20:49 ]

同源建模很快，几分钟，至少我用的是，呵呵，至于有没有精度很高比较耗时的，我就不知道了，呵呵，我也是初学者而已，大家交流一下吧，哈哈
10来个化合物的话应该很快，不过不记得你之前的帖子有没有说是已知靶点还是blind docking啊？如果已知靶点的话很快的
赞一下(2人) 回复此楼
6楼2011-03-14 15:43:56
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

lzrlt

铁虫 (初入文坛)
引用回帖:
Originally posted by lizhuo0205 at 2011-03-14 15:43:56:
同源建模很快，几分钟，至少我用的是，呵呵，至于有没有精度很高比较耗时的，我就不知道了，呵呵，我也是初学者而已，大家交流一下吧，哈哈
10来个化合物的话应该很快，不过不记得你之前的帖子有没有说是已知靶 ...

靶点已知的，就是结合位点不知道……我还想问，对接完是不是一定要做分子动力学去评价对接的结果？看打分难道不可以么…………
赞一下 回复此楼
7楼2011-03-14 21:03:04
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

lizhuo0205

金虫 (正式写手)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
引用回帖:
Originally posted by lzrlt at 2011-03-14 21:03:04:
靶点已知的，就是结合位点不知道……我还想问，对接完是不是一定要做分子动力学去评价对接的结果？看打分难道不可以么…………

呵呵呵，这个我还真是回答不了你，因为我也是初学，还没做到动力学，不过我之前的就是看打分筛选，不过是用稍微大一点的库，筛出来的在做活性，好像有两个还挺有希望的，你说的做分子动力学是指生物活性实验？还是模拟的动力学啊？做出来的还是做活性才有说服力的吧，呵呵呵呵
赞一下(1人) 回复此楼
8楼2011-03-15 09:50:37
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 lzrlt 的主题更新
81/1返回列表
普通表情 龙 兔 虎 猫 高级回复 (可上传附件)
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[基金申请] 什么时候开奖？ +10 CrisMessi 2026-08-18 11/550 2026-08-24 06:50 by 开心的小狮子
[基金申请] 范进中举一文的中心思想 +5 炎黄贵胄 2026-08-22 6/300 2026-08-24 06:34 by sincosx
[基金申请] 2026国自然函评费到账 +16 羊腰板 2026-08-21 17/850 2026-08-23 23:02 by tianxiaochun
[基金申请] 2026年的国家社科基金项目通讯评审的新规则与新动向、新挑战 +4 process2012 2026-08-23 5/250 2026-08-23 19:58 by jurkat.1640
[基金申请] 今天放榜吗？ +15 布布和一二 2026-08-19 16/800 2026-08-23 09:55 by 张春生
[基金申请] 只有每年这种时候来逛逛小木虫 +24 yaoyewhu2008 2026-08-20 26/1300 2026-08-22 17:43 by kammury
[基金申请] filecode，4个jtjc了 +13 ziyangfang 2026-08-19 16/800 2026-08-22 17:08 by WH3796
[基金申请] 人气不行了 +8 fansofjerry 2026-08-21 8/400 2026-08-22 16:30 by zyqchem
[基金申请] 放榜前的不淡定 40+4 snowwithsea 2026-08-19 14/700 2026-08-21 23:51 by cratir
[基金申请] 今日不放榜？网传国自然预计 8 月 27 日可查结果 +16 医学老男孩 2026-08-20 20/1000 2026-08-21 21:13 by Ldrop2023
[基金申请] 科研孤儿太难了 +17 我4大白菜 2026-08-20 18/900 2026-08-21 20:57 by zhangev
[基金申请] 看来今天不会放榜了？ +8 chengyan1220 2026-08-21 11/550 2026-08-21 17:52 by dcqxinyang
[基金申请] 时间戳又变了 +13 wuchongjun 2026-08-20 19/950 2026-08-21 17:21 by 紫杉醇
[基金申请] 感觉是下周放榜了 +7 angus9576 2026-08-17 12/600 2026-08-21 13:38 by weiyin
[基金申请] 我面上完蛋了 +7 且听虎啸 2026-08-20 8/400 2026-08-21 12:31 by 酷酷墨镜
[论文投稿] 投稿咨询 +5 wwm09 2026-08-17 7/350 2026-08-21 10:11 by 期刊论文帮手
[基金申请] 基金啊基金 +4 longfie172 2026-08-20 4/200 2026-08-21 08:58 by mark mao
[基金申请] 估计是周四 +3 archvillain 2026-08-18 3/150 2026-08-21 01:48 by jnhyjjm
[基金申请] 时间戳变了，能看出什么问题？ +18 基诺咪客 2026-08-17 23/1150 2026-08-20 17:19 by Godzela
[基金申请] 明天放榜？ +5 Shxjjxjkx 2026-08-18 5/250 2026-08-18 18:14 by -大大大大大-
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭