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faqianliu

银虫 (小有名气)

[交流] 【讨论】如何利用gaussian来解释关于不同合成条件下得到的两种配合物(50金币) 已有5人参与

最近采用两种不同的条件分别得到两种简单的晶体结构,如附图示:
上图为双核结构,普通溶剂热方法得到,下图为一维聚合链结构,水热条件下得到,正在测试这两种配合物的磁性,看有什么区别
请问量化区各位高手,应该怎样通过Gaussian计算来解释其结构的区别以及磁性质的区别?



非常感谢!

优化配体结构?还是优化配合物结构?还是直接利用晶体结构计算单点性质?还有,怎么计算磁性?
不懂的好多啊

[ Last edited by faqianliu on 2010-9-11 at 15:26 ]
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erylingjet

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zhou2009(金币+2): 2010-09-12 15:12:27
直接优化配合物啊,不是研究配合物的结构吗?
高斯算磁性似乎不可啊

请高手再指点
2楼2010-08-31 12:18:17
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faqianliu

银虫 (小有名气)

引用回帖:
Originally posted by erylingjet at 2010-08-31 12:18:17:
直接优化配合物啊,不是研究配合物的结构吗?
高斯算磁性似乎不可啊

请高手再指点

版主好,第二个是聚合物,是不是可以选取其中的二聚体优化,看优化结果的哪部分呢,哪个能量最低?还有,是不是优化聚合物结构的时候要考虑压强呢?

是不是MS算磁性比较好,呵呵,多谢回答

[ Last edited by faqianliu on 2010-8-31 at 14:11 ]
3楼2010-08-31 14:10:27
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erylingjet

铁杆木虫 (著名写手)

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zhou2009(金币+2): 2010-09-12 15:13:10
zhou2009:编辑内容 2010-09-12 15:13
这两个不是同分异构体,不能以能量判断哪一个稳定。

好像这两个结构不在一个起跑线上。

MS计算磁性应该没问题的。

[ Last edited by zhou2009 on 2010-9-12 at 15:13 ]
4楼2010-08-31 14:33:05
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faqianliu

银虫 (小有名气)

引用回帖:
Originally posted by erylingjet at 2010-08-31 14:33:05:
这两个不是同分异构体,不能以能量判断哪一个稳定。

好像这两个结构不在一个起码跑线上。

MS计算磁性应该没问题的。

其实第一个结构晶体里面还有一些溶剂,我画图给省略了,第二个聚合物没有溶剂,除掉溶剂的影响,这两个结构分子式是一样的
那应该怎么算呢,难道利用晶体优化一下结构?证明优化结果和晶体差不多,但是这好像说明不了什么问题吧,我这两个化合物是同样的起始原料在两个压力下合成的,能不能通过gaussian计算压力对结构的影响呢?
除计算磁性外,有没有高手给提出一个计算方法?
能不能在优化的时候给加上个压力参数?

[ Last edited by faqianliu on 2010-8-31 at 19:10 ]
5楼2010-08-31 18:51:17
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erylingjet

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zhou2009(金币+2): 2010-09-12 15:15:22
可以不同压力,但是是在气相中。
直接加上pressure=1.5即可,1.5是你想要的压力
6楼2010-08-31 19:31:06
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faqianliu

银虫 (小有名气)

引用回帖:
Originally posted by erylingjet at 2010-08-31 19:31:06:
可以不同压力,但是是在气相中。
直接加上pressure=1.5即可,1.5是你想要的压力

是不是在命令行里直接加,我在说明书上怎么没找到
我把结构拆了,取了部分,然后在每个Co上补了一个水分子,建模结构如下:

版主给看下,有什么建议没,我准备这样优化一下,然后在高压力再优化一下,看苯环和两个咪唑环之间的二面角有什么变化
7楼2010-08-31 20:26:09
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erylingjet

铁杆木虫 (著名写手)


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结构是你想要的即可。

我怎么能在手册里找到呢,嘻嘻
8楼2010-08-31 21:31:03
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faqianliu

银虫 (小有名气)

引用回帖:
Originally posted by erylingjet at 2010-08-31 21:31:03:
结构是你想要的即可。

我怎么能在手册里找到呢,嘻嘻

Item               Value     Threshold  Converged?
Maximum Force            ********     0.000450     NO
RMS     Force            2.025868     0.000300     NO
Maximum Displacement     1.431341     0.001800     NO
RMS     Displacement     0.250616     0.001200     NO
Predicted change in Energy=-2.517939D+00


>>>>>>>>>> Convergence criterion not met.
SCF Done:  E(RB+HF-LYP) =  -1492.02421584     A.U. after  301 cycles
             Convg  =    0.2693D-03             -V/T =  2.1190
             S**2   =   0.0000
Convergence failure -- run terminated.
Error termination via Lnk1e in /root//g03/l502.exe at Wed Sep  1 00:14:47 2010.
Job cpu time:  1 days  3 hours 24 minutes 19.7 seconds.
File lengths (MBytes):  RWF=     91 Int=      0 D2E=      0 Chk=     15 Scr=      1

昨晚跑了300圈,优化失败,越跑偏的越厉害,满眼都是泪啊
9楼2010-09-01 07:53:51
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erylingjet

铁杆木虫 (著名写手)


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不用满眼都是泪。

你用的什么方法啊?基组呢?你那不是跑了三百圈吧?
10楼2010-09-01 10:13:23
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