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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 量子化学 » Gaussian » 【讨论】如何利用gaussian来解释关于不同合成条件下得到的两种配合物（50金币）
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faqianliu

银虫 (小有名气)

[交流] 【讨论】如何利用gaussian来解释关于不同合成条件下得到的两种配合物（50金币）已有5人参与

最近采用两种不同的条件分别得到两种简单的晶体结构，如附图示：
上图为双核结构，普通溶剂热方法得到，下图为一维聚合链结构，水热条件下得到，正在测试这两种配合物的磁性，看有什么区别
请问量化区各位高手，应该怎样通过Gaussian计算来解释其结构的区别以及磁性质的区别？



非常感谢！

优化配体结构？还是优化配合物结构？还是直接利用晶体结构计算单点性质？还有，怎么计算磁性？
不懂的好多啊

[ Last edited by faqianliu on 2010-9-11 at 15:26 ]
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1楼2010-08-31 10:17:22
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erylingjet

铁杆木虫 (著名写手)
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zhou2009(金币+2): 2010-09-12 15:12:27
直接优化配合物啊，不是研究配合物的结构吗？
高斯算磁性似乎不可啊

请高手再指点
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2楼2010-08-31 12:18:17
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faqianliu

银虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by erylingjet at 2010-08-31 12:18:17:
直接优化配合物啊，不是研究配合物的结构吗？
高斯算磁性似乎不可啊

请高手再指点

版主好，第二个是聚合物，是不是可以选取其中的二聚体优化，看优化结果的哪部分呢，哪个能量最低？还有，是不是优化聚合物结构的时候要考虑压强呢？

是不是MS算磁性比较好，呵呵，多谢回答

[ Last edited by faqianliu on 2010-8-31 at 14:11 ]
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3楼2010-08-31 14:10:27
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erylingjet

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zhou2009(金币+2): 2010-09-12 15:13:10
zhou2009:编辑内容 2010-09-12 15:13
这两个不是同分异构体，不能以能量判断哪一个稳定。

好像这两个结构不在一个起跑线上。

MS计算磁性应该没问题的。

[ Last edited by zhou2009 on 2010-9-12 at 15:13 ]
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4楼2010-08-31 14:33:05
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faqianliu

银虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by erylingjet at 2010-08-31 14:33:05:
这两个不是同分异构体，不能以能量判断哪一个稳定。

好像这两个结构不在一个起码跑线上。

MS计算磁性应该没问题的。

其实第一个结构晶体里面还有一些溶剂，我画图给省略了，第二个聚合物没有溶剂，除掉溶剂的影响，这两个结构分子式是一样的
那应该怎么算呢，难道利用晶体优化一下结构？证明优化结果和晶体差不多，但是这好像说明不了什么问题吧，我这两个化合物是同样的起始原料在两个压力下合成的，能不能通过gaussian计算压力对结构的影响呢？
除计算磁性外，有没有高手给提出一个计算方法？
能不能在优化的时候给加上个压力参数？

[ Last edited by faqianliu on 2010-8-31 at 19:10 ]
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5楼2010-08-31 18:51:17
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erylingjet

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zhou2009(金币+2): 2010-09-12 15:15:22
可以不同压力，但是是在气相中。
直接加上pressure=1.5即可，1.5是你想要的压力
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6楼2010-08-31 19:31:06
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faqianliu

银虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by erylingjet at 2010-08-31 19:31:06:
可以不同压力，但是是在气相中。
直接加上pressure=1.5即可，1.5是你想要的压力

是不是在命令行里直接加，我在说明书上怎么没找到
我把结构拆了，取了部分，然后在每个Co上补了一个水分子，建模结构如下：

版主给看下，有什么建议没，我准备这样优化一下，然后在高压力再优化一下，看苯环和两个咪唑环之间的二面角有什么变化
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7楼2010-08-31 20:26:09
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erylingjet

铁杆木虫 (著名写手)
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结构是你想要的即可。

我怎么能在手册里找到呢，嘻嘻
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8楼2010-08-31 21:31:03
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faqianliu

银虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by erylingjet at 2010-08-31 21:31:03:
结构是你想要的即可。

我怎么能在手册里找到呢，嘻嘻

Item               Value     Threshold  Converged?
Maximum Force            ********     0.000450     NO
RMS     Force            2.025868     0.000300     NO
Maximum Displacement     1.431341     0.001800     NO
RMS     Displacement     0.250616     0.001200     NO
Predicted change in Energy=-2.517939D+00


>>>>>>>>>> Convergence criterion not met.
SCF Done:  E(RB+HF-LYP) =  -1492.02421584     A.U. after  301 cycles
             Convg  =    0.2693D-03             -V/T =  2.1190
             S**2   =   0.0000
Convergence failure -- run terminated.
Error termination via Lnk1e in /root//g03/l502.exe at Wed Sep  1 00:14:47 2010.
Job cpu time:  1 days  3 hours 24 minutes 19.7 seconds.
File lengths (MBytes):  RWF=     91 Int=      0 D2E=      0 Chk=     15 Scr=      1

昨晚跑了300圈，优化失败，越跑偏的越厉害，满眼都是泪啊
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9楼2010-09-01 07:53:51
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erylingjet

铁杆木虫 (著名写手)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
不用满眼都是泪。

你用的什么方法啊？基组呢？你那不是跑了三百圈吧？
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10楼2010-09-01 10:13:23
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