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[求助]
水分子建模方法
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行外人求助，请问做分子模拟的朋友，给讲一下水分子建模的方法主要有几种，评一下优劣 [ Last edited by genghuahua on 2012-3-19 at 14:39 ] |
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6楼2014-09-03 11:27:26
【答案】应助回帖
★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
zh1987hs: 金币+5, 谢谢 2012-03-19 15:56:20
感谢参与，应助指数 +1
zh1987hs: 金币+5, 谢谢 2012-03-19 15:56:20
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赚金币了，哈哈哈哈 1、vmd 直接就可以添加水分子 2、packmol 由一个水分子的PDB文件，就可以生产你规定的个数，你想要的形状 3、还有你可以自己编写程序生成，毕竟水分子只有三个原子构成，拓扑简单。 前面两种方法，在论坛里搜索一下，会有好多好多的介绍。 还有不同的水分子模型的介绍，推荐看lammps的介绍，地址： http://lammps.sandia.gov/doc/Section_howto.html#howto_7 |
2楼2012-03-19 15:22:30
3楼2012-03-19 18:13:10
【答案】应助回帖
★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
genghuahua: 金币+10, ★★★很有帮助 2012-03-19 18:51:32
jiaoyixiong: 金币+5, 赞！ 2012-03-20 08:29:32
感谢参与，应助指数 +1
genghuahua: 金币+10, ★★★很有帮助 2012-03-19 18:51:32
jiaoyixiong: 金币+5, 赞！ 2012-03-20 08:29:32
| “rigid model; flexible model; polarizable model 这是建模方法吗 还是point-charge electrostatic model ?”，这个准确说来应该是计算方法，分子模拟要把水分子的势能计算出来，这里面计算可以有几种方法，就是你提到的，rigid刚体模型（忽略键长和键角变化）只考略分子间力，而flexible model还要考略化学键的，计算会准确些不好计算量大耗时多。因为水分子是极性的，所以要考略部分电荷作用即point-charge electrostatic model ，不过我看到比较多的是简单电荷模型（simple point charge），至于你的体系适合用哪种模型，你可以参考相关的文献。建模这块，不知你用什么软件，一般都可以直接添加原子，或是先建立晶体模型再添加氢和氧原子。个人也是才接触分子模拟，不过发现很有意思，希望对你有所帮助吧。 |
4楼2012-03-19 18:23:56