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北京石油化工学院2026年研究生招生接收调剂公告
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gleerat

木虫 (正式写手)

[交流] 【求助成功】晶格优化中，murn.f的使用方法

在晶格参数优化中，拟合Murn状态方程需要用到murn.f编译生成的可执行文件，使用的输入文件为inp.m，其内容和格式为：
引用回帖:
2
0.25
6.00 7.45 50
8
6.0849 -.62120891E+01
6.2739 -.64553428E+01
6.4629 -.65246916E+01
6.6518 -.64694519E+01
6.8408 -.63284020E+01
7.0298 -.61271095E+01
7.2188 -.58843994E+01
7.4077 -.56183090E+01
-----------------------------------------

第二行是原胞与晶胞的的体积之比。
这里的晶胞是否就是在优化过程中使用的POSCAR所构建的晶胞，即如果使用原胞构建POSCAR的话，这里的比值就应该是1？

对于VASP来说，使用惯用晶胞优化得出的数据再次构建原胞而进行计算的话，对计算有什么影响么？也就是说使用原胞还是使用惯用晶胞优化对结果有无影响？

在静态自洽计算中使用的kmesh的大小与非自洽中的密集kmesh的大小有什么关系，也就是说满足条件的非自洽计算的kmesh至少要比静态计算的kmesh大多少？

[ Last edited by gleerat on 2010-11-13 at 13:01 ]
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明察、慎思、笃行
1楼 2010-08-24 17:45:36
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锐利的碎片

木虫 (正式写手)

star watcher
★
zzy870720z(金币+1):谢谢提示 2010-08-25 18:44:45
gleerat(金币+5): 2010-11-13 13:00:35
自我推荐下
http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=2056902
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2楼2010-08-24 20:40:09
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gleerat

木虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by 锐利的碎片 at 2010-08-24 20:40:09:
自我推荐下
http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=2056902

谢谢。
我还想知道另外的两个问题的答案，望不吝赐教。

我试着使用了一下eos，它是否不支持以埃和电子伏特为单位？
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明察、慎思、笃行
3楼2010-08-25 18:07:23
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锐利的碎片

木虫 (正式写手)

star watcher
★
zzy870720z(金币+1):谢谢补充 2010-08-25 18:45:01
gleerat(金币+5): 2010-11-13 13:00:42
只拟合参数的话，两个单位统一就行了，要算别的就要统一成原子单位。
另外注意下最后列数据的时候列的是体积不是晶格参数。
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4楼2010-08-25 18:18:46
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gleerat

木虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by 锐利的碎片 at 2010-08-25 18:18:46:
只拟合参数的话，两个单位统一就行了，要算别的就要统一成原子单位。
另外注意下最后列数据的时候列的是体积不是晶格参数。

这是输入文件：
引用回帖:
CaFe2As afm-opt
20
2
11.654 11.674 50
11
349.7400 -138.628584
349.8000 -138.625185
349.8600 -138.621861
349.9200 -138.618444
349.9800 -138.615030
350.0400 -138.611600
350.1000 -138.608153
350.1600 -138.604723
350.2200 -138.601295
350.2800 -138.597855
350.3400 -138.594417

这是输出文件EVPAI.OUT：
引用回帖:
  0.58272000000000002       -7.7674340427867836     
  0.58274000000000004       -7.7674332047055623     
  0.58276000000000006       -7.7674323666222618     
  0.58277999999999996       -7.7674315285369193     
  0.58279999999999998       -7.7674306904495172     
  0.58282000000000000       -7.7674298523600553     
  0.58284000000000002       -7.7674290142685329     
  0.58285999999999993       -7.7674281761749517     
  0.58288000000000006       -7.7674273380793109     
  0.58289999999999997       -7.7674264999816112     
  0.58291999999999999       -7.7674256618818518     
  0.58294000000000001       -7.7674248237800345     
  0.58296000000000003       -7.7674239856761584     
  0.58297999999999994       -7.7674231475702236     
  0.58299999999999996       -7.7674223094622512     
  0.58301999999999998       -7.7674214713522005     
  0.58304000000000000       -7.7674206332400928     
  0.58305999999999991       -7.7674197951259272     
  0.58308000000000004       -7.7674189570097045     
  0.58309999999999995       -7.7674181188914249     
  0.58311999999999997       -7.7674172807710882     
  0.58313999999999999       -7.7674164426486954     
  0.58316000000000001       -7.7674156045242464     
  0.58317999999999992       -7.7674147663977209     
  0.58319999999999994       -7.7674139282691597     
  0.58322000000000007       -7.7674130901385423     
  0.58323999999999998       -7.7674122520058502     
  0.58326000000000000       -7.7674114138711214     
  0.58328000000000002       -7.7674105757343188     
  0.58330000000000004       -7.7674097375954609     
  0.58331999999999995       -7.7674088994545487     
  0.58333999999999997       -7.7674080613115821     
  0.58335999999999999       -7.7674072231665612     
  0.58338000000000001       -7.7674063850194859     
  0.58339999999999992       -7.7674055468703376     
  0.58342000000000005       -7.7674047087191358     
  0.58343999999999996       -7.7674038705659001     
  0.58345999999999998       -7.7674030324105914     
  0.58348000000000000       -7.7674021942532301     
  0.58350000000000002       -7.7674013560937958     
  0.58351999999999993       -7.7674005179323293     
  0.58353999999999995       -7.7673996797687899     
  0.58355999999999997       -7.7673988416031996     
  0.58357999999999999       -7.7673980034355568     
  0.58359999999999990       -7.7673971652658427     
  0.58362000000000003       -7.7673963270940964     
  0.58363999999999994       -7.7673954889202799     
  0.58365999999999996       -7.7673946507444116     
  0.58367999999999998       -7.7673938125664934     
  0.58370000000000000       -7.7673929743865040

这是输出文件EVPAP.OUT：
引用回帖:
   17.487000000000002       -6.9314291999999993     
   17.490000000000002       -6.9312592499999992     
   17.493000000000002       -6.9310930499999994     
   17.496000000000002       -6.9309222000000004     
   17.499000000000002       -6.9307514999999995     
   17.502000000000002       -6.9305800000000009     
   17.505000000000003       -6.9304076499999994     
   17.508000000000003       -6.9302361500000007     
   17.511000000000003       -6.9300647499999997     
   17.513999999999999       -6.9298927500000005     
   17.516999999999999       -6.9297208499999998     

我的问题是：如何从EVPAI.out中得到优化结果的晶格参数？
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明察、慎思、笃行
5楼2010-08-25 20:19:16
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锐利的碎片

木虫 (正式写手)

star watcher
gleerat(金币+5): 2010-11-13 13:01:26
引用回帖:
Originally posted by gleerat at 2010-08-25 20:19:16:

这是输入文件：
这是输出文件EVPAI.OUT：
这是输出文件EVPAP.OUT：
我的问题是：如何从EVPAI.out中得到优化结果的晶格参数？

最低点体积在param.out里面
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6楼2010-08-25 20:25:30
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gleerat

木虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by 锐利的碎片 at 2010-08-25 20:25:30:

最低点体积在param.out里面

在候柱峰的《入门指南》中说道：
引用回帖:
采用状态方程拟合得到平衡状态下的体积、体弹模量。
在该体积下，重复上面第二步和第三步，得到平衡状态下的其他的晶胞参数。这一步也就是：在得到了E(V)曲线以后，通过状态方程拟合得到平衡状态下的体积，计算出上面脚本中变量$i的值，并改变$i的循环值，再运行runcell计算一次，得到其他的结构参数c和位置u。

1、这里说到“计算出上面脚本中变量$i的值”，因为极有可能平衡体积不是计算中给定的$i值对应的体积，而晶胞形状也改变了，那么如何计算平衡状态下的$i值？
2、“改变$i的循环值”，是说“原来优化的是a，现在改为优化b”这个意思么？
3、在EVPAI.OUT和EVPAP.OUT中两列数据是对应着么？怎么同样是能量，在EVPAP.OUT第一列数据（能量）明显要比EVPAI.OUT中的（能量）大的很多，而且EVPAI.OUT的两列数据（能量和体积）明显不在EVPAP.OUT范围内？在PARAM.OUT中出现的平衡体积也不在EVPAI.OUT中出现？
引用回帖:
CaFe2As2

Murnaghan EOS
Murnaghan F D, Am. J. Math. 49, p235 (1937)

(Default units are atomic: Hartree, Bohr etc.)

V0                =           0.8581027941E-05
E0                =           -155.8020874   
B0                =           0.3000079390E-02
B0'               =           0.1000005891E-04

B0 (GPa)          =            88.26536818   

[ Last edited by gleerat on 2010-8-25 at 21:58 ]
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明察、慎思、笃行
7楼2010-08-25 21:54:27
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gleerat

木虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by 锐利的碎片 at 2010-08-25 20:25:30:

最低点体积在param.out里面

我用Murn拟合的结果：
引用回帖:
FIT BY MURNAGHAN EQUATION EQUATION OF STATE
-------------------------------------------------------------------------------

ITER ALATT0   VOL0 (ULA**3)  B0 (MBAR)     B0PRIME      E0 (EV)    SUM OF SQUARES
                                                                           IERR

   20  11.6070    390.93557     44.22016    236.91881   -138.68376      0.00000
                                                                             10
   40  11.6049    390.71578     51.35014    279.16539   -138.69018      0.00000
                                                                             10
   60  11.6074    390.96808     54.84225    298.57001   -138.68727      0.00000
                                                                             10
   80  11.6097    391.20231     57.16045    311.12902   -138.68418      0.00000
                                                                             10
  100  11.6115    391.38848     60.24171    328.23583   -138.68202      0.00000
                                                                             10
  120  11.6140    391.63791     63.73295    347.38332   -138.67885      0.00000
                                                                             10
  140  11.6139    391.63337     63.96723    348.76331   -138.67898      0.00000
                                                                              1
  160  11.6154    391.78090     66.11759    360.53890   -138.67708      0.00000
                                                                             10
  180  11.6176    392.00145     70.13895    382.68500   -138.67434      0.00000
                                                                             10
  200  11.6195    392.19658     73.85296    403.11390   -138.67187      0.00000
                                                                             10
  220  11.6195    392.19099     74.58457    407.31816   -138.67209      0.00000
                                                                              1
  240  11.6219    392.43936     79.45171    433.91890   -138.66886      0.00000
                                                                             10
  260  11.6239    392.63890     85.90905    469.79775   -138.66655      0.00000
                                                                             10
  280  11.6258    392.83065     90.77614    496.44831   -138.66405      0.00000
                                                                             10
  300  11.6257    392.82255     90.96167    497.60759   -138.66420      0.00000
                                                                              1
  320  11.6281    393.06961     98.66533    539.95532   -138.66103      0.00000
                                                                             10
  340  11.6300    393.25841    105.75179    578.99435   -138.65864      0.00000
                                                                             10
  360  11.6312    393.38182    111.21954    609.14271   -138.65709      0.00000
                                                                             10
  380  11.6330    393.56618    120.91667    662.70032   -138.65482      0.00000
                                                                             10
  400  11.6344    393.70253    128.29361    703.35551   -138.65307      0.00000
                                                                             10
  420  11.6356    393.83222    136.90084    750.87243   -138.65145      0.00000
                                                                             10
  440  11.6370    393.97242    147.20622    807.70666   -138.64969      0.00000
                                                                             10
  460  11.6377    394.04404    153.29677    841.35978   -138.64880      0.00000
                                                                             10
  480  11.6377    394.04397    153.37512    841.79671   -138.64880      0.00000
                                                                              1
  500  11.6377    394.04407    153.37242    841.77987   -138.64880      0.00000
                                                                              1
  520  11.6377    394.04441    153.38161    841.82848   -138.64879      0.00000
                                                                              1
  540  11.6377    394.04446    153.41227    842.00057   -138.64879      0.00000
                                                                              1
  560  11.6377    394.04474    153.41587    842.01819   -138.64879      0.00000
                                                                              1
  580  11.6377    394.04466    153.42263    842.05719   -138.64879      0.00000
                                                                              1
  600  11.6380    394.07095    155.59950    854.05452   -138.64846      0.00000
                                                                              1
  620  11.6380    394.07058    155.62739    854.21573   -138.64846      0.00000
                                                                              0
  620  11.6380    394.07058    155.62739    854.21573   -138.64846      0.00000
                                                                              0
-------------------------------------------------------------------------------

      ALATT0   VOL0 (ULA**3)  B0 (MBAR)     B0PRIME       E0 (EV)      E0 (RY)

alat=  11.63799 b0=  155.6274 b0p=   854.216 E0=  -5.095122
       11.6380    394.07058    155.62739    854.21573   -138.64846    -10.19037
        6.1586
-------------------------------------------------------------------------------

        alat(A)          energy(Ryd)            alat(bohr)          ener gy(H)
-------------------------------------------------------------------------------

        6.16703         -10.1889123       11.65400          -5.0944562
        6.16725         -10.1888623       11.65441          -5.0944312
        6.16746         -10.1888121       11.65482          -5.0944061
        6.16768         -10.1887618       11.65522          -5.0943809
        6.16789         -10.1887115       11.65563          -5.0943557
        6.16811         -10.1886610       11.65604          -5.0943305
        6.16833         -10.1886104       11.65645          -5.0943052
        6.16854         -10.1885597       11.65686          -5.0942799
        6.16876         -10.1885090       11.65727          -5.0942545
        6.16897         -10.1884581       11.65767          -5.0942291
        6.16919         -10.1884073       11.65808          -5.0942036
        6.16941         -10.1883563       11.65849          -5.0941782
        6.16962         -10.1883053       11.65890          -5.0941527
        6.16984         -10.1882543       11.65931          -5.0941271
        6.17005         -10.1882032       11.65971          -5.0941016
        6.17027         -10.1881521       11.66012          -5.0940760
        6.17049         -10.1881009       11.66053          -5.0940504
        6.17070         -10.1880497       11.66094          -5.0940248
        6.17092         -10.1879985       11.66135          -5.0939992
        6.17113         -10.1879472       11.66176          -5.0939736
        6.17135         -10.1878959       11.66216          -5.0939479
        6.17157         -10.1878446       11.66257          -5.0939223
        6.17178         -10.1877932       11.66298          -5.0938966
        6.17200         -10.1877418       11.66339          -5.0938709
        6.17221         -10.1876904       11.66380          -5.0938452
        6.17243         -10.1876390       11.66420          -5.0938195
        6.17265         -10.1875876       11.66461          -5.0937938
        6.17286         -10.1875361       11.66502          -5.0937681
        6.17308         -10.1874847       11.66543          -5.0937423
        6.17329         -10.1874332       11.66584          -5.0937166
        6.17351         -10.1873817       11.66624          -5.0936909
        6.17373         -10.1873302       11.66665          -5.0936651
        6.17394         -10.1872787       11.66706          -5.0936393
        6.17416         -10.1872272       11.66747          -5.0936136
        6.17437         -10.1871756       11.66788          -5.0935878
        6.17459         -10.1871241       11.66829          -5.0935620
        6.17481         -10.1870725       11.66869          -5.0935363
        6.17502         -10.1870209       11.66910          -5.0935105
        6.17524         -10.1869694       11.66951          -5.0934847
        6.17545         -10.1869178       11.66992          -5.0934589
        6.17567         -10.1868662       11.67033          -5.0934331
        6.17589         -10.1868146       11.67073          -5.0934073
        6.17610         -10.1867630       11.67114          -5.0933815
        6.17632         -10.1867114       11.67155          -5.0933557
        6.17653         -10.1866598       11.67196          -5.0933299
        6.17675         -10.1866081       11.67237          -5.0933041
        6.17697         -10.1865565       11.67278          -5.0932782
        6.17718         -10.1865049       11.67318          -5.0932524
        6.17740         -10.1864532       11.67359          -5.0932266
        6.17761         -10.1864016       11.67400          -5.0932008

其中有
引用回帖:
      ALATT0   VOL0 (ULA**3)  B0 (MBAR)     B0PRIME       E0 (EV)      E0 (RY)

alat=  11.63799 b0=  155.6274 b0p=   854.216 E0=  -5.095122
       11.6380    394.07058    155.62739    854.21573   -138.64846    -10.19037
        6.1586

是不是说alat=  11.63799是我要的平衡状态下的晶胞参数a的结果？
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明察、慎思、笃行
8楼2010-08-25 22:43:16
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