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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » Vasp&MedeA » 【原创】elk中的状态方程拟合工具eos
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锐利的碎片

木虫 (正式写手)

[资源] 【原创】elk中的状态方程拟合工具eos

目前相当好的拟合工具。使用方法可以看下里面的说明。
－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－
                        +---------------------------+
                         |     EOS Version 1.4.0     |
                         +---------------------------+

Equation of state (EOS) program for fitting energy-volume data. The following
variables are set in the file eos.in:

cname               : name of crystal up to 256 characters
natoms              : number of atoms in unit cell
etype               : equation of state type (see below)
vplt1, vplt2, nvplt : volume interval over which to plot energy, pressure etc.
                       as well as the number of points in the plot
nevpt               : number of energy-volume points to be inputted
vpt(i) ept(i)       : energy-volume points (atomic units)

Note that the input units are atomic - Bohr and Hartree (NOT Rydbergs).

The equations of state currently implemented are:
1. Universal EOS (Vinet P et al., J. Phys.: Condens. Matter 1, p1941 (1989))
2. Murnaghan EOS (Murnaghan F D, Am. J. Math. 49, p235 (1937))
3. Birch-Murnaghan 3rd-order EOS (Birch F, Phys. Rev. 71, p809 (1947))
4. Birch-Murnaghan 4th-order EOS
5. Natural strain 3rd-order EOS (Poirier J-P and Tarantola A, Phys. Earth
    Planet Int. 109, p1 (1998))
6. Natural strain 4th-order EOS
7. Cubic polynomial in (V-V0)

--------------------------------------------------------------------------------
J. K. Dewhurst
August 2005
http://d.namipan.com/d/4822647a13c38712c26286e291d0cdb12e7987b8fa430400
10楼有gfortran编译的可执行文件和源码。elk虽然是GPL的，大家使用时还是注意下版权问题。

[ Last edited by 锐利的碎片 on 2010-5-21 at 13:10 ]
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1楼2010-05-16 14:56:49
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zhang668

木虫 (正式写手)
★ ★
mazuju028(金币+2):谢谢交流 2010-10-27 11:02:34
刚算了一下，如果用eV，A单位，得到的P要除以183.816，即Ha/Au3=183.816eV/A3.
但是由于焓H里含有正确的E和错误的P，所以H-P结果要转换过来还要多费两步。因此，还是再输入的时候就全转换为原子单位为好。

[ Last edited by zhang668 on 2010-10-14 at 23:06 ]
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14楼2010-10-14 23:03:29
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lfhuang

木虫 (著名写手)

★★★★★ 五星级,优秀推荐

好贴，支持！并已经转载到个人博客里面了。
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4楼2010-05-20 10:16:54
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huangdan9604

铁杆木虫 (正式写手)

★★★★★ 五星级,优秀推荐

呵呵，好东西
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5楼2010-05-20 12:17:11
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huangdan9604

铁杆木虫 (正式写手)
error while loading shared libraries: libguide.so: cannot open shared object file: No such file or directory.
楼主能否把使用说的详细一点， 我 ./eos < eos.in 为什么会产生上面的错误啊，苦恼中！！
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6楼2010-05-20 12:40:38
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calos818

木虫 (著名写手)

★★★★★ 五星级,优秀推荐

帮楼上的顶下，希望楼主解决下楼上的问题呵呵，谢谢楼主分享！！！
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7楼2010-05-20 13:43:37
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锐利的碎片

木虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by huangdan9604 at 2010-05-20 12:40:38:
error while loading shared libraries: libguide.so: cannot open shared object file: No such file or directory.
楼主能否把使用说的详细一点， 我 ./eos < eos.in 为什么会产生上面的错误啊，苦恼中！！

可能是库的问题，我装elk用了mkl去下一个elk在eos目录编译一下就行了。明天再传一个gfortran的。

[ Last edited by 锐利的碎片 on 2010-5-20 at 23:21 ]
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8楼2010-05-20 23:02:36
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huangdan9604

铁杆木虫 (正式写手)
楼主，怎么还没有传啊，坐等Fortran的
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9楼2010-05-21 11:40:01
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锐利的碎片

木虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by huangdan9604 at 2010-05-21 11:40:01:
楼主，怎么还没有传啊，坐等Fortran的

已上传，要是还不行就自己make一下。
http://d.namipan.com/d/0483c8fe9 ... f6308213d89ed510000
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10楼2010-05-21 13:08:17
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guohuazhong

至尊木虫 (职业作家)
elk程序好编译，不需要什么技巧，程序非常好
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11楼2010-05-27 09:40:17
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ztwang

铜虫 (小有名气)

★★★★★ 五星级,优秀推荐

已下载，感觉还不错。
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12楼2010-05-27 11:47:43
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zhang668

木虫 (正式写手)

★★★★★ 五星级,优秀推荐

不知道大家一般选哪个状态方程？还有一个就是单位的问题，我一般直接选择E，V的输入单位就是eV，A，除了拟合出来的E-V单位应该还是这个外，我觉得压强单位应该变了，就是得到结果的压强虽然以GPa为单位，但是值肯定不一样的，不知道大家怎么换算？如下为得到的P-V，明显P很大啊。
PVPAT.OUT：
   20.8900000000000        14969.9645177969     
   21.8050000000000        10902.7771633449     
   22.7500000000000        7467.83064949064     
   23.7200000000000        4597.20824565116     
   24.7150000000000        2210.71355519284     
   25.7400000000000        230.226553695922     
   26.7900000000000       -1392.22471282881     
   27.8700000000000       -2714.94690449880     
   28.9800000000000       -3779.92212009348     
   30.1200000000000       -4624.07873273586
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13楼2010-10-14 22:42:57
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zxzj05

荣誉版主 (著名写手)

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好资源！！！！
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15楼2010-10-15 09:13:49
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sunyang1988

至尊木虫 (著名写手)

★★★★★ 五星级,优秀推荐

好东西
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16楼2010-10-15 10:10:41
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sunyang1988

至尊木虫 (著名写手)
请问下载自带的eos.in中参数是什么意思
"Silicon"                    : cname
2                            : natoms
1                            : etype
140.0 450.0 1000             : vplt1, vplt2, nvplt
7                            : nevpt
165.8207473 -578.0660968
196.8383062 -578.1728409
231.5010189 -578.2305598
270.0113940 -578.2548962
312.5719400 -578.2566194
359.3851654 -578.2453281
410.6535788 -578.2253154
466.5796888 -578.2028836
第四行是什么意思，README里说volume interval over which to plot energy, pressure etc. as well as the number of points in the plot 看不懂请指教
还有就是从第六行开始的数据左边是体积右边是能量吗，如果是都用了什么单位呢。为什么体积变化这么大，右边能量变化却很小，谢谢了
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17楼2010-10-15 10:17:48
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fzuvivi

金虫 (小有名气)
帮忙顶下楼上的，楼主能不能具体的介绍下拟合工具相关参数的单位？？？
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18楼2010-10-18 10:38:39
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fzuvivi

金虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by zzy870720z at 2010-05-16 19:27:48:
感谢分享

弱弱地请教下斑竹，这个eos拟合工具的输入文件eos.in中，体积和能量的单位分别是什么？最后得到的结果是不是都只是单位原子下的值？谢谢了～
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19楼2010-11-25 21:19:55
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zzy870720z

荣誉版主 (文坛精英)
引用回帖:
Originally posted by fzuvivi at 2010-11-25 21:19:55:

弱弱地请教下斑竹，这个eos拟合工具的输入文件eos.in中，体积和能量的单位分别是什么？最后得到的结果是不是都只是单位原子下的值？谢谢了～

看一下13楼的，看看是否能帮助你
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20楼2010-11-25 22:54:55
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fzuvivi

金虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by zzy870720z at 2010-11-25 22:54:55:


看一下13楼的，看看是否能帮助你

再次麻烦斑竹了，我昨晚看了半天，终于搞明白了，这个拟合工具的E和V都要用原子单位（atomic unit）。于是，我将得到的E（ev）和V（A3）换算后，并采用3rd的BM方程拟合写成eos.in。然后得到结果。但是，我发现PARAM.OUT里面的体模量B值很诡异：我试的是Si，实验B值是0.99Mbar（即99GPa），可拟合得到的却是0.136？（4026GPa）。太离谱了，还是感觉是因为单位换算存在的问题。。。希望楼主也帮解释解释。谢谢了！！
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21楼2010-11-26 10:06:10
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enola

捐助贵宾 (正式写手)

★★★★★ 五星级,优秀推荐

感谢搂住阿
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22楼2011-01-11 16:30:01
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navyzhang

木虫 (正式写手)

★★★★★ 五星级,优秀推荐

这可是传说中的侯老师都推荐的工具哇！
http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=2482802
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23楼2011-05-25 17:18:03
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navyzhang

木虫 (正式写手)
楼主能否给我发一份？
纳米上20几K下起来都要等待
还不知道要等待到啥时候
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24楼2011-05-25 17:20:14
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lucyyyh

新虫 (小有名气)

★★★★★ 五星级,优秀推荐

下载不了 能否发到信箱中 :347674310@qq.com
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25楼2011-08-15 14:31:50
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ufo991

铁虫 (正式写手)

★★★★★ 五星级,优秀推荐

谁能给俺传一份这个程序呢？灰常感谢啦。ufo991@163.com
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27楼2011-09-27 09:54:46
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锐利的碎片

木虫 (正式写手)
eos.rar
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liancsh
28楼2011-09-27 10:32:11
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souledge

专家顾问 (著名写手)

★★★ 三星级,支持鼓励

引用回帖:
27楼: Originally posted by ufo991 at 2011-09-27 09:54:46:
谁能给俺传一份这个程序呢？灰常感谢啦。ufo991@163.com

直接到elk.sourceforge.net上下载整个elk，然后编译src/eos里的内容就可以了～
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29楼2011-10-05 13:19:12
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xiaowu787

木虫 (正式写手)

★★★★★ 五星级,优秀推荐

以下两种结果与实验相差都很大，高手指点一下!

[whz@localhost test]$ more PARAM.OUT

Silicon

Birch-Murnaghan 3rd-order EOS
Birch F, Phys. Rev. 71, p809 (1947)

(Default units are atomic: Hartree, Bohr etc.)

V0                =            296.7512868   
E0                =           -578.2575138   
B0                =           0.2486647064E-02
B0'               =            4.117362248   

B0 (GPa)          =            73.15967018   

[whz@localhost test]$ more eos.in
"Silicon"                    : cname
2                            : natoms
3                            : etype
140.0 450.0 1000             : vplt1, vplt2, nvplt
8                            : nevpt
165.8207473 -578.0660968
196.8383062 -578.1728409
231.5010189 -578.2305598
270.0113940 -578.2548962
312.5719400 -578.2566194
359.3851654 -578.2453281
410.6535788 -578.2253154
466.5796888 -578.2028836
[whz@localhost test]$


[whz@localhost test]$ more PARAM.OUT

Silicon

Universal EOS
Vinet P et al., J. Phys.: Condens. Matter 1, p1941 (1989)

(Default units are atomic: Hartree, Bohr etc.)

V0                =            295.4576079   
E0                =           -578.2578353   
B0                =           0.2591304888E-02
B0'               =            4.291344871   

B0 (GPa)          =            76.23880915   

[whz@localhost test]$ more eos.in
"Silicon"                    : cname
2                            : natoms
1                            : etype
140.0 450.0 1000             : vplt1, vplt2, nvplt
8                            : nevpt
165.8207473 -578.0660968
196.8383062 -578.1728409
231.5010189 -578.2305598
270.0113940 -578.2548962
312.5719400 -578.2566194
359.3851654 -578.2453281
410.6535788 -578.2253154
466.5796888 -578.2028836
[whz@localhost test]$
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30楼2011-10-27 21:56:05
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liancsh

铜虫 (小有名气)
送鲜花一朵
引用回帖:
28楼: Originally posted by 锐利的碎片 at 2011-09-27 10:32:11:
eos.rar

linux新手请问：在把你上传的这个文件复制到linux下eos目录后，如何编译eveos.f90才能用？是不是把所有的f90文件都编译呢？我还不知道在linux下编译是怎么回事，望大侠指教。
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34楼2012-02-15 04:41:56
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xueht987

木虫 (正式写手)

★★★★★ 五星级,优秀推荐

楼主能否传我一份呢？麻烦了，2316626965@qq.com
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37楼2012-03-25 00:46:13
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donggaomin

金虫 (正式写手)

★★★★★ 五星级,优秀推荐

引用回帖:
918787楼: Originally posted by 锐利的碎片 at 2010-05-16 14:56:49:
目前相当好的拟合工具。使用方法可以看下里面的说明。
－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－
                        +---------------------------+
                         |     ...

请问版主：PVPAP。OUT中的P单位是什么？如果是Ha/a.u.^3就太大了，是不是Gpa?

第二，使用这个程序，文章中除了引用程序中提到的文献，是否还要引用elk的什么文献？如果要，是什么？谢谢您！

祝好！
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39楼2012-05-08 21:24:59
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donggaomin

金虫 (正式写手)
引用回帖:
918787楼: Originally posted by 锐利的碎片 at 2010-05-16 14:56:49:
目前相当好的拟合工具。使用方法可以看下里面的说明。
－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－
                        +---------------------------+
                         |     ...

用这个EOS拟合出来的V0，能量最低，但这时静态计算出来的应力不为0，为负的5GPa。Why??您遇到过这种情况吗？

我的静态计算用的是ISMEAR=-5
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40楼2012-05-12 11:18:31
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kervinzhao

铁杆木虫 (职业作家)

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LZ好人
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41楼2012-10-16 20:41:52
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cheapskate

木虫 (正式写手)

★★★★★ 五星级,优秀推荐

我这下载不了，楼主可否给我发一份儿，谢谢了
wuji_1zhang@163.com
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42楼2012-10-27 18:57:39
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zzy870720z2楼
2010-05-16 19:27   回复  
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kgdu3楼
2010-05-16 20:11   回复  
 谢谢分享
uuv201026楼
2011-08-15 19:54   回复  
五星好评  
liancsh31楼
2011-10-27 23:40   回复  
五星好评  顶一下，感谢分享！
kgdu32楼
2011-12-04 13:31   回复  
顶一下，感谢分享！
qqpie33楼
2011-12-17 03:03   回复  
五星好评  顶一下，感谢分享！
fanarsenal35楼
2012-02-15 14:34   回复  
五星好评  顶一下，感谢分享！
tider36楼
2012-03-05 11:39   回复  
五星好评  顶一下，感谢分享！
seventrees38楼
2012-03-30 09:21   回复  
五星好评  
bigcontinent43楼
2013-06-24 10:03   回复  
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heju44楼
2013-08-28 15:24   回复  
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tonglijia45楼
2013-09-29 19:41   回复  
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swuhaizhilan46楼
2013-10-16 19:53   回复  
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tsin1847楼
2013-10-24 18:48   回复  
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superstat5448楼
2013-10-30 22:24   回复  
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白菜胡萝卜49楼
2013-11-01 17:20   回复  
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excellencer50楼
2013-11-05 23:11   回复  
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