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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » Vasp&MedeA » 关于VASP一些琐事的求助（K点，吸附优化等）
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thelrgbird

金虫 (小有名气)

[求助] 关于VASP一些琐事的求助（K点，吸附优化等）

请教一下大家一些问题，我用的软件是VASP：
首先对于吸附计算来说，一开始要进行吸附材料的结构优化计算。一般在优化的时候是不是直接ISIF=3进行优化就可以了？如果被吸附的物质只是一个材料的某一片层的话，我可不可以直接对bulk进行ISIF=3的优化，然后对bulk切出我想要的那个面，直接用ISIF=2，（假设片层材料包括四层），固定第四层的原子，将其余的原子进行弛豫，进行优化呢？

上面说的是结构优化时ISIF参数设置的问题，接下来就是K点设置的问题了：
我看到好多做计算的人的k点设置都是n*n*y（例如8*8*1；11*11*3等等）。那他们的K点是怎么确定下来的呢？先做前两个参数的筛选，然后在进行第三个参数的筛选吗？对于n*n*y这样参数的设置的方法与n*n*n这样设置的方法在计算上会不会明显的节约资源？还有的就是奇偶数字的问题，我在manu上看到：“It is recommended to use even meshes (e.g. 8*8*8) for up to n=8 . From there on odd meshes are more efficient (e.g.11*11*11 ).” 但是我在文献中也常常看到5*5*5的K点出现，请问这是什么原因呢？

（对于K点我还有一个疑问就是看木虫上很多人的K点都可以直接用一个个小格子画出来，具体专业性的描述我不大清楚怎么说，以前我没有接触过，想顺便在此也请教大家一下怎么画？以及画出来的图像与实际的体相材料有什么样的联系？）

说完了K点的设置接下来就是吸附的过程了。在我吸附的时候被吸附原子在添加之前以及添加之后一定会对原本的体相材料的对称性有一定的影响，那么这样的话，我还可以仍旧使用原来体相材料的K点参数进行计算吗？这样的计算还会准吗？需不需要再一次的进行K-mesh搜寻之后再进行结构优化呢？

最后就是一个比较实际的问题，在我目前的计算当中常常会出现内存不足的现象（我只是做一个H在Ni的(111)面吸附的一个过程，体系中只有1个H和36个Ni原子），但是在计算的过程中，我通过估算manu上一个公式的估算，算出我这个体系需要约70GB的内存才能够计算出来，因此我的这个任务因内存溢出而失败了。我在木虫上看到有人用的是一个叫做make***的东西来预测内存使用的，不知道是怎么预测的呢？还有就是通过什么办法可以让我的内存使用降低部分呢？

由于我是我们组第一个搞计算的人，很多基础性的问题不是很懂，问的问题有些很幼稚，让你给大家见笑了。麻烦大家帮忙指点一下，不胜感激！
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1楼2011-12-22 20:14:51
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回帖支持 ( 显示支持度最高的前 50 名 )

zhxd1028

禁虫 (小有名气)
★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ...
thelrgbird(金币+80): ★★★★★最佳答案 双手奉上俺的金币，谢谢帮助！对我来说太有用了！能加一个qq吗？以后有机会多多交流。谢谢！ 2011-12-23 13:26:12
WDD880227(金币+2): 很有帮助~~谢谢交流~~ 2011-12-23 14:50:19
liliangfang(金币+2): 多谢指教 2011-12-23 14:50:20
WDD880227(金币+20): 2011-12-23 14:59:46
WDD880227(金币+20): 2011-12-23 14:59:53
WDD880227(金币+20): 2011-12-23 15:00:20
WDD880227(金币+20): 2011-12-23 15:00:37
WDD880227(金币+20): 楼主要求给你追加的金币~~~谢谢交流~~~ 2011-12-23 15:01:04
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thelrgbird
7楼2011-12-23 13:16:16
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普通回帖

cenwanglai

荣誉版主 (知名作家)

老和山猥琐派九段

优秀版主
★
WDD880227(金币+1): 欢迎交流~~ 2011-12-23 08:35:26
说说你的计算硬件~

嗯，列出计算硬件列表吧：cpu个数，核数，主频，内存~
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2楼2011-12-22 20:47:41
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thelrgbird

金虫 (小有名气)
★
WDD880227(金币+1): 感谢交流~~ 2011-12-23 08:36:02
引用回帖:
2楼: Originally posted by cenwanglai at 2011-12-22 20:47:41:
说说你的计算硬件~

嗯，列出计算硬件列表吧：cpu个数，核数，主频，内存~

我用的是天河1A大系统进行计算的，硬件方面不是很懂，下面是粘贴的他们网站上的信息：
“二期系统（TH-1A）于2010年8月在国家超级计算天津中心升级完成，峰值速度提升为4700TFlops，持续速度提升为2566TFlops（LINPACK实测值），部分采用了自主研制的飞腾－1000中央处理器。”
我所拥有的是3个节点，每个节点有两个CPU，每个CPU有6个核；一个核分配2G内存。
因此我总共有3个节点，6个CPU，36个核，72GB的内存
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3楼2011-12-22 21:02:27
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thelrgbird

金虫 (小有名气)
★
WDD880227(金币+1): 欢迎交流~~ 2011-12-23 08:36:25
引用回帖:
2楼: Originally posted by cenwanglai at 2011-12-22 20:47:41:
说说你的计算硬件~

嗯，列出计算硬件列表吧：cpu个数，核数，主频，内存~

这里是总体技术指标：

（1）峰值速度4700TFlops，持续速度2566TFlops（LINPACK实测值），内存总容量262TB，存储总容量2PB。

（2）计算处理系统：包含7168个计算结点和1024个服务结点。每个计算结点包含2路英特尔CPU和一路英伟达GPU，每个服务结点包含2路飞腾CPU。全系统共计23552个微处理器，其中英特尔至强X5670 CPU（2.93GHz、6核）14336个、飞腾－1000 CPU（1.0GHz、8核）2048个、英伟达M2050 GPU（1.15GHz、14核/448个CUDA核）7168个，CPU核共计102400个，GPU核共计100352个。

（3）互连通信系统：采用自主设计的高阶路由芯片NRC和高速网络接口芯片NIC，实现光电混合的胖树结构高阶路由网络，链路双向带宽160Gbps，延迟1.57us。

（4）输入输出系统：采用Lustre全局分布共享并行I/O结构，6个元数据管理结点，128个对象存储结点，总容量2PB。

（5）监控诊断系统：采用分布式集中管理结构，实现系统实时安全监测、控制和调试诊断。

（6）基础架构系统：采用高密度双面对插组装结构，冷冻水空调密闭风冷散热。环境温度10℃～35℃，湿度10％～90％。

（7）操作系统：64位麒麟Linux，面向高性能并行计算优化，支持能耗管理、高性能虚拟计算域等，可广泛支持第三方应用软件。

（8）编译系统：支持C、C++、Fortran77/90/95、Java语言，支持OpenMP、MPI并行编程，支持异构协同编程框架，高效发挥CPU和GPU的协同计算能力。
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4楼2011-12-22 21:03:59
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zhxd1028

禁虫 (小有名气)
★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
WDD880227(金币+3): 很有用，感谢交流~~~感谢对本版的帮助~~~ 2011-12-23 08:37:33
liliangfang(金币+1): 多谢交流，很有用 2011-12-23 09:05:38
fzx2008(金币+2): 讲的很好 2011-12-23 09:16:10
thelrgbird(金币+20): ★★★很有帮助 谢谢指教！俺还有些细节问题想要咨询一下，麻烦您再看一下，谢谢！ 2011-12-23 10:34:06
本帖内容被屏蔽
5楼2011-12-23 00:36:41
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thelrgbird

金虫 (小有名气)
引用回帖:
5楼: Originally posted by zhxd1028 at 2011-12-23 00:36:41:
对于H在Ni（111）面的吸附这样的问题，你的计算条件完全够了。
回答的问题:
(1)一般来说，表面吸附优化结构ISIF=2就行了。
(2)K点的设置没有固定的规则，只要K点够大，保证K点的精度就可以了。就像文献中用的5 ...

谢谢帮助！
我还是有一些问题想问一下：
第一个：您说的ISIF=2的优化是说对slab的优化以及slab吸附完一个原子之后的模型的优化这两个都用ISIF=2的意思吗？
第二个关于K点的：
我对K点的筛选是按照侯老师的那个脚本进行筛选的，筛选结果如下：
9   88   -182.505998
11 146 -182.480363
13 231 -182.483605
15 349 -182.487558
17 489 -182.458022
19 670 -182.458942
第一个就是n*n*n中的n；第二个是不可约K点；第三个就是您所说的TOTEN了。因此我用的是17。
对于您所提到的n*n*y中固定比例扩大K点设置的方法我很感兴趣，可不可以麻烦您做一下更详尽的解释呢？或者告诉我下在哪里可以看到更详细的解释呢？谢谢啦。对于您说的那个n*n*y的K点设置中我还是有一个问题：您说的貌似是对bulk设置K点的情况吧？对于slab中K点的设置我认为还需要考虑的真空层的大小，那这样的话，怎么设置比较好呢？其实我想问的还是如何筛选较好的K点来降低计算成本的问题。
第三个问题还是关于内存的：
在我计算任务提交之后就会有这样的log文件产生：
Job started at:  Thu Dec 22 01:15:44 CST 2011
yhrun: error: cn4248: task 25: Killed
yhrun: error: cn4246: task 1: Killed
yhrun: error: cn4248: task 24: Killed
yhrun: error: cn4246: task 0: Killed
yhrun: error: cn4247: task 13: Killed
yhrun: error: cn4247: task 12: Killed
yhrun: error: cn4246: task 5: Killed
yhrun: error: cn4248: task 29: Killed
yhrun: error: cn4247: task 17: Killed
yhrun: error: cn4248: task 26: Killed
yhrun: error: cn4247: task 14: Killed
yhrun: error: cn4248: task 27: Killed
yhrun: error: cn4246: task 3: Killed
yhrun: error: cn4247: task 15: Killed
yhrun: error: cn4246: task 2: Killed
yhrun: First task exited 60s ago
yhrun: tasks 4,6-11,16,18-23,28,30-35: running
yhrun: tasks 0-3,5,12-15,17,24-27,29: exited abnormally
yhrun: Terminating job step 110086.0
slurmd[cn4246]: *** STEP 110086.0 KILLED AT 2011-12-22T01:17:07 WITH SIGNAL 9 ***
slurmd[cn4248]: *** STEP 110086.0 KILLED AT 2011-12-22T01:18:07 WITH SIGNAL 9 ***
slurmd[cn4247]: *** STEP 110086.0 KILLED AT 2011-12-22T01:17:00 WITH SIGNAL 9 ***
yhrun: Job step aborted: Waiting up to 2 seconds for job step to finish.
slurmd[cn4246]: *** STEP 110086.0 KILLED AT 2011-12-22T01:17:07 WITH SIGNAL 9 ***
slurmd[cn4247]: *** STEP 110086.0 KILLED AT 2011-12-22T01:17:00 WITH SIGNAL 9 ***
slurmd[cn4248]: *** STEP 110086.0 KILLED AT 2011-12-22T01:18:07 WITH SIGNAL 9 ***
Job finished at:  Thu Dec 22 01:17:08 CST 2011
貌似还是内存的问题…… 所以不知道通过什么办法可以达到预先判断内存使用量的方法（之前在网上查到了makeparam这个可以来查询，但是我还是搞不明白怎么去编译……麻烦您指导一下。）另外一个问题还是想如何去设法降低我的内存使用量。
我把我的设置参数贴上来，请您指教一下：
INCAR：
Start parameter
  NWRITE       = 2
  PREC         = high
  ISTART       = 0
  ICHARG       = 2
  ISPIN        = 2               non spin calculation

Electronic Relaxation  1  (overall)
  ENCUT        = 600.0 eV
  NELM         = 60;      NELMIN =  6;     NELMDL = -10
  EDIFF        = 1E-03
  LREAL        = Auto
  VOSKOWN      = 0

Electronic Relaxation  2  (details)
  ALGO        = Fast

Ionic Relaxation
  EDIFFG       = -.1E-01
  NSW          = 250
  NBLOCK       = 1;       KBLOCK =  250
  IBRION       = 1
  NFREE        = 10
  ISIF         = 2
  IWAVPR       = 11
  ISYM         = 2
  POTIM        = 0.50

DOS related values:
  EMIN         = -10.00;   EMAX   =   10.00   energy-range for DOS
  ISMEAR       = 2;        SIGMA  =   0.2    broadening in eV -4-tet -1-fermi 0-
gaus

Parallelisation Sets:
  LPLANE =     .F
  NPAR   =     6
  NSIM   =     4

Write flag
  LWAVE        = .FALSE.
  LCHARG       = .FALSE.
  LVTOT        = .FALSE.
  LORBIT       = .FALSE.

KPOINTS：
A
0
M
17  17  17
0.0 0.0 0.0

所提交任务的脚本：
#! /bin/bash

export LD_LIBRARY_PATH=/vol-th/lib:/vol-th/lib/mklem64t/:$LD_LIBRARY_PATH

date >> ~/job_list
pwd >> ~/job_list
echo "Job started at: " `date`
yhrun -p TH_NET -n 36 ./vasp > ./out
echo "Job finished at: " `date`
date >> ~/job_list

麻烦您了！如果能帮助我解决这个问题，再加送给您100金币以表谢意！谢谢！
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6楼2011-12-23 10:31:26
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thelrgbird

金虫 (小有名气)
★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ...
送鲜花一朵
WDD880227(金币-20): 给zhxd1028追加金币~~ 2011-12-23 14:57:49
WDD880227(金币-20): 2011-12-23 14:58:35
WDD880227(金币-20): 2011-12-23 14:58:42
WDD880227(金币-20): 2011-12-23 14:58:58
WDD880227(金币-20): 2011-12-23 14:59:07
引用回帖:
楼: Originally posted by zhxd1028 at 2011-12-23 13:16:16:
第一个问题：我说的ISIF=2就是slab的吸附两种情况的，因为你只是在Ni（111）吸附H原子，这不会改变模型的大小，只是在这个模型中添加了一个或者数个原子而已，所以对于模型大小不会有很大的影响，H的吸附之多是对 ...

我第一次用追加金币…… 没想到给完金币就不能再追加了…… 你别着急，我问问版主，看看能不能让版主帮帮忙，再转给你100金币…… 谢谢你的帮助！
赞一下(5人) 回复此楼
8楼2011-12-23 13:29:42
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wydzyx2003

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
内存的用量不完全跟原子个数成正比。
个人认为与体系的电子数，原子核数有关更恰当些。并且K点越密内存用量回急剧上升。
个人愚见。

[ 发自手机版 http://muchong.com/3g ]
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9楼2012-03-24 16:46:52
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707462558

银虫 (著名写手)
引用回帖:
6楼: Originally posted by thelrgbird at 2011-12-23 10:31:26
谢谢帮助！
我还是有一些问题想问一下：
第一个：您说的ISIF=2的优化是说对slab的优化以及slab吸附完一个原子之后的模型的优化这两个都用ISIF=2的意思吗？
第二个关于K点的：
我对K点的筛选是按照侯老师的那个 ...

你好  我想问下您

第二个关于K点的：
我对K点的筛选是按照侯老师的那个脚本进行筛选的，筛选结果如下：
9   88   -182.505998
11 146 -182.480363
13 231 -182.483605
15 349 -182.487558
17 489 -182.458022
19 670 -182.458942
第一个就是n*n*n中的n；第二个是不可约K点；第三个就是您所说的TOTEN了。因此我用的是17。
用17的原因是什么呢  我没有看出来啊
n和k不一样吗  n不就是每个方向的k点吗
赞一下 回复此楼
无论生活和你开了多大的玩笑我们都得继续生活
10楼2012-10-17 21:43:29
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