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缺心眼桌

木虫 (正式写手)


[交流] 【求助结束】结构优化很离奇,请问可能是什么原因?--初始构型不合理

大家好。我最近优化一个结构,结果有些离奇。我在有氧空位的表面放了一个甲醇分子,优化还没结束,我把中间的CONTCAR提取出来看,很不合理。这是我的INCAR:
System=TiO2-meth
ENCUT=400  
ISTART=0
ICHARG=2
ISMEAR=0
SIGMA=0.08
IALGO=48
NSW=1000
IBRION=2
ISIF=2
EDIFF=1E-5
EDIFFG=-0.05
POTIM=0.2
下面分别是优化前和优化中间的结构,麻烦大家帮忙看一下为什么,挺急,谢谢大家!!




[ Last edited by 缺心眼桌 on 2011-4-20 at 16:56 ]
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Me卓

木虫 (正式写手)


★
zzy870720z(金币+1): 谢谢提示 2011-03-30 10:33:15
引用回帖:
Originally posted by 缺心眼桌 at 2011-03-28 09:37:14:
大家好。我最近优化一个结构,结果有些离奇。我在有氧空位的表面放了一个甲醇分子,优化还没结束,我把中间的CONTCAR提取出来看,很不合理。这是我的INCAR:
System=TiO2-meth
ENCUT=400  
ISTART=0
ICHARG=2 ...

特别可能的情况应该就是初始构型不合理的
2楼2011-03-30 09:20:57
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海湾

铜虫 (初入文坛)


是不是EDIFFG设这过大的问题?

★
zzy870720z(金币+1): 谢谢回复 2011-03-30 10:33:22
缺心眼桌(金币+1): 谢谢你的回答。不过,我的原子太多了,这个标准只能设的低一点,否则太耗时 2011-03-30 14:18:51
是不是EDIFFG设这过大的问题?
3楼2011-03-30 10:02:55
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fengshiquan

铁杆木虫 (正式写手)


缺心眼桌(金币+1): 谢谢哦,我调下看看 2011-03-30 14:19:40
同意二楼的观点
4楼2011-03-30 11:03:21
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★ ★
sunyang1988(金币+2): 谢谢交流 2011-03-30 16:26:08
缺心眼桌(金币+2): 谢谢详细说明 2011-03-31 09:57:42
甲醇放远一点,1.5~2A左右比较合适。

如果是第一次计算这个结构,可以修改几个参数:

NSW = 10
EDIFFG = -1
EDIFF = 1E-3
SIGMA = 0.2

熟练/收敛后再调回你原来的设置。

[ Last edited by cenwanglai on 2011-3-31 at 10:03 ]
5楼2011-03-30 16:22:10
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关注一下
7楼2011-04-06 08:47:38
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convenient

铁虫 (小有名气)


引用回帖:
Originally posted by cenwanglai at 2011-03-30 16:22:10:
甲醇放远一点,1.5~2A左右比较合适。

如果是第一次计算这个结构,可以修改几个参数:

NSW = 10
EDIFFG = -1
EDIFF = 1E-3
SIGMA = 0.2

熟练/收敛后再调回你原来的设置。

[ Last edited by cenwan ...

请问吸附距离1.5-2A就是针对甲醇吗?吸附别的物质距离变吗?
8楼2011-04-06 21:28:05
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缺心眼桌

木虫 (正式写手)


引用回帖:
Originally posted by cenwanglai at 2011-03-30 16:22:10:
甲醇放远一点,1.5~2A左右比较合适。

如果是第一次计算这个结构,可以修改几个参数:

NSW = 10
EDIFFG = -1
EDIFF = 1E-3
SIGMA = 0.2

熟练/收敛后再调回你原来的设置。

[ Last edited by cenwan ...

想起一个问题,可以问下吗?分步优化的优势在什么地方?一次性达到所需的精度和分步达到所需的精度,能量、构型结果有差异吗?
谢谢
9楼2011-05-23 09:41:37
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★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖
franch(金币+2): 谢谢回帖交流 2011-05-23 15:34:11
引用回帖:
Originally posted by 缺心眼桌 at 2011-05-23 09:41:37:
想起一个问题,可以问下吗?分步优化的优势在什么地方?一次性达到所需的精度和分步达到所需的精度,能量、构型结果有差异吗?
谢谢

如果能够一次就优化到位,那就没有必要分布优化。


分布优化的好处是:可以根据优化过程的提示(可能需要自己跟踪生成文件分析)来调整优化参数,避免优化到明显不合理的结构,缩短时间。


无论怎样优化,根据两条基本假设(基态是能量最低的状态,找到的能量最低的状态就是基态),得到的结果差别应该很小,可以认为一样。除非优化到不同的局部最小状态。

[ Last edited by cenwanglai on 2011-5-23 at 09:55 ]
10楼2011-05-23 09:52:02
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缺心眼桌

木虫 (正式写手)


引用回帖:
Originally posted by cenwanglai at 2011-05-23 09:52:02:
如果能够一次就优化到位,那就没有必要分布优化。


分布优化的好处是:可以根据优化过程的提示(可能需要自己跟踪生成文件分析)来调整优化参数,避免优化到明显不合理的结构,缩短时间。


无论怎样 ...

谢谢你。
那如果是加自旋计算的体系,我第一步先不加自旋,优化好了之后再加自旋进行优化,这样也一样吗?
再就是,自旋是针对整个体系的,能指定某个原子或位置吗?
谢谢
11楼2011-05-23 10:08:54
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★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖
franch(金币+1): 谢谢回帖交流 2011-05-23 15:34:26
引用回帖:
Originally posted by 缺心眼桌 at 2011-05-23 10:08:54:
谢谢你。
那如果是加自旋计算的体系,我第一步先不加自旋,优化好了之后再加自旋进行优化,这样也一样吗?
再就是,自旋是针对整个体系的,能指定某个原子或位置吗?
谢谢

我没有算过磁性,这个不确定。似乎可以在MAGMON里面指定每个原子的上旋和下旋,自然也能指定磁矩。
12楼2011-05-23 10:13:02
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缺心眼桌

木虫 (正式写手)


cenwanglai: 是的。 2011-05-23 10:27:51
引用回帖:
Originally posted by cenwanglai at 2011-05-23 10:13:02:
我没有算过磁性,这个不确定。似乎可以在MAGMON里面指定每个原子的上旋和下旋,自然也能指定磁矩。

我不是算磁性,仅仅是体系有单电子,要用自旋极化计算。就是在INCAR说明ISPIN=2而已,我想问一下,这个是针对整个体系来说的吧?
13楼2011-05-23 10:27:09
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缺心眼桌

木虫 (正式写手)


cenwanglai: 是的 2011-05-23 10:43:48
引用回帖:
Originally posted by cenwanglai at 2011-05-23 10:13:02:
我没有算过磁性,这个不确定。似乎可以在MAGMON里面指定每个原子的上旋和下旋,自然也能指定磁矩。

也就是说,自旋极化计算只能针对整个体系,不能指定对某个位置或原子?
14楼2011-05-23 10:36:42
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缺心眼桌

木虫 (正式写手)


引用回帖:
Originally posted by 缺心眼桌 at 2011-05-23 10:08:54:
谢谢你。
那如果是加自旋计算的体系,我第一步先不加自旋,优化好了之后再加自旋进行优化,这样也一样吗?
再就是,自旋是针对整个体系的,能指定某个原子或位置吗?
谢谢

如果是自旋极化计算的体系,我第一步先不加自旋,优化好了之后再加自旋进行优化,这样两种不同的方式优化结果也一样吗?
这个我没有找到一个明确的说法
我做的都是分步的,但是今天看到一个帖子说,构型可能会不一样,所以我就纠结了。
谢谢你

[ Last edited by 缺心眼桌 on 2011-5-23 at 10:49 ]
15楼2011-05-23 10:46:38
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★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖
franch(金币+2): 谢谢回帖交流 2011-05-23 18:54:33
引用回帖:
Originally posted by 缺心眼桌 at 2011-05-23 10:46:38:
如果是自旋极化计算的体系,我第一步先不加自旋,优化好了之后再加自旋进行优化,这样两种不同的方式优化结果也一样吗?
这个我没有找到一个明确的说法
我做的都是分步的,但是今天看到一个帖子说,构型可 ...

确实没有通用的办法。你所找到的结果,就是按照你所用的方法找到的最好的结果。最终结构如果随优化过程不同而变化,那可能是分别优化到两个相近的局部稳态了。

这两种结构可能都是合理的,而且能量水平可能相差不大。这两种结构在受热或者外部能量场的作用下,可能会相互转化。可能都是合理的,都是有物理意义的结构。需要好好分析。

计算物理或者计算化学的计算结果,需要合理分析,算的过程当然重要,按照物理图像来分析和理解计算的结果更重要。没有包治百病的办法,也不能保证计算结果精确正确,也不能无限延伸计算所得到的结论。

计算有百般好处,但是也要明白计算所能解决的问题还是有限的,结果应该谨慎对待,大胆设想,小心验证。
16楼2011-05-23 15:45:34
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缺心眼桌

木虫 (正式写手)


cenwanglai: 试试看。实践是唯一标准。 2011-05-23 16:04:47
引用回帖:
Originally posted by cenwanglai at 2011-05-23 15:45:34:
确实没有通用的办法。你所找到的结果,就是按照你所用的方法找到的最好的结果。最终结构如果随优化过程不同而变化,那可能是分别优化到两个相近的局部稳态了。

这两种结构可能都是合理的,而且能量水平可 ...

受教了,谢谢啊!
那如果说我最后需要的是自旋极化计算的结果,最好的还是一次性就把ISPIN=2写入INCAR吗?
17楼2011-05-23 15:59:47
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★
小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖
建议lz减少提问,多做实践。
18楼2011-05-23 16:06:17
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缺心眼桌

木虫 (正式写手)


引用回帖:
Originally posted by cenwanglai at 2011-05-23 16:06:17:
建议lz减少提问,多做实践。

在做。只是很多要做的,机子都不够用了,所以就先来问问,再就是如果跑出来的结果没用的话,时间就白费了。
19楼2011-05-23 16:11:33
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简单回复
taohuayu6楼
2011-03-30 16:42   回复  
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