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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 量子化学 » Gaussian » 【求助】怎样判断优化后的构型是稳定的、合理的？
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saradzj

银虫 (小有名气)

[交流] 【求助】怎样判断优化后的构型是稳定的、合理的？

我是采用chem 3D来构建初始结构的，首先是采用的chem draw画出分子结构，然后再复制到chem 3D里面得到立体结构，再采用mopac预优化，最后采用PM3进行优化得到稳定构型的，可是现在遇到一个问题：就是我自己画出来的结构与直接从chem draw里面采用名称得到的结构最终优化好的构型是不一致的，并且能量也存在差异，但是我将两个结构都算了频率，都是没有虚频的。
    那我应该如何来选择哪个是最稳定的啊，或者我这种方法本身存在问题，请知道的高手指点一下，不胜感激！
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1楼 2010-09-05 15:33:58
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回帖支持 ( 显示支持度最高的前 50 名 )

yjcmwgk

禁虫 (文坛精英)

密度泛函·小卒

优秀版主
★
saradzj(金币+1):谢谢参与
引用回帖:
Originally posted by saradzj at 2010-09-06 08:42:13:
可是我两种情况说出来都不存在虚频的啊，这怎么解释呢

如果你是在寻找能量最低构象
那么
有虚频，一定不是你要的构象
没有虚频，不一定是你要的构象
虚频判据只是必要条件，不是充分条件
能量判据是稍微充分一点的条件，但也不能就说是真正的充分条件。

如果非要搞什么充分条件，我们就要做N维势能面扫描了（N是你的体系的自由度）。但是，这是不可能的，我们的计算资源不允许我们进行这种极其昂贵的计算。因此，经验判断在此尤为重要。

因此，我们的判据往往是“虚频判据+能量判据+经验”

[ Last edited by yjcmwgk on 2010-9-6 at 10:06 ]
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6楼2010-09-06 10:01:57
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普通回帖

shawwww

至尊木虫 (正式写手)
★ ★
saradzj(金币+1):谢谢参与
zhou2009(金币+1): 2010-09-06 08:05:09
你试着用更精确的方法去算一下
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2楼2010-09-05 16:11:51
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pdce218

金虫 (正式写手)
★ ★
saradzj(金币+1):谢谢参与
zhou2009(金币+1): 2010-09-06 08:05:31
这个过程就比较的复杂的哦
一般我们会计算频率的
存在虚频，说明可能不稳定存在
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明天会更好……
3楼2010-09-06 01:38:34
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saradzj

银虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by pdce218 at 2010-09-06 01:38:34:
这个过程就比较的复杂的哦
一般我们会计算频率的
存在虚频，说明可能不稳定存在

可是我两种情况说出来都不存在虚频的啊，这怎么解释呢
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4楼2010-09-06 08:42:13
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zhangmt

至尊木虫 (著名写手)

我叫MT
★
saradzj(金币+1):谢谢参与
不存在虚频只能说明是局域最小点，能量最低的才是全局最小点——当然，你也不可能把所有的局域最小点都去找一遍，算一遍，这个就要靠经验，从最合理的构象出发，能量最低才是正道。
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一群自以为正义凛然的年轻人将一切不能以科学解释的事情定性为封建迷信并大刀阔斧地进行消灭，其实这是修养不足学识浅薄的一种体现，也是可恶的偏执和愚蠢的自以
5楼2010-09-06 09:54:49
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noeyedragon

金虫 (正式写手)
★
saradzj(金币+1):谢谢参与
区长很高。楼主的结构肯定是含有n多个可能的构象。初学小弟从实践中的经验看看是否有助于你：1如果能够用Gaussianview作出平面图，作出平面图进行结构优化。2如果不能用高斯view作出平面图，就用它作出几种楼主认为可能的比较稳定的构象（经验很重要），进行结构优化。取能量最小的。3Gaussianview连立体图都做不了的，直接输可能稳定构型的坐标，优化，去最小。个人经验：在存在很多构型时，chem 3d所得到的原始图很不可靠，而且越多越不可靠。前辈指正。
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7楼2010-09-06 11:03:09
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manson1998

金虫 (著名写手)

OLED达人
★
saradzj(金币+1):谢谢参与
虚频确实不是充分条件。当然能量越低结构越稳定越好。如何得到这个最稳定的结构，现在我们主要是靠我们的化学知识和经验来判断。如果你给出的初始结构不好，一般很难得到理想的优化产物。一般我们从实验或者文献所给的类似晶体结构出发来做优化，这样得到的结果一般比较可靠。
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惺惺相惜情不自禁
8楼2010-09-06 11:13:57
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saradzj

银虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by yjcmwgk at 2010-09-06 10:01:57:

如果你是在寻找能量最低构象
那么
有虚频，一定不是你要的构象
没有虚频，不一定是你要的构象
虚频判据只是必要条件，不是充分条件
能量判据是稍微充分一点的条件，但也不能就说是真正的充分条件。

如果 ...

恩，谢谢指点，主要是我经验不足，可能我还得再好好研究研究！
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9楼2010-09-06 19:24:41
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saradzj

银虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by noeyedragon at 2010-09-06 11:03:09:
区长很高。楼主的结构肯定是含有n多个可能的构象。初学小弟从实践中的经验看看是否有助于你：1如果能够用Gaussianview作出平面图，作出平面图进行结构优化。2如果不能用高斯view作出平面图，就用它作出几种楼主认 ...

恩，谢谢，我再用Gaussian View作图看看~！
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10楼2010-09-06 19:26:19
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