应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 量子化学 » Gaussian » 【求助】怎样判断优化后的构型是稳定的、合理的？
111/2返回列表12下一页
查看: 4828  |  回复: 10
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

saradzj

银虫 (小有名气)

[交流] 【求助】怎样判断优化后的构型是稳定的、合理的？

我是采用chem 3D来构建初始结构的，首先是采用的chem draw画出分子结构，然后再复制到chem 3D里面得到立体结构，再采用mopac预优化，最后采用PM3进行优化得到稳定构型的，可是现在遇到一个问题：就是我自己画出来的结构与直接从chem draw里面采用名称得到的结构最终优化好的构型是不一致的，并且能量也存在差异，但是我将两个结构都算了频率，都是没有虚频的。
    那我应该如何来选择哪个是最稳定的啊，或者我这种方法本身存在问题，请知道的高手指点一下，不胜感激！
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
1楼 2010-09-05 15:33:58
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
回帖支持 ( 显示支持度最高的前 50 名 )

yjcmwgk

禁虫 (文坛精英)

密度泛函·小卒

优秀版主
★
saradzj(金币+1):谢谢参与
引用回帖:
Originally posted by saradzj at 2010-09-06 08:42:13:
可是我两种情况说出来都不存在虚频的啊，这怎么解释呢

如果你是在寻找能量最低构象
那么
有虚频，一定不是你要的构象
没有虚频，不一定是你要的构象
虚频判据只是必要条件，不是充分条件
能量判据是稍微充分一点的条件，但也不能就说是真正的充分条件。

如果非要搞什么充分条件，我们就要做N维势能面扫描了（N是你的体系的自由度）。但是，这是不可能的，我们的计算资源不允许我们进行这种极其昂贵的计算。因此，经验判断在此尤为重要。

因此，我们的判据往往是“虚频判据+能量判据+经验”

[ Last edited by yjcmwgk on 2010-9-6 at 10:06 ]
赞一下(3人) 回复此楼
6楼2010-09-06 10:01:57
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
普通回帖

shawwww

至尊木虫 (正式写手)
★ ★
saradzj(金币+1):谢谢参与
zhou2009(金币+1): 2010-09-06 08:05:09
你试着用更精确的方法去算一下
赞一下(2人) 回复此楼
2楼2010-09-05 16:11:51
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

pdce218

金虫 (正式写手)
★ ★
saradzj(金币+1):谢谢参与
zhou2009(金币+1): 2010-09-06 08:05:31
这个过程就比较的复杂的哦
一般我们会计算频率的
存在虚频，说明可能不稳定存在
赞一下(2人) 回复此楼
明天会更好……
3楼2010-09-06 01:38:34
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

saradzj

银虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by pdce218 at 2010-09-06 01:38:34:
这个过程就比较的复杂的哦
一般我们会计算频率的
存在虚频，说明可能不稳定存在

可是我两种情况说出来都不存在虚频的啊，这怎么解释呢
赞一下 回复此楼
4楼2010-09-06 08:42:13
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

zhangmt

至尊木虫 (著名写手)

我叫MT
★
saradzj(金币+1):谢谢参与
不存在虚频只能说明是局域最小点，能量最低的才是全局最小点——当然，你也不可能把所有的局域最小点都去找一遍，算一遍，这个就要靠经验，从最合理的构象出发，能量最低才是正道。
赞一下(1人) 回复此楼
一群自以为正义凛然的年轻人将一切不能以科学解释的事情定性为封建迷信并大刀阔斧地进行消灭，其实这是修养不足学识浅薄的一种体现，也是可恶的偏执和愚蠢的自以
5楼2010-09-06 09:54:49
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

noeyedragon

金虫 (正式写手)
★
saradzj(金币+1):谢谢参与
区长很高。楼主的结构肯定是含有n多个可能的构象。初学小弟从实践中的经验看看是否有助于你：1如果能够用Gaussianview作出平面图，作出平面图进行结构优化。2如果不能用高斯view作出平面图，就用它作出几种楼主认为可能的比较稳定的构象（经验很重要），进行结构优化。取能量最小的。3Gaussianview连立体图都做不了的，直接输可能稳定构型的坐标，优化，去最小。个人经验：在存在很多构型时，chem 3d所得到的原始图很不可靠，而且越多越不可靠。前辈指正。
赞一下(1人) 回复此楼
7楼2010-09-06 11:03:09
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

manson1998

金虫 (著名写手)

OLED达人
★
saradzj(金币+1):谢谢参与
虚频确实不是充分条件。当然能量越低结构越稳定越好。如何得到这个最稳定的结构，现在我们主要是靠我们的化学知识和经验来判断。如果你给出的初始结构不好，一般很难得到理想的优化产物。一般我们从实验或者文献所给的类似晶体结构出发来做优化，这样得到的结果一般比较可靠。
赞一下(1人) 回复此楼
惺惺相惜情不自禁
8楼2010-09-06 11:13:57
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

saradzj

银虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by yjcmwgk at 2010-09-06 10:01:57:

如果你是在寻找能量最低构象
那么
有虚频，一定不是你要的构象
没有虚频，不一定是你要的构象
虚频判据只是必要条件，不是充分条件
能量判据是稍微充分一点的条件，但也不能就说是真正的充分条件。

如果 ...

恩，谢谢指点，主要是我经验不足，可能我还得再好好研究研究！
赞一下 回复此楼
9楼2010-09-06 19:24:41
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

saradzj

银虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by noeyedragon at 2010-09-06 11:03:09:
区长很高。楼主的结构肯定是含有n多个可能的构象。初学小弟从实践中的经验看看是否有助于你：1如果能够用Gaussianview作出平面图，作出平面图进行结构优化。2如果不能用高斯view作出平面图，就用它作出几种楼主认 ...

恩，谢谢，我再用Gaussian View作图看看~！
赞一下 回复此楼
10楼2010-09-06 19:26:19
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 saradzj 的主题更新
111/2返回列表12下一页
普通表情 龙 兔 虎 猫 高级回复 (可上传附件)
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 售SCI一区T0P文章，我:8.O55.1.O.54,科目全,可十急 +4 Aj1rhIDL5ixY 2026-09-14 4/200 2026-09-17 04:52 by k06BKNblrGRH
[博后之家] 售SCI一区T0P文章，我:8O.55.1.O.54,科目全,可伽急 +4 40ms4Wlo4umh 2026-09-14 4/200 2026-09-17 04:26 by k06BKNblrGRH
[硕博家园] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O54,科目全,可伽急 +3 40ms4Wlo4umh 2026-09-14 3/150 2026-09-17 04:16 by k06BKNblrGRH
[硕博家园] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O54,科目全,可伽急 +4 23jxep3nCNZb 2026-09-14 4/200 2026-09-17 04:14 by k06BKNblrGRH
[公派出国] 售SCI文章，我:8O5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +3 23jxep3nCNZb 2026-09-14 3/150 2026-09-17 03:52 by k06BKNblrGRH
[找工作] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O54,科目全,可伽急 +6 s3fFTmArrBt6 2026-09-13 6/300 2026-09-17 02:14 by Tql5LQhh5rLK
[公派出国] 售SCI文章，我:8O.5.5.1O.54,科目全,可十急 +5 s3fFTmArrBt6 2026-09-13 7/350 2026-09-17 02:14 by Tql5LQhh5rLK
[公派出国] 售SCI-T0P文章，我:8O.5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +4 LwdutQ8HoqWP 2026-09-13 7/350 2026-09-17 02:02 by Tql5LQhh5rLK
[博后之家] 售SCI一区文章，我:8O5.5.1.O5.4,科目全,可伽急 +5 6F5UbRU2I5hL 2026-09-14 5/250 2026-09-16 20:38 by MHf40yA0Uhyb
[考博] 上海工程技术大学激光智能制造课题组招收博士研究生 +8 两三岁ss 2026-09-14 8/400 2026-09-16 09:46 by 水士口
[博后之家] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O54,科目全,可伽急 +3 vZfe6xYu34yj 2026-09-14 3/150 2026-09-16 08:51 by SjQobnC04j06
[找工作] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可+急 +3 Aj1rhIDL5ixY 2026-09-14 3/150 2026-09-16 07:12 by LH5NkK5Ud4bh
[硕博家园] 售SCI一区文章，我:8.O.551.O.5.4,科目全,可伽急 +4 s3fFTmArrBt6 2026-09-13 6/300 2026-09-16 03:50 by DgNGHc3h5tPl
[考研] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O.5.4,科目全,可+急 +5 LwdutQ8HoqWP 2026-09-13 5/250 2026-09-16 03:14 by DgNGHc3h5tPl
[考博] 售SCI文章，我:8O.5.5.1O.54,科目全,可十急 +7 3n8v2C8RimXI 2026-09-13 7/350 2026-09-16 02:35 by DgNGHc3h5tPl
[考博] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O.5.4,科目全,可+急 +3 6F5UbRU2I5hL 2026-09-14 3/150 2026-09-15 17:39 by CgyNCDVNhGVg
[考研] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O54,科目全,可伽急 +5 s3fFTmArrBt6 2026-09-14 5/250 2026-09-15 16:59 by CgyNCDVNhGVg
[教师之家] 售SCI-T0P文章，我:8O.5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +3 6F5UbRU2I5hL 2026-09-14 3/150 2026-09-15 08:26 by C79jjtjAKjEn
[硕博家园] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O.5.4,科目全,可+急 +4 6F5UbRU2I5hL 2026-09-14 4/200 2026-09-15 08:02 by C79jjtjAKjEn
[教师之家] 售SCI一区文章，我:8.O.551.O.5.4,科目全,可伽急 +4 s3fFTmArrBt6 2026-09-13 4/200 2026-09-15 07:02 by 5BDX0d0WFp7t
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭