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saradzj

银虫 (小有名气)

[交流] 【求助】怎样判断优化后的构型是稳定的、合理的?

我是采用chem 3D来构建初始结构的,首先是采用的chem draw画出分子结构,然后再复制到chem 3D里面得到立体结构,再采用mopac预优化,最后采用PM3进行优化得到稳定构型的,可是现在遇到一个问题:就是我自己画出来的结构与直接从chem draw里面采用名称得到的结构最终优化好的构型是不一致的,并且能量也存在差异,但是我将两个结构都算了频率,都是没有虚频的。
    那我应该如何来选择哪个是最稳定的啊,或者我这种方法本身存在问题,请知道的高手指点一下,不胜感激!
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pdce218

金虫 (正式写手)

★ ★
saradzj(金币+1):谢谢参与
zhou2009(金币+1): 2010-09-06 08:05:31
这个过程就比较的复杂的哦
一般我们会计算频率的
存在虚频,说明可能不稳定存在
明天会更好……
3楼2010-09-06 01:38:34
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shawwww

至尊木虫 (正式写手)

★ ★
saradzj(金币+1):谢谢参与
zhou2009(金币+1): 2010-09-06 08:05:09
你试着用更精确的方法去算一下
2楼2010-09-05 16:11:51
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saradzj

银虫 (小有名气)

引用回帖:
Originally posted by pdce218 at 2010-09-06 01:38:34:
这个过程就比较的复杂的哦
一般我们会计算频率的
存在虚频,说明可能不稳定存在

可是我两种情况说出来都不存在虚频的啊,这怎么解释呢
4楼2010-09-06 08:42:13
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zhangmt

至尊木虫 (著名写手)

我叫MT


saradzj(金币+1):谢谢参与
不存在虚频只能说明是局域最小点,能量最低的才是全局最小点——当然,你也不可能把所有的局域最小点都去找一遍,算一遍,这个就要靠经验,从最合理的构象出发,能量最低才是正道。
一群自以为正义凛然的年轻人将一切不能以科学解释的事情定性为封建迷信并大刀阔斧地进行消灭,其实这是修养不足学识浅薄的一种体现,也是可恶的偏执和愚蠢的自以
5楼2010-09-06 09:54:49
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