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saradzj

银虫 (小有名气)

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[交流] 【求助】怎样判断优化后的构型是稳定的、合理的？

我是采用chem 3D来构建初始结构的，首先是采用的chem draw画出分子结构，然后再复制到chem 3D里面得到立体结构，再采用mopac预优化，最后采用PM3进行优化得到稳定构型的，可是现在遇到一个问题：就是我自己画出来的结构与直接从chem draw里面采用名称得到的结构最终优化好的构型是不一致的，并且能量也存在差异，但是我将两个结构都算了频率，都是没有虚频的。
那我应该如何来选择哪个是最稳定的啊，或者我这种方法本身存在问题，请知道的高手指点一下，不胜感激！

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1楼 2010-09-05 15:33:58

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yjcmwgk

禁虫 (文坛精英)

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★
saradzj(金币+1):谢谢参与

引用回帖:

Originally posted by saradzj at 2010-09-06 08:42:13:
可是我两种情况说出来都不存在虚频的啊，这怎么解释呢

如果你是在寻找能量最低构象
那么
有虚频，一定不是你要的构象
没有虚频，不一定是你要的构象
虚频判据只是必要条件，不是充分条件
能量判据是稍微充分一点的条件，但也不能就说是真正的充分条件。

如果非要搞什么充分条件，我们就要做N维势能面扫描了（N是你的体系的自由度）。但是，这是不可能的，我们的计算资源不允许我们进行这种极其昂贵的计算。因此，经验判断在此尤为重要。

因此，我们的判据往往是“虚频判据+能量判据+经验”

[ Last edited by yjcmwgk on 2010-9-6 at 10:06 ]