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saradzj

银虫 (小有名气)

[交流] 【求助】怎样判断优化后的构型是稳定的、合理的?

我是采用chem 3D来构建初始结构的,首先是采用的chem draw画出分子结构,然后再复制到chem 3D里面得到立体结构,再采用mopac预优化,最后采用PM3进行优化得到稳定构型的,可是现在遇到一个问题:就是我自己画出来的结构与直接从chem draw里面采用名称得到的结构最终优化好的构型是不一致的,并且能量也存在差异,但是我将两个结构都算了频率,都是没有虚频的。
    那我应该如何来选择哪个是最稳定的啊,或者我这种方法本身存在问题,请知道的高手指点一下,不胜感激!
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noeyedragon

金虫 (正式写手)


saradzj(金币+1):谢谢参与
区长很高。楼主的结构肯定是含有n多个可能的构象。初学小弟从实践中的经验看看是否有助于你:1如果能够用Gaussianview作出平面图,作出平面图进行结构优化。2如果不能用高斯view作出平面图,就用它作出几种楼主认为可能的比较稳定的构象(经验很重要),进行结构优化。取能量最小的。3Gaussianview连立体图都做不了的,直接输可能稳定构型的坐标,优化,去最小。个人经验:在存在很多构型时,chem 3d所得到的原始图很不可靠,而且越多越不可靠。前辈指正。
7楼2010-09-06 11:03:09
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shawwww

至尊木虫 (正式写手)

★ ★
saradzj(金币+1):谢谢参与
zhou2009(金币+1): 2010-09-06 08:05:09
你试着用更精确的方法去算一下
2楼2010-09-05 16:11:51
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pdce218

金虫 (正式写手)

★ ★
saradzj(金币+1):谢谢参与
zhou2009(金币+1): 2010-09-06 08:05:31
这个过程就比较的复杂的哦
一般我们会计算频率的
存在虚频,说明可能不稳定存在
明天会更好……
3楼2010-09-06 01:38:34
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saradzj

银虫 (小有名气)

引用回帖:
Originally posted by pdce218 at 2010-09-06 01:38:34:
这个过程就比较的复杂的哦
一般我们会计算频率的
存在虚频,说明可能不稳定存在

可是我两种情况说出来都不存在虚频的啊,这怎么解释呢
4楼2010-09-06 08:42:13
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