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saradzj

银虫 (小有名气)

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虫号: 749075
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性别: MM
专业: 药物分析学

[交流] 【求助】怎样判断优化后的构型是稳定的、合理的？

我是采用chem 3D来构建初始结构的，首先是采用的chem draw画出分子结构，然后再复制到chem 3D里面得到立体结构，再采用mopac预优化，最后采用PM3进行优化得到稳定构型的，可是现在遇到一个问题：就是我自己画出来的结构与直接从chem draw里面采用名称得到的结构最终优化好的构型是不一致的，并且能量也存在差异，但是我将两个结构都算了频率，都是没有虚频的。
那我应该如何来选择哪个是最稳定的啊，或者我这种方法本身存在问题，请知道的高手指点一下，不胜感激！

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1楼 2010-09-05 15:33:58

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noeyedragon

金虫 (正式写手)

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专业: 合成药物化学

★
saradzj(金币+1):谢谢参与

区长很高。楼主的结构肯定是含有n多个可能的构象。初学小弟从实践中的经验看看是否有助于你：1如果能够用Gaussianview作出平面图，作出平面图进行结构优化。2如果不能用高斯view作出平面图，就用它作出几种楼主认为可能的比较稳定的构象（经验很重要），进行结构优化。取能量最小的。3Gaussianview连立体图都做不了的，直接输可能稳定构型的坐标，优化，去最小。个人经验：在存在很多构型时，chem 3d所得到的原始图很不可靠，而且越多越不可靠。前辈指正。