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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 量子化学 » Gaussian » 请教初始结构优化问题
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游子8921

铁杆木虫 (知名作家)

游子8921

[求助] 请教初始结构优化问题

我在做反应机理，开始优化初始结构好几次了，可是最终结果总是得到下一个中间体的构型，这该怎么办啊？如图一所示，这是初始结构，我想优化后的结构类似这种结构，因为我要经过H2O发生H55转移到O16的质子转移反应。图二是优化完的结构，H55已转移到H2O上，原来H2O上的H56转移到羧基O16上。好几次了，都这样。请指教该如何调。谢谢




[ Last edited by gmy1990 on 2011-7-18 at 11:02 ]
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为了自己的目标而奋斗，一切皆有可能
1楼2011-07-18 10:59:58
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ice625

铜虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★
gmy1990(金币+2): 2011-07-18 15:01:14
怎么看着你的初始结构 H55离O31的距离要比O16近很多，你可以转动一下角度再调整一下；还有质子迁移过程的能量变化很小，如果你怎么做都是图二的结构也有可能是发生了协同反应，就是H55先到O16上又和H56发生了交换，可能这种情况的能量更低一点。
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没有一颗心会因为追求自己的梦想而受伤！
3楼2011-07-18 13:44:49
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ice625

铜虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
小红豆(金币+3): 谢谢应助 2011-07-18 16:30:05
过渡态不一定要从初始结构开始找啊，先找到过渡态再放开得到中间体的情况也是很长见的。一个单独的质子传递的过渡态很难优化出来，因为能量变化太小，也许在气相中还可以，但考虑了溶剂化效应以后还会是这种情况的。所以如果你这个反应过程将其当成协同反应的考虑的话，可以当成是上一个过渡态放开后的一个结构来处理试试，要确定的话走一下IRC就知道了。
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没有一颗心会因为追求自己的梦想而受伤！
5楼2011-07-18 15:04:12
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ice625

铜虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★
游子8921(金币+15): 谢谢 2011-07-18 16:07:28
小红豆(金币+2): 谢谢建议 2011-07-18 16:30:26
引用回帖:
Originally posted by 游子8921 at 2011-07-18 15:51:26:
过渡态不一定要从初始结构开始找啊，先找到过渡态再放开得到中间体的情况也是很长见的。一个单独的质子传递的过渡态很难优化出来，因为能量变化太小，也许在气相中还可以，但考虑了溶剂化效应以后还会是这种情 ...

过渡态可以往两边放的吗，实在搞不清楚，走IRC 一个forward,另一个reverse不就行了吗
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没有一颗心会因为追求自己的梦想而受伤！
8楼2011-07-18 15:58:21
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