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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 量子化学 » 量化新手直通车 » 【求助】一个结构优化的问题
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hustyh0801

铁杆木虫 (著名写手)

[交流] 【求助】一个结构优化的问题

本人新手，想问一下大家。再利用Gaussian03优化分子的几何结构时，要预先对分子进行怎样的预处理？我们现在的做法是通过CHEM3D里边的MM2对分子进行预优化，然后再把优化好的坐标输入到Gaussian03中做下一步的优化，如果没有这一步直接用Gaussian进行优化，得到的结果二者有什么区别？请各位大侠指教，xiexie！！！
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1楼 2010-11-20 09:51:51
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heyo_123

至尊木虫 (职业作家)
引用回帖:
Originally posted by hustyh0801 at 2010-11-20 09:51:51:
本人新手，想问一下大家。再利用Gaussian03优化分子的几何结构时，要预先对分子进行怎样的预处理？我们现在的做法是通过CHEM3D里边的MM2对分子进行预优化，然后再把优化好的坐标输入到Gaussian03中做下一步的优化 ...

要看分子的大小，是否还金属。区别？？自己输个分子试试不就得了.
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2楼2010-11-20 10:15:23
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fatpig8832

铁杆木虫 (著名写手)
★
heyo_123(金币+1):鼓励交流！！ 2010-11-20 10:32:46
预优化的作用就是有可能会节省时间...因为说不定你预优化出来的结构跟g03得到的结构很接近，那g03很快就能算完...

但并不是每次都这样...
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3楼2010-11-20 10:18:24
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hustyh0801

铁杆木虫 (著名写手)
引用回帖:
Originally posted by heyo_123 at 2010-11-20 10:15:23:

要看分子的大小，是否还金属。区别？？自己输个分子试试不就得了.

分子不大9个原子，另外也不含金属，我们想重复别人的数据但是我们得出的结果与别人相差较大，方法和基组都是一样的，我们在想是不是预优化的问题，另外我们也分别比较过不预优化与预优化后的优化结果还是有一定的差别，一开始我的理解也是预优化只是为了节省Gaussian计算时间，但是后来发现结果还是。。。。。请版主赐教！！！
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4楼2010-11-20 10:46:21
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heyo_123

至尊木虫 (职业作家)
hustyh0801(金币+2): 2010-11-20 12:07:35
引用回帖:
Originally posted by hustyh0801 at 2010-11-20 10:46:21:

分子不大9个原子，另外也不含金属，我们想重复别人的数据但是我们得出的结果与别人相差较大，方法和基组都是一样的，我们在想是不是预优化的问题，另外我们也分别比较过不预优化与预优化后的优化结果还是有一定 ...

不要用MM2了，直接用gaussian算。先低基组优化结构，后高级组算能量。你懂的。
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5楼2010-11-20 11:26:14
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hustyh0801

铁杆木虫 (著名写手)
引用回帖:
Originally posted by fatpig8832 at 2010-11-20 10:18:24:
预优化的作用就是有可能会节省时间...因为说不定你预优化出来的结构跟g03得到的结构很接近，那g03很快就能算完...

但并不是每次都这样...

那二者的结果应该没有差别吧，但是通过我们对比发现还是有一定的差距的。
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6楼2010-11-20 11:35:30
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hustyh0801

铁杆木虫 (著名写手)
引用回帖:
Originally posted by heyo_123 at 2010-11-20 11:26:14:

不要用MM2了，直接用gaussian算。先低基组优化结构，后高级组算能量。你懂的。

先谢谢版主了，我们是一个一价离子，那我们是用方法B3LYP/3-21++G opt 还是B3LYP/STO-3++G 预优化好? 再用B3LYP/6-311++G opt 算出最低单点能是否合理？
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7楼2010-11-20 12:07:02
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zhangmt

至尊木虫 (著名写手)
★ ★
heyo_123(金币+2):鼓励交流！！ 2010-11-20 13:41:44
引用回帖:
Originally posted by hustyh0801 at 2010-11-20 12:07:02:
先谢谢版主了，我们是一个一价离子，那我们是用方法B3LYP/3-21++G opt 还是B3LYP/STO-3++G 预优化好? 再用B3LYP/6-311++G opt 算出最低单点能是否合理？

什么叫做“一价离子”？阳离子还是阴离子？阳离子没必要用弥散的啊。
再说了，就STO-3G那么小的一个基组，你还能加弥散校正？本来就差远了，加弥散能有什么用？还++？更不可行了。。。。3-21G也是太小的基组了，要么你就直接3-21g预优化一下，意思意思，要么就从6-31g开始。然后再上大基组。
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8楼2010-11-20 12:31:40
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hustyh0801

铁杆木虫 (著名写手)
引用回帖:
Originally posted by zhangmt at 2010-11-20 12:31:40:

什么叫做“一价离子”？阳离子还是阴离子？阳离子没必要用弥散的啊。
再说了，就STO-3G那么小的一个基组，你还能加弥散校正？本来就差远了，加弥散能有什么用？还++？更不可行了。。。。3-21G也是太小的基组了 ...

小弟新手，很多东西不懂。我们是阴离子才用的弥散函数，按你的意思先直接上6-31G 然后可以采用哪些更大的基组。？
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9楼2010-11-20 12:45:57
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zhangmt

至尊木虫 (著名写手)
★
heyo_123(金币+1):鼓励交流！！ 2010-11-20 13:41:21
hustyh0801(金币+2): 2010-11-20 15:10:48
一般只要化学基础不是太差，初始分子结构比较合理，直接6-31g*起优化，如果分子很大，这就足够了。如果嫌能量算的不准，可以加大基组，比如用6-311++g**单点算。
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10楼2010-11-20 13:03:38
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hustyh0801

铁杆木虫 (著名写手)
引用回帖:
Originally posted by zhangmt at 2010-11-20 13:03:38:
一般只要化学基础不是太差，初始分子结构比较合理，直接6-31g*起优化，如果分子很大，这就足够了。如果嫌能量算的不准，可以加大基组，比如用6-311++g**单点算。

谢谢指点，问一个基础的问题，什么情况下加上极化函数？
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11楼2010-11-20 15:09:44
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天下枫叶

木虫 (著名写手)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖
是有点差别的，能量是有点出入
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12楼2011-07-31 23:03:52
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