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jianqin

金虫 (正式写手)

[求助] Gaussian几何优化后的键长不合理

用Gaussian 09做分子几何优化。分子的部分结构见图1，具有两个手性中心（C3和C6）。几何优化分步过程如下：先用chem3D MM2做初步优化，再用PM3优化（包括频率分析），接下来用RHF 6-31G做优化（包括频率分析），计算均成功完成。但是分子中的碳硫键C3-S1（图1），经PM3优化后，键长1.882埃，基本合理，经RHF 6-31G优化后竟然变成3.172埃，显然是不合理的。我的疑问如下：
我的这种分步优化应该是合理的吧？
键长不合理的情况是否与分子中包含手性中心有关？因为C3是手性的，导致gaussian对碳硫键的处理不合理？（另一个手性中心C6周围的键长均在合理范围内）
gaussian中对手性分子的几何优化有什么需要特别注意的吗？
6-31G的基组对于处理硫这样的原子足够吗？
补充：刚看到其他的帖子，认为初始分子的构型是否合理，对找到正确的优化结构很关键？那么我的分步优化产生的构型是否是比较合理的构型呢？


[ Last edited by jianqin on 2011-7-15 at 09:40 ]
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1楼 2011-07-15 09:27:48
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fatpig8832

铁杆木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★
小红豆(金币+2): 谢谢指导 2011-07-15 19:21:15
这分子又不大，起码加个*吧... 6-31g* 即 6-31g(d) ...
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2楼2011-07-15 10:20:09
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jianqin

金虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by fatpig8832 at 2011-07-15 10:20:09:
这分子又不大，起码加个*吧... 6-31g* 即 6-31g(d) ...

我是准备HF 6-31G优化后，再用B3LYP 6-311+G(d,p)优化
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3楼2011-07-15 10:33:52
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fatpig8832

铁杆木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
小红豆(金币+3): 感谢交流 2011-07-15 19:21:30
引用回帖:
Originally posted by jianqin at 2011-07-15 10:33:52:
我是准备HF 6-31G优化后，再用B3LYP 6-311+G(d,p)优化

可以直接把pm3的结果用你的大基组优化，不一定要先算小基组，要不你可以先试试6-31g*有没有什么不同
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4楼2011-07-15 12:00:35
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zhangmt

至尊木虫 (著名写手)

我叫MT

【答案】应助回帖

★ ★ ★
gmy1990(金币+3): 非常感谢你对论坛的贡献，奖励一下！ 2011-07-15 12:39:14
jianqin(金币+10): 2011-07-15 15:15:42
1、这类小分子，根本没必要预优化，根据经验，在Gview里面直接画好，然后上Gaussian直接跑就行。
2、基组偏小，6-311g*跑这个也不过半个小时左右
3、手性中心对优化没有影响，只要你的初始结构合理即可
4、分析原因可能有两点：
A.初始构象不合理
B.Gaussian默认步长偏大
5、解决方案：
从一个合理初始构象开始，缩小步长，很快就能收敛。
这个问题几乎就不是问题。
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一群自以为正义凛然的年轻人将一切不能以科学解释的事情定性为封建迷信并大刀阔斧地进行消灭，其实这是修养不足学识浅薄的一种体现，也是可恶的偏执和愚蠢的自以
5楼2011-07-15 12:29:20
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jianqin

金虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by zhangmt at 2011-07-15 12:29:20:
1、这类小分子，根本没必要预优化，根据经验，在Gview里面直接画好，然后上Gaussian直接跑就行。
2、基组偏小，6-311g*跑这个也不过半个小时左右
3、手性中心对优化没有影响，只要你的初始结构合理即可
4、分析 ...

刚学gaussian，很多不懂。

感谢zhangmt和其他人的热心指导！

zhangmt和其他人均认为hf 6-31G是小基组，即使用6-311G*计算也很快，但是我画出的是分子的一部分。事实上是某一偶电子离子的一部分（离子一共40个原子），我计算时需要5个小时左右，是否离子的计算比中性分子更慢？当然电脑配置也有关系。

我先用pm3的结果直接用b3lyp 6-31G*优化，并缩小步长试试，想请问，步长设置多少比较合理？查了下，默认是30.
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6楼2011-07-15 15:29:15
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zhangmt

至尊木虫 (著名写手)

我叫MT
★ ★ ★
zhou2009(金币+3): 2011-07-15 15:56:44
1、计算不要在windows下面做，改在linux下面计算。超快，而且不易出差错
2、40个原子小case。基函数2000个以内算起来都很快。3000个就要跑很久了。
3、没必要用半经验的，连hf也不用，直接上密度泛函，找个合适的泛函，如果不懂直接用通用的b3lyp就行。步长opt(maxstep=20)或者10，只有在极罕见的情况下才会跑丢。
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7楼2011-07-15 15:42:54
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jianqin

金虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by zhangmt at 2011-07-15 15:42:54:
1、计算不要在windows下面做，改在linux下面计算。超快，而且不易出差错
2、40个原子小case。基函数2000个以内算起来都很快。3000个就要跑很久了。
3、没必要用半经验的，连hf也不用，直接上密度泛函，找个合适 ...

谢谢zhangmt！

关于计算时间，我再补充说明一下：在linux下(redhat enterprise 5)我也进行过gaussian 09的计算。
一个41个原子的中性分子（有C,N,O,S），用B3LYP 6-311+G(d,p)方法，设置内存和CPU(intel xeon)如下：mem=2GB， nproc=4，计算耗时约14小时，同样分子用B3LYP 6-31+G(d,p)，内存和CPU设置同前，计算耗时约7小时。
请问这个计算时间对于你们来说是否太长了？
是什么原因导致我的计算时间如此长？
是否是我的某些设置有问题？除了设置基组，自旋度1，其他均默认。
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8楼2011-07-15 17:24:18
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jianqin

金虫 (正式写手)
当然用B3LYP 6-311+G(d,p)方法，windows下算了约有2天...彻底无语了。
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9楼2011-07-15 17:25:30
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zhangmt

至尊木虫 (著名写手)

我叫MT
★ ★
gmy1990(金币+2): 2011-07-15 21:03:36
如果不是阴离子体系的话，用不到弥散啊。少了弥散，基组数目可就少了好多呢。
如果初始构象合理的话，1-2个小时搞定应该问题不大。
话说，10多个小时也是可以接受的范围——头一天晚上递任务，早起就能分析结果了，有何不可？
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10楼2011-07-15 17:48:06
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