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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 量子化学 » Gaussian » Gaussian几何优化后的键长不合理
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jianqin

金虫 (正式写手)

[求助] Gaussian几何优化后的键长不合理

用Gaussian 09做分子几何优化。分子的部分结构见图1，具有两个手性中心（C3和C6）。几何优化分步过程如下：先用chem3D MM2做初步优化，再用PM3优化（包括频率分析），接下来用RHF 6-31G做优化（包括频率分析），计算均成功完成。但是分子中的碳硫键C3-S1（图1），经PM3优化后，键长1.882埃，基本合理，经RHF 6-31G优化后竟然变成3.172埃，显然是不合理的。我的疑问如下：
我的这种分步优化应该是合理的吧？
键长不合理的情况是否与分子中包含手性中心有关？因为C3是手性的，导致gaussian对碳硫键的处理不合理？（另一个手性中心C6周围的键长均在合理范围内）
gaussian中对手性分子的几何优化有什么需要特别注意的吗？
6-31G的基组对于处理硫这样的原子足够吗？
补充：刚看到其他的帖子，认为初始分子的构型是否合理，对找到正确的优化结构很关键？那么我的分步优化产生的构型是否是比较合理的构型呢？


[ Last edited by jianqin on 2011-7-15 at 09:40 ]
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1楼 2011-07-15 09:27:48
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jianqin

金虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by fatpig8832 at 2011-07-15 10:20:09:
这分子又不大，起码加个*吧... 6-31g* 即 6-31g(d) ...

我是准备HF 6-31G优化后，再用B3LYP 6-311+G(d,p)优化
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3楼2011-07-15 10:33:52
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fatpig8832

铁杆木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★
小红豆(金币+2): 谢谢指导 2011-07-15 19:21:15
这分子又不大，起码加个*吧... 6-31g* 即 6-31g(d) ...
赞一下(1人) 回复此楼
2楼2011-07-15 10:20:09
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fatpig8832

铁杆木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
小红豆(金币+3): 感谢交流 2011-07-15 19:21:30
引用回帖:
Originally posted by jianqin at 2011-07-15 10:33:52:
我是准备HF 6-31G优化后，再用B3LYP 6-311+G(d,p)优化

可以直接把pm3的结果用你的大基组优化，不一定要先算小基组，要不你可以先试试6-31g*有没有什么不同
赞一下(1人) 回复此楼
4楼2011-07-15 12:00:35
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zhangmt

至尊木虫 (著名写手)

我叫MT

【答案】应助回帖

★ ★ ★
gmy1990(金币+3): 非常感谢你对论坛的贡献，奖励一下！ 2011-07-15 12:39:14
jianqin(金币+10): 2011-07-15 15:15:42
1、这类小分子，根本没必要预优化，根据经验，在Gview里面直接画好，然后上Gaussian直接跑就行。
2、基组偏小，6-311g*跑这个也不过半个小时左右
3、手性中心对优化没有影响，只要你的初始结构合理即可
4、分析原因可能有两点：
A.初始构象不合理
B.Gaussian默认步长偏大
5、解决方案：
从一个合理初始构象开始，缩小步长，很快就能收敛。
这个问题几乎就不是问题。
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一群自以为正义凛然的年轻人将一切不能以科学解释的事情定性为封建迷信并大刀阔斧地进行消灭，其实这是修养不足学识浅薄的一种体现，也是可恶的偏执和愚蠢的自以
5楼2011-07-15 12:29:20
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