| 查看: 4238 | 回复: 41 | |||
| 当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖 | |||
[求助]
Gaussian几何优化后的键长不合理
|
|||
|
用Gaussian 09做分子几何优化。分子的部分结构见图1，具有两个手性中心（C3和C6）。几何优化分步过程如下：先用chem3D MM2做初步优化，再用PM3优化（包括频率分析），接下来用RHF 6-31G做优化（包括频率分析），计算均成功完成。但是分子中的碳硫键C3-S1（图1），经PM3优化后，键长1.882埃，基本合理，经RHF 6-31G优化后竟然变成3.172埃，显然是不合理的。我的疑问如下： 我的这种分步优化应该是合理的吧？ 键长不合理的情况是否与分子中包含手性中心有关？因为C3是手性的，导致gaussian对碳硫键的处理不合理？（另一个手性中心C6周围的键长均在合理范围内） gaussian中对手性分子的几何优化有什么需要特别注意的吗？ 6-31G的基组对于处理硫这样的原子足够吗？ 补充：刚看到其他的帖子，认为初始分子的构型是否合理，对找到正确的优化结构很关键？那么我的分步优化产生的构型是否是比较合理的构型呢？  [ Last edited by jianqin on 2011-7-15 at 09:40 ] |
回复此楼» 收录本帖的淘帖专辑推荐
 高斯-化合物性质研究 |
» 猜你喜欢
香港科技大学(广州)方超课题组招聘全奖博士
已经有0人回复
-
宁夏大学化学工程与技术专业招收博士研究生
已经有1人回复
-
物理化学论文润色/翻译怎么收费?
已经有156人回复
-
南京大学软物质计算模拟方向硕博连读/直博生招生
已经有0人回复
-
博士生招生, 材料模拟方向，University of South Carolina
已经有0人回复
-
博士生招生, 材料模拟方向，University of South Carolina
已经有1人回复
-
美国杰克逊州立大学周剑歌教授的化学计算与AI实验室诚聘博士后研究员
已经有4人回复
-
博士生招生, 材料模拟方向，University of South Carolina
已经有1人回复
-
博士生招生, 材料模拟方向，University of South Carolina
已经有0人回复
-
Tc数据拟合
已经有1人回复
-
韩国釜山大学储能电池与功能材料实验室诚招博后（电池/电化学/器件制备/MOF合成）
已经有11人回复
» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)
» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
- Gaussian对分子构型优化加溶剂化与否对最后结果有影响吗？
已经有8人回复
- 【求助】键长键角等固定后的优化..悬赏30...【已经解决～感谢～】
已经有22人回复
- 【求助】gaussian view画图时键长怎么调整
已经有10人回复
- 【求助】用gaussian view打开优化好的结构后,将断裂键连上,是否影响后面计算
已经有9人回复
- 【求助】势能面出错
已经有6人回复
- 【求助】前线轨道研究反应选择性的问题
已经有24人回复
fatpig8832
铁杆木虫 (著名写手)
- 应助: 16 (小学生)
- 金币: 7420.2
- 散金: 31
- 红花: 28
- 帖子: 1438
- 在线: 610.9小时
- 虫号: 770403
- 注册: 2009-05-14
2楼2011-07-15 10:20:09
fatpig8832
铁杆木虫 (著名写手)
- 应助: 16 (小学生)
- 金币: 7420.2
- 散金: 31
- 红花: 28
- 帖子: 1438
- 在线: 610.9小时
- 虫号: 770403
- 注册: 2009-05-14
4楼2011-07-15 12:00:35
fatpig8832
铁杆木虫 (著名写手)
- 应助: 16 (小学生)
- 金币: 7420.2
- 散金: 31
- 红花: 28
- 帖子: 1438
- 在线: 610.9小时
- 虫号: 770403
- 注册: 2009-05-14
11楼2011-07-15 18:01:26
fatpig8832
铁杆木虫 (著名写手)
- 应助: 16 (小学生)
- 金币: 7420.2
- 散金: 31
- 红花: 28
- 帖子: 1438
- 在线: 610.9小时
- 虫号: 770403
- 注册: 2009-05-14
16楼2011-07-18 10:30:55
fatpig8832
铁杆木虫 (著名写手)
- 应助: 16 (小学生)
- 金币: 7420.2
- 散金: 31
- 红花: 28
- 帖子: 1438
- 在线: 610.9小时
- 虫号: 770403
- 注册: 2009-05-14
17楼2011-07-18 10:44:08
fatpig8832
铁杆木虫 (著名写手)
- 应助: 16 (小学生)
- 金币: 7420.2
- 散金: 31
- 红花: 28
- 帖子: 1438
- 在线: 610.9小时
- 虫号: 770403
- 注册: 2009-05-14
23楼2011-07-18 17:20:13
fatpig8832
铁杆木虫 (著名写手)
- 应助: 16 (小学生)
- 金币: 7420.2
- 散金: 31
- 红花: 28
- 帖子: 1438
- 在线: 610.9小时
- 虫号: 770403
- 注册: 2009-05-14
27楼2011-07-20 11:30:03
fatpig8832
铁杆木虫 (著名写手)
- 应助: 16 (小学生)
- 金币: 7420.2
- 散金: 31
- 红花: 28
- 帖子: 1438
- 在线: 610.9小时
- 虫号: 770403
- 注册: 2009-05-14
35楼2011-07-24 12:10:11
fatpig8832
铁杆木虫 (著名写手)
- 应助: 16 (小学生)
- 金币: 7420.2
- 散金: 31
- 红花: 28
- 帖子: 1438
- 在线: 610.9小时
- 虫号: 770403
- 注册: 2009-05-14
★ ★
zhou2009(金币+2): 2011-08-06 15:19:21
zhou2009(金币+2): 2011-08-06 15:19:21
|
这个E(UHF)是指electronic energy，每优化一步，就会给出一个E(UHF)。对大部分寻找minimum的优化来说，每一步的E(UHF)总体趋势上是一个降低的过程， 在你的单重态输出中，electronic energy应该是 =-1288.405788-0.358864 =-1288.385237-0.379415 =... =... =-1288.764652 你可以再搜一下三重态的输出文件的其他E(UHF)，如果都在-1289.08035487的附近，都比单重态能量低的话，那么基本可以断定，它的ground state是三重态(也可以试试五重，我想机会不大)。然后，你现在做的单重态的这些东西就没有太大意义了... |
» 本帖已获得的红花（最新10朵）
jianqin38楼2011-07-25 13:15:03
