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Gaussian几何优化后的键长不合理
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用Gaussian 09做分子几何优化。分子的部分结构见图1，具有两个手性中心（C3和C6）。几何优化分步过程如下：先用chem3D MM2做初步优化，再用PM3优化（包括频率分析），接下来用RHF 6-31G做优化（包括频率分析），计算均成功完成。但是分子中的碳硫键C3-S1（图1），经PM3优化后，键长1.882埃，基本合理，经RHF 6-31G优化后竟然变成3.172埃，显然是不合理的。我的疑问如下： 我的这种分步优化应该是合理的吧？ 键长不合理的情况是否与分子中包含手性中心有关？因为C3是手性的，导致gaussian对碳硫键的处理不合理？（另一个手性中心C6周围的键长均在合理范围内） gaussian中对手性分子的几何优化有什么需要特别注意的吗？ 6-31G的基组对于处理硫这样的原子足够吗？ 补充：刚看到其他的帖子，认为初始分子的构型是否合理，对找到正确的优化结构很关键？那么我的分步优化产生的构型是否是比较合理的构型呢？  [ Last edited by jianqin on 2011-7-15 at 09:40 ] |
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zhou2009(金币+2): 2011-08-06 15:19:21
zhou2009(金币+2): 2011-08-06 15:19:21
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这个E(UHF)是指electronic energy，每优化一步，就会给出一个E(UHF)。对大部分寻找minimum的优化来说，每一步的E(UHF)总体趋势上是一个降低的过程， 在你的单重态输出中，electronic energy应该是 =-1288.405788-0.358864 =-1288.385237-0.379415 =... =... =-1288.764652 你可以再搜一下三重态的输出文件的其他E(UHF)，如果都在-1289.08035487的附近，都比单重态能量低的话，那么基本可以断定，它的ground state是三重态(也可以试试五重，我想机会不大)。然后，你现在做的单重态的这些东西就没有太大意义了... |
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jianqin38楼2011-07-25 13:15:03
