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Gaussian几何优化后的键长不合理
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用Gaussian 09做分子几何优化。分子的部分结构见图1，具有两个手性中心（C3和C6）。几何优化分步过程如下：先用chem3D MM2做初步优化，再用PM3优化（包括频率分析），接下来用RHF 6-31G做优化（包括频率分析），计算均成功完成。但是分子中的碳硫键C3-S1（图1），经PM3优化后，键长1.882埃，基本合理，经RHF 6-31G优化后竟然变成3.172埃，显然是不合理的。我的疑问如下： 我的这种分步优化应该是合理的吧？ 键长不合理的情况是否与分子中包含手性中心有关？因为C3是手性的，导致gaussian对碳硫键的处理不合理？（另一个手性中心C6周围的键长均在合理范围内） gaussian中对手性分子的几何优化有什么需要特别注意的吗？ 6-31G的基组对于处理硫这样的原子足够吗？ 补充：刚看到其他的帖子，认为初始分子的构型是否合理，对找到正确的优化结构很关键？那么我的分步优化产生的构型是否是比较合理的构型呢？  [ Last edited by jianqin on 2011-7-15 at 09:40 ] |
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 高斯-化合物性质研究 |
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18楼2011-07-18 11:08:41
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%mem=2GB %nproc=4 %chk=298.chk # opt freq rb3lyp/6-31+g(d,p) geom=connectivity iop(1/8=10) 298 B3LYP 6-31+G(d p) 1 1 N 2.22760000 1.72230000 1.05790000 C 1.83990000 1.04100000 -0.16230000 C 2.03220000 -0.30580000 0.00070000 C 2.69640000 -0.51510000 1.35790000 C 2.71530000 0.86840000 1.94170000 C 1.37260000 1.83320000 -1.32620000 O 0.65420000 1.50310000 -2.24220000 O 1.85080000 3.10450000 -1.31520000 C 2.01170000 -1.52080000 2.26630000 S 1.78010000 -1.63190000 -1.09060000 N -1.05170000 -1.17570000 -1.58920000 C -0.03270000 -2.13170000 -1.17050000 C -0.54220000 -2.78790000 0.11500000 C -1.93870000 -2.22800000 0.38070000 C -2.10220000 -1.01740000 -0.54760000 C -2.02880000 0.29220000 0.24680000 N -3.17820000 1.08830000 0.40970000 O -0.96860000 0.71730000 0.71280000 C -4.52800000 0.52100000 0.19490000 C -3.13680000 2.24610000 1.33200000 H 2.12800000 2.69930000 1.18130000 H 3.75900000 -0.84250000 1.18900000 H 3.07550000 1.11010000 2.95210000 H 1.55940000 3.58050000 -2.08770000 H 2.23790000 -1.32120000 3.32170000 H 2.35480000 -2.54110000 2.04090000 H 0.91560000 -1.51540000 2.13980000 H -0.73190000 -0.33980000 -2.02400000 H 0.11560000 -2.86170000 -2.01020000 H -0.55840000 -3.89000000 0.01830000 H 0.13400000 -2.57400000 0.97260000 H -2.07050000 -1.95970000 1.44550000 H -2.71660000 -2.98640000 0.16780000 H -3.07320000 -1.06790000 -1.11020000 H -4.51470000 -0.22770000 -0.61370000 H -5.21720000 1.32420000 -0.10090000 H -4.92180000 0.04440000 1.10420000 H -4.05570000 2.83880000 1.22480000 H -3.04440000 1.93280000 2.38180000 H -2.28440000 2.89360000 1.08750000 1 2 1.0 5 2.0 21 1.0 2 3 2.0 6 1.0 3 4 1.0 10 1.0 4 5 1.0 9 1.0 22 1.0 5 23 1.0 6 7 2.0 8 1.0 7 8 24 1.0 9 25 1.0 26 1.0 27 1.0 10 12 1.0 11 12 1.0 15 1.0 28 1.0 12 13 1.0 29 1.0 13 14 1.0 30 1.0 31 1.0 14 15 1.0 32 1.0 33 1.0 15 16 1.0 34 1.0 16 17 1.0 18 2.0 17 19 1.0 20 1.0 18 19 35 1.0 36 1.0 37 1.0 20 38 1.0 39 1.0 40 1.0 21 22 23 24 25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 |
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