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Gaussian几何优化后的键长不合理
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用Gaussian 09做分子几何优化。分子的部分结构见图1，具有两个手性中心（C3和C6）。几何优化分步过程如下：先用chem3D MM2做初步优化，再用PM3优化（包括频率分析），接下来用RHF 6-31G做优化（包括频率分析），计算均成功完成。但是分子中的碳硫键C3-S1（图1），经PM3优化后，键长1.882埃，基本合理，经RHF 6-31G优化后竟然变成3.172埃，显然是不合理的。我的疑问如下： 我的这种分步优化应该是合理的吧？ 键长不合理的情况是否与分子中包含手性中心有关？因为C3是手性的，导致gaussian对碳硫键的处理不合理？（另一个手性中心C6周围的键长均在合理范围内） gaussian中对手性分子的几何优化有什么需要特别注意的吗？ 6-31G的基组对于处理硫这样的原子足够吗？ 补充：刚看到其他的帖子，认为初始分子的构型是否合理，对找到正确的优化结构很关键？那么我的分步优化产生的构型是否是比较合理的构型呢？  [ Last edited by jianqin on 2011-7-15 at 09:40 ] |
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26楼2011-07-20 10:16:07
28楼2011-07-21 22:29:26
29楼2011-07-23 13:16:28
32楼2011-07-23 14:39:13
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几何优化未完成，计算就结束了。我把最后几行出错的粘贴如下： Petite list used in FoFCou. Requested convergence on RMS density matrix=1.00D-08 within 128 cycles. Requested convergence on MAX density matrix=1.00D-06. Requested convergence on energy=1.00D-06. No special actions if energy rises. Integral accuracy reduced to 1.0D-05 until final iterations. Restarting incremental Fock formation. Restarting incremental Fock formation. Restarting incremental Fock formation. Restarting incremental Fock formation. Restarting incremental Fock formation. >>>>>>>>>> Convergence criterion not met. SCF Done: E(UHF) = -1289.08035487 A.U. after 129 cycles Convg = 0.2150D-04 -V/T = 2.0010 Annihilation of the first spin contaminant: S**2 before annihilation 2.1029, after 2.0035 Convergence failure -- run terminated. Error termination via Lnk1e in /home/kss/g09/l502.exe at Sat Jul 23 17:29:37 2011. |
33楼2011-07-23 18:10:32
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谢谢！虽然我不知道这个E(uhf)=-1289.08035487代表的物理意义，但是这个值应该比单重态的小。 单重态，rhf 6-31g能量结果： Zero-point correction= 0.358864 (Hartree/Particle) Thermal correction to Energy= 0.379415 Thermal correction to Enthalpy= 0.380359 Thermal correction to Gibbs Free Energy= 0.305788 Sum of electronic and zero-point Energies= -1288.405788 Sum of electronic and thermal Energies= -1288.385237 Sum of electronic and thermal Enthalpies= -1288.384293 Sum of electronic and thermal Free Energies= -1288.458864 |
36楼2011-07-25 08:42:08
送鲜花一朵 39楼2011-08-06 10:45:30
