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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 量子化学 » Gaussian » Gaussian几何优化后的键长不合理
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jianqin

金虫 (正式写手)

[求助] Gaussian几何优化后的键长不合理

用Gaussian 09做分子几何优化。分子的部分结构见图1，具有两个手性中心（C3和C6）。几何优化分步过程如下：先用chem3D MM2做初步优化，再用PM3优化（包括频率分析），接下来用RHF 6-31G做优化（包括频率分析），计算均成功完成。但是分子中的碳硫键C3-S1（图1），经PM3优化后，键长1.882埃，基本合理，经RHF 6-31G优化后竟然变成3.172埃，显然是不合理的。我的疑问如下：
我的这种分步优化应该是合理的吧？
键长不合理的情况是否与分子中包含手性中心有关？因为C3是手性的，导致gaussian对碳硫键的处理不合理？（另一个手性中心C6周围的键长均在合理范围内）
gaussian中对手性分子的几何优化有什么需要特别注意的吗？
6-31G的基组对于处理硫这样的原子足够吗？
补充：刚看到其他的帖子，认为初始分子的构型是否合理，对找到正确的优化结构很关键？那么我的分步优化产生的构型是否是比较合理的构型呢？


[ Last edited by jianqin on 2011-7-15 at 09:40 ]
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1楼 2011-07-15 09:27:48
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jianqin

金虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by coolrainbow at 2011-07-18 12:02:55:
含有S这种原子的体系必须加极化才行
比如6-311g(d)等等
如果非要在win下算也没关系，优化个三四天不算长

用opt freq DFT B3LYP 6-31+g(d,p)做了优化，gjf文件见楼上。
离子结构式（含手性中心）如图
PM3优化后的结构见下图，碳硫键键长在合理范围内。
我自己的分析是：由于氮上带正电荷，导致氮正离子旁边的羧基取向与环共平面，与吡咯环边上的羰基之间有斥力作用，导致碳硫键被拉长了，我再用不带电荷的分子再做一下优化，试一试。
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22楼2011-07-18 13:54:25
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fatpig8832

铁杆木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★
小红豆(金币+2): 谢谢指导 2011-07-15 19:21:15
这分子又不大，起码加个*吧... 6-31g* 即 6-31g(d) ...
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2楼2011-07-15 10:20:09
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jianqin

金虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by fatpig8832 at 2011-07-15 10:20:09:
这分子又不大，起码加个*吧... 6-31g* 即 6-31g(d) ...

我是准备HF 6-31G优化后，再用B3LYP 6-311+G(d,p)优化
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3楼2011-07-15 10:33:52
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fatpig8832

铁杆木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
小红豆(金币+3): 感谢交流 2011-07-15 19:21:30
引用回帖:
Originally posted by jianqin at 2011-07-15 10:33:52:
我是准备HF 6-31G优化后，再用B3LYP 6-311+G(d,p)优化

可以直接把pm3的结果用你的大基组优化，不一定要先算小基组，要不你可以先试试6-31g*有没有什么不同
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4楼2011-07-15 12:00:35
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