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jianqin

金虫 (正式写手)

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[求助] Gaussian几何优化后的键长不合理

用Gaussian 09做分子几何优化。分子的部分结构见图1，具有两个手性中心（C3和C6）。几何优化分步过程如下：先用chem3D MM2做初步优化，再用PM3优化（包括频率分析），接下来用RHF 6-31G做优化（包括频率分析），计算均成功完成。但是分子中的碳硫键C3-S1（图1），经PM3优化后，键长1.882埃，基本合理，经RHF 6-31G优化后竟然变成3.172埃，显然是不合理的。我的疑问如下：
我的这种分步优化应该是合理的吧？
键长不合理的情况是否与分子中包含手性中心有关？因为C3是手性的，导致gaussian对碳硫键的处理不合理？（另一个手性中心C6周围的键长均在合理范围内）
gaussian中对手性分子的几何优化有什么需要特别注意的吗？
6-31G的基组对于处理硫这样的原子足够吗？
补充：刚看到其他的帖子，认为初始分子的构型是否合理，对找到正确的优化结构很关键？那么我的分步优化产生的构型是否是比较合理的构型呢？

[ Last edited by jianqin on 2011-7-15 at 09:40 ]

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1楼 2011-07-15 09:27:48

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jianqin

金虫 (正式写手)

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引用回帖:

Originally posted by zhangmt at 2011-07-18 12:17:53:
别隐藏H啊，你直接贴gjf文件吧。看起来方便些。。这样看不方便。

%mem=2GB
%nproc=4
%chk=298.chk
# opt freq rb3lyp/6-31+g(d,p) geom=connectivity iop(1/8=10)

298 B3LYP 6-31+G(d p)

1 1
N                2.22760000 1.72230000 1.05790000
C                1.83990000 1.04100000 -0.16230000
C                2.03220000 -0.30580000 0.00070000
C                2.69640000 -0.51510000 1.35790000
C                2.71530000 0.86840000 1.94170000
C                1.37260000 1.83320000 -1.32620000
O                0.65420000 1.50310000 -2.24220000
O                1.85080000 3.10450000 -1.31520000
C                2.01170000 -1.52080000 2.26630000
S                1.78010000 -1.63190000 -1.09060000
N                -1.05170000 -1.17570000 -1.58920000
C                -0.03270000 -2.13170000 -1.17050000
C                -0.54220000 -2.78790000 0.11500000
C                -1.93870000 -2.22800000 0.38070000
C                -2.10220000 -1.01740000 -0.54760000
C                -2.02880000 0.29220000 0.24680000
N                -3.17820000 1.08830000 0.40970000
O                -0.96860000 0.71730000 0.71280000
C                -4.52800000 0.52100000 0.19490000
C                -3.13680000 2.24610000 1.33200000
H                2.12800000 2.69930000 1.18130000
H                3.75900000 -0.84250000 1.18900000
H                3.07550000 1.11010000 2.95210000
H                1.55940000 3.58050000 -2.08770000
H                2.23790000 -1.32120000 3.32170000
H                2.35480000 -2.54110000 2.04090000
H                0.91560000 -1.51540000 2.13980000
H                -0.73190000 -0.33980000 -2.02400000
H                0.11560000 -2.86170000 -2.01020000
H                -0.55840000 -3.89000000 0.01830000
H                0.13400000 -2.57400000 0.97260000
H                -2.07050000 -1.95970000 1.44550000
H                -2.71660000 -2.98640000 0.16780000
H                -3.07320000 -1.06790000 -1.11020000
H                -4.51470000 -0.22770000 -0.61370000
H                -5.21720000 1.32420000 -0.10090000
H                -4.92180000 0.04440000 1.10420000
H                -4.05570000 2.83880000 1.22480000
H                -3.04440000 1.93280000 2.38180000
H                -2.28440000 2.89360000 1.08750000

1 2 1.0 5 2.0 21 1.0
2 3 2.0 6 1.0
3 4 1.0 10 1.0
4 5 1.0 9 1.0 22 1.0
5 23 1.0
6 7 2.0 8 1.0
7
8 24 1.0
9 25 1.0 26 1.0 27 1.0
10 12 1.0
11 12 1.0 15 1.0 28 1.0
12 13 1.0 29 1.0
13 14 1.0 30 1.0 31 1.0
14 15 1.0 32 1.0 33 1.0
15 16 1.0 34 1.0
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18
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