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jianqin

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[求助] Gaussian几何优化后的键长不合理

用Gaussian 09做分子几何优化。分子的部分结构见图1，具有两个手性中心（C3和C6）。几何优化分步过程如下：先用chem3D MM2做初步优化，再用PM3优化（包括频率分析），接下来用RHF 6-31G做优化（包括频率分析），计算均成功完成。但是分子中的碳硫键C3-S1（图1），经PM3优化后，键长1.882埃，基本合理，经RHF 6-31G优化后竟然变成3.172埃，显然是不合理的。我的疑问如下：
我的这种分步优化应该是合理的吧？
键长不合理的情况是否与分子中包含手性中心有关？因为C3是手性的，导致gaussian对碳硫键的处理不合理？（另一个手性中心C6周围的键长均在合理范围内）
gaussian中对手性分子的几何优化有什么需要特别注意的吗？
6-31G的基组对于处理硫这样的原子足够吗？
补充：刚看到其他的帖子，认为初始分子的构型是否合理，对找到正确的优化结构很关键？那么我的分步优化产生的构型是否是比较合理的构型呢？

[ Last edited by jianqin on 2011-7-15 at 09:40 ]

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1楼 2011-07-15 09:27:48

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jianqin

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引用回帖:

Originally posted by zhangmt at 2011-07-15 12:29:20:
1、这类小分子，根本没必要预优化，根据经验，在Gview里面直接画好，然后上Gaussian直接跑就行。
2、基组偏小，6-311g*跑这个也不过半个小时左右
3、手性中心对优化没有影响，只要你的初始结构合理即可
4、分析 ...

刚学gaussian，很多不懂。

感谢zhangmt和其他人的热心指导！

zhangmt和其他人均认为hf 6-31G是小基组，即使用6-311G*计算也很快，但是我画出的是分子的一部分。事实上是某一偶电子离子的一部分（离子一共40个原子），我计算时需要5个小时左右，是否离子的计算比中性分子更慢？当然电脑配置也有关系。

我先用pm3的结果直接用b3lyp 6-31G*优化，并缩小步长试试，想请问，步长设置多少比较合理？查了下，默认是30.