24小时热门版块排行榜

返回列表

当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖

jianqin

金虫 (正式写手)

应助: 7 (幼儿园)
金币: 3649.9
红花: 2
帖子: 627
在线: 394小时
虫号: 863555
注册: 2009-10-05
专业: 质谱分析

[求助] Gaussian几何优化后的键长不合理

用Gaussian 09做分子几何优化。分子的部分结构见图1，具有两个手性中心（C3和C6）。几何优化分步过程如下：先用chem3D MM2做初步优化，再用PM3优化（包括频率分析），接下来用RHF 6-31G做优化（包括频率分析），计算均成功完成。但是分子中的碳硫键C3-S1（图1），经PM3优化后，键长1.882埃，基本合理，经RHF 6-31G优化后竟然变成3.172埃，显然是不合理的。我的疑问如下：
我的这种分步优化应该是合理的吧？
键长不合理的情况是否与分子中包含手性中心有关？因为C3是手性的，导致gaussian对碳硫键的处理不合理？（另一个手性中心C6周围的键长均在合理范围内）
gaussian中对手性分子的几何优化有什么需要特别注意的吗？
6-31G的基组对于处理硫这样的原子足够吗？
补充：刚看到其他的帖子，认为初始分子的构型是否合理，对找到正确的优化结构很关键？那么我的分步优化产生的构型是否是比较合理的构型呢？

[ Last edited by jianqin on 2011-7-15 at 09:40 ]

回复此楼

» 收录本帖的淘帖专辑推荐

高斯-化合物性质研究

» 猜你喜欢

请问四氢呋喃溶解的聚合物用甲醇沉淀时，如何使沉淀过程加速？已经有2人回复
Chemical Bonding at Surfaces and Interfaces,最经典的一本表面上化学相互作用教材已经有2人回复
物理化学论文润色/翻译怎么收费? 已经有188人回复
诚邀有志之士加入江苏大学环境学院合成生物学课题组！(长期接收学硕专硕、硕博连读) 已经有16人回复
一志愿南大理论与计算化学方向（070300）342分，求调剂已经有1人回复
欢迎化学、化工、物理、材料、或计算机背景的考研咨询已经有0人回复
招生材料与化工、环境科学调剂研究生已经有5人回复
河南理工大学化工学院招收调剂生啦！已经有1人回复
招收博士一名-宁波大学已经有0人回复
面上再次挂了，太难了，躺也躺不了，倦也卷不过，小学校之殇！已经有37人回复

» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:

Gaussian对分子构型优化加溶剂化与否对最后结果有影响吗？已经有8人回复
【求助】键长键角等固定后的优化..悬赏30...【已经解决～感谢～】已经有22人回复
【求助】gaussian view画图时键长怎么调整已经有10人回复
【求助】用gaussian view打开优化好的结构后,将断裂键连上,是否影响后面计算已经有9人回复
【求助】势能面出错已经有6人回复
【求助】前线轨道研究反应选择性的问题已经有24人回复

1楼 2011-07-15 09:27:48

已阅回复此楼关注TA 给TA发消息送TA红花 TA的回帖

jianqin

金虫 (正式写手)

应助: 7 (幼儿园)
金币: 3649.9
红花: 2
帖子: 627
在线: 394小时
虫号: 863555
注册: 2009-10-05
专业: 质谱分析

引用回帖:

Originally posted by zhangmt at 2011-07-15 12:29:20:
1、这类小分子，根本没必要预优化，根据经验，在Gview里面直接画好，然后上Gaussian直接跑就行。
2、基组偏小，6-311g*跑这个也不过半个小时左右
3、手性中心对优化没有影响，只要你的初始结构合理即可
4、分析 ...

刚学gaussian，很多不懂。

感谢zhangmt和其他人的热心指导！

zhangmt和其他人均认为hf 6-31G是小基组，即使用6-311G*计算也很快，但是我画出的是分子的一部分。事实上是某一偶电子离子的一部分（离子一共40个原子），我计算时需要5个小时左右，是否离子的计算比中性分子更慢？当然电脑配置也有关系。

我先用pm3的结果直接用b3lyp 6-31G*优化，并缩小步长试试，想请问，步长设置多少比较合理？查了下，默认是30.