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jianqin

金虫 (正式写手)

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[求助] Gaussian几何优化后的键长不合理

用Gaussian 09做分子几何优化。分子的部分结构见图1，具有两个手性中心（C3和C6）。几何优化分步过程如下：先用chem3D MM2做初步优化，再用PM3优化（包括频率分析），接下来用RHF 6-31G做优化（包括频率分析），计算均成功完成。但是分子中的碳硫键C3-S1（图1），经PM3优化后，键长1.882埃，基本合理，经RHF 6-31G优化后竟然变成3.172埃，显然是不合理的。我的疑问如下：
我的这种分步优化应该是合理的吧？
键长不合理的情况是否与分子中包含手性中心有关？因为C3是手性的，导致gaussian对碳硫键的处理不合理？（另一个手性中心C6周围的键长均在合理范围内）
gaussian中对手性分子的几何优化有什么需要特别注意的吗？
6-31G的基组对于处理硫这样的原子足够吗？
补充：刚看到其他的帖子，认为初始分子的构型是否合理，对找到正确的优化结构很关键？那么我的分步优化产生的构型是否是比较合理的构型呢？

[ Last edited by jianqin on 2011-7-15 at 09:40 ]

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1楼 2011-07-15 09:27:48

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jianqin

金虫 (正式写手)

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引用回帖:

Originally posted by zhangmt at 2011-07-15 15:42:54:
1、计算不要在windows下面做，改在linux下面计算。超快，而且不易出差错
2、40个原子小case。基函数2000个以内算起来都很快。3000个就要跑很久了。
3、没必要用半经验的，连hf也不用，直接上密度泛函，找个合适 ...

谢谢zhangmt！

关于计算时间，我再补充说明一下：在linux下(redhat enterprise 5)我也进行过gaussian 09的计算。
一个41个原子的中性分子（有C,N,O,S），用B3LYP 6-311+G(d,p)方法，设置内存和CPU(intel xeon)如下：mem=2GB， nproc=4，计算耗时约14小时，同样分子用B3LYP 6-31+G(d,p)，内存和CPU设置同前，计算耗时约7小时。
请问这个计算时间对于你们来说是否太长了？
是什么原因导致我的计算时间如此长？
是否是我的某些设置有问题？除了设置基组，自旋度1，其他均默认。