24小时热门版块排行榜

返回列表

当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖

jianqin

金虫 (正式写手)

应助: 7 (幼儿园)
金币: 3729.9
红花: 2
帖子: 627
在线: 394小时
虫号: 863555
注册: 2009-10-05
专业: 质谱分析

[求助] Gaussian几何优化后的键长不合理

用Gaussian 09做分子几何优化。分子的部分结构见图1，具有两个手性中心（C3和C6）。几何优化分步过程如下：先用chem3D MM2做初步优化，再用PM3优化（包括频率分析），接下来用RHF 6-31G做优化（包括频率分析），计算均成功完成。但是分子中的碳硫键C3-S1（图1），经PM3优化后，键长1.882埃，基本合理，经RHF 6-31G优化后竟然变成3.172埃，显然是不合理的。我的疑问如下：
我的这种分步优化应该是合理的吧？
键长不合理的情况是否与分子中包含手性中心有关？因为C3是手性的，导致gaussian对碳硫键的处理不合理？（另一个手性中心C6周围的键长均在合理范围内）
gaussian中对手性分子的几何优化有什么需要特别注意的吗？
6-31G的基组对于处理硫这样的原子足够吗？
补充：刚看到其他的帖子，认为初始分子的构型是否合理，对找到正确的优化结构很关键？那么我的分步优化产生的构型是否是比较合理的构型呢？

[ Last edited by jianqin on 2011-7-15 at 09:40 ]

回复此楼

» 收录本帖的淘帖专辑推荐

高斯-化合物性质研究

» 猜你喜欢

哈工大深圳表界面物理化学方向（胶体与界面，光谱探测研究）博士招生已经有0人回复
中科院西安光机所——聚焦功能材料创新｜诚邀参与 2026 年度学术研讨会。已经有1人回复
物理化学论文润色/翻译怎么收费? 已经有189人回复
中科院西安光机所——促进学术交流，推动产学研融合，分享领域成果，加强校企合作。已经有1人回复
中科院西安光机所——促进学术交流，推动产学研融合，分享领域成果，加强校企合作。已经有0人回复
元素硫的化合价和氧化态已经有1人回复
江苏科技大学2026年招聘启事已经有0人回复
北京工业大学材料科学与工程学院《院士团队》招收工程专业博士研究生已经有0人回复

» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:

Gaussian对分子构型优化加溶剂化与否对最后结果有影响吗？已经有8人回复
【求助】键长键角等固定后的优化..悬赏30...【已经解决～感谢～】已经有22人回复
【求助】gaussian view画图时键长怎么调整已经有10人回复
【求助】用gaussian view打开优化好的结构后,将断裂键连上,是否影响后面计算已经有9人回复
【求助】势能面出错已经有6人回复
【求助】前线轨道研究反应选择性的问题已经有24人回复

1楼 2011-07-15 09:27:48

已阅回复此楼关注TA 给TA发消息送TA红花 TA的回帖

jianqin

金虫 (正式写手)

应助: 7 (幼儿园)
金币: 3729.9
红花: 2
帖子: 627
在线: 394小时
虫号: 863555
注册: 2009-10-05
专业: 质谱分析

引用回帖:

Originally posted by zhangmt at 2011-07-15 15:42:54:
1、计算不要在windows下面做，改在linux下面计算。超快，而且不易出差错
2、40个原子小case。基函数2000个以内算起来都很快。3000个就要跑很久了。
3、没必要用半经验的，连hf也不用，直接上密度泛函，找个合适 ...

谢谢zhangmt！

关于计算时间，我再补充说明一下：在linux下(redhat enterprise 5)我也进行过gaussian 09的计算。
一个41个原子的中性分子（有C,N,O,S），用B3LYP 6-311+G(d,p)方法，设置内存和CPU(intel xeon)如下：mem=2GB， nproc=4，计算耗时约14小时，同样分子用B3LYP 6-31+G(d,p)，内存和CPU设置同前，计算耗时约7小时。
请问这个计算时间对于你们来说是否太长了？
是什么原因导致我的计算时间如此长？
是否是我的某些设置有问题？除了设置基组，自旋度1，其他均默认。