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jianqin

金虫 (正式写手)

[求助] Gaussian几何优化后的键长不合理

用Gaussian 09做分子几何优化。分子的部分结构见图1,具有两个手性中心(C3和C6)。几何优化分步过程如下:先用chem3D MM2做初步优化,再用PM3优化(包括频率分析),接下来用RHF 6-31G做优化(包括频率分析),计算均成功完成。但是分子中的碳硫键C3-S1(图1),经PM3优化后,键长1.882埃,基本合理,经RHF 6-31G优化后竟然变成3.172埃,显然是不合理的。我的疑问如下:
我的这种分步优化应该是合理的吧?
键长不合理的情况是否与分子中包含手性中心有关?因为C3是手性的,导致gaussian对碳硫键的处理不合理?(另一个手性中心C6周围的键长均在合理范围内)
gaussian中对手性分子的几何优化有什么需要特别注意的吗?
6-31G的基组对于处理硫这样的原子足够吗?
补充:刚看到其他的帖子,认为初始分子的构型是否合理,对找到正确的优化结构很关键?那么我的分步优化产生的构型是否是比较合理的构型呢?


[ Last edited by jianqin on 2011-7-15 at 09:40 ]
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jianqin

金虫 (正式写手)

当然用B3LYP 6-311+G(d,p)方法,windows下算了约有2天...彻底无语了。
9楼2011-07-15 17:25:30
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fatpig8832

铁杆木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★
小红豆(金币+2): 谢谢指导 2011-07-15 19:21:15
这分子又不大,起码加个*吧... 6-31g* 即 6-31g(d) ...
2楼2011-07-15 10:20:09
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jianqin

金虫 (正式写手)

引用回帖:
Originally posted by fatpig8832 at 2011-07-15 10:20:09:
这分子又不大,起码加个*吧... 6-31g* 即 6-31g(d) ...

我是准备HF 6-31G优化后,再用B3LYP 6-311+G(d,p)优化
3楼2011-07-15 10:33:52
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fatpig8832

铁杆木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
小红豆(金币+3): 感谢交流 2011-07-15 19:21:30
引用回帖:
Originally posted by jianqin at 2011-07-15 10:33:52:
我是准备HF 6-31G优化后,再用B3LYP 6-311+G(d,p)优化

可以直接把pm3的结果用你的大基组优化,不一定要先算小基组,要不你可以先试试6-31g*有没有什么不同
4楼2011-07-15 12:00:35
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