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jianqin

金虫 (正式写手)

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[求助] Gaussian几何优化后的键长不合理

用Gaussian 09做分子几何优化。分子的部分结构见图1，具有两个手性中心（C3和C6）。几何优化分步过程如下：先用chem3D MM2做初步优化，再用PM3优化（包括频率分析），接下来用RHF 6-31G做优化（包括频率分析），计算均成功完成。但是分子中的碳硫键C3-S1（图1），经PM3优化后，键长1.882埃，基本合理，经RHF 6-31G优化后竟然变成3.172埃，显然是不合理的。我的疑问如下：
我的这种分步优化应该是合理的吧？
键长不合理的情况是否与分子中包含手性中心有关？因为C3是手性的，导致gaussian对碳硫键的处理不合理？（另一个手性中心C6周围的键长均在合理范围内）
gaussian中对手性分子的几何优化有什么需要特别注意的吗？
6-31G的基组对于处理硫这样的原子足够吗？
补充：刚看到其他的帖子，认为初始分子的构型是否合理，对找到正确的优化结构很关键？那么我的分步优化产生的构型是否是比较合理的构型呢？

[ Last edited by jianqin on 2011-7-15 at 09:40 ]

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1楼 2011-07-15 09:27:48

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fatpig8832

铁杆木虫 (著名写手)

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zhou2009(金币+2): 2011-08-06 15:19:21

引用回帖:

Originally posted by jianqin at 2011-07-25 08:42:08:
谢谢！虽然我不知道这个E(uhf)=-1289.08035487代表的物理意义，但是这个值应该比单重态的小。
单重态，rhf 6-31g能量结果：
Zero-point correction= 0.358864 (Hartree/Particle) ...

这个E(UHF)是指electronic energy，每优化一步，就会给出一个E(UHF)。对大部分寻找minimum的优化来说，每一步的E(UHF)总体趋势上是一个降低的过程，

在你的单重态输出中，electronic energy应该是
=-1288.405788-0.358864
=-1288.385237-0.379415
=...
=...
=-1288.764652

你可以再搜一下三重态的输出文件的其他E(UHF)，如果都在-1289.08035487的附近，都比单重态能量低的话，那么基本可以断定，它的ground state是三重态(也可以试试五重，我想机会不大)。然后，你现在做的单重态的这些东西就没有太大意义了...