24小时热门版块排行榜    

北京石油化工学院2026年研究生招生接收调剂公告
查看: 3523  |  回复: 41
当前只显示满足指定条件的回帖,点击这里查看本话题的所有回帖

jianqin

金虫 (正式写手)

[求助] Gaussian几何优化后的键长不合理

用Gaussian 09做分子几何优化。分子的部分结构见图1,具有两个手性中心(C3和C6)。几何优化分步过程如下:先用chem3D MM2做初步优化,再用PM3优化(包括频率分析),接下来用RHF 6-31G做优化(包括频率分析),计算均成功完成。但是分子中的碳硫键C3-S1(图1),经PM3优化后,键长1.882埃,基本合理,经RHF 6-31G优化后竟然变成3.172埃,显然是不合理的。我的疑问如下:
我的这种分步优化应该是合理的吧?
键长不合理的情况是否与分子中包含手性中心有关?因为C3是手性的,导致gaussian对碳硫键的处理不合理?(另一个手性中心C6周围的键长均在合理范围内)
gaussian中对手性分子的几何优化有什么需要特别注意的吗?
6-31G的基组对于处理硫这样的原子足够吗?
补充:刚看到其他的帖子,认为初始分子的构型是否合理,对找到正确的优化结构很关键?那么我的分步优化产生的构型是否是比较合理的构型呢?


[ Last edited by jianqin on 2011-7-15 at 09:40 ]
回复此楼
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

fatpig8832

铁杆木虫 (著名写手)

★ ★ ★
小红豆(金币+3): 感谢参与 2011-07-23 19:52:31
引用回帖:
Originally posted by jianqin at 2011-07-20 10:16:07:
用三重态(1 3)算了,选了个小机组,hf 6-31G,计算一段时间后显示convergence failure,计算就停止了。

可以对比下三重态最后几步的能量和单重态的最终能量,看看谁高...
如果三重态的较低,那么ground state应该是三重,要想办法把三重优化出来;如果三重的高很多,就不用再试了...
27楼2011-07-20 11:30:03
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 42 个回答

fatpig8832

铁杆木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★
小红豆(金币+2): 谢谢指导 2011-07-15 19:21:15
这分子又不大,起码加个*吧... 6-31g* 即 6-31g(d) ...
2楼2011-07-15 10:20:09
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

jianqin

金虫 (正式写手)

引用回帖:
Originally posted by fatpig8832 at 2011-07-15 10:20:09:
这分子又不大,起码加个*吧... 6-31g* 即 6-31g(d) ...

我是准备HF 6-31G优化后,再用B3LYP 6-311+G(d,p)优化
3楼2011-07-15 10:33:52
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

fatpig8832

铁杆木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
小红豆(金币+3): 感谢交流 2011-07-15 19:21:30
引用回帖:
Originally posted by jianqin at 2011-07-15 10:33:52:
我是准备HF 6-31G优化后,再用B3LYP 6-311+G(d,p)优化

可以直接把pm3的结果用你的大基组优化,不一定要先算小基组,要不你可以先试试6-31g*有没有什么不同
4楼2011-07-15 12:00:35
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 266分,一志愿电气工程,本科材料,求材料专业调剂 +12 哇呼哼呼哼 2026-04-01 13/650 2026-04-07 10:02 by zhen~
[考研] 0703化学调剂 348分 +8 唉我超真没招了 2026-04-06 8/400 2026-04-07 08:19 by houyaoxu
[考研] 一志愿河北工业大学材料工程,初试344求专硕调剂 +6 15933906766 2026-04-05 6/300 2026-04-06 13:21 by 无际的草原
[考研] 求调剂,一志愿厦门大学,生物与医药,总分272,本科211 +4 Electron1cc 2026-04-01 5/250 2026-04-06 10:45 by barlinike
[考研] 085602调剂 初试总分335 +9 19123253302 2026-04-05 9/450 2026-04-06 06:14 by houyaoxu
[考研] 材料调剂 +14 壹贰贰亿 2026-04-04 14/700 2026-04-05 23:31 by 来看流星雨10
[考研] 环境285分,过六级,求调剂 +10 xhr12 2026-04-02 10/500 2026-04-04 21:53 by bn53987
[考研] 296材料专硕求调剂 +21 202451007219 2026-04-02 22/1100 2026-04-04 21:48 by hemengdong
[考研] 324求调剂 +14 想上学求调 2026-04-02 15/750 2026-04-04 20:31 by 无际的草原
[考研] 321求调剂 +6 认真求上学 2026-04-03 6/300 2026-04-04 19:51 by dongzh2009
[考研] 复试调剂 +6 范根培 2026-04-04 6/300 2026-04-04 14:27 by 土木硕士招生
[考研] 280求调剂 +21 咕噜晓晓 2026-04-02 22/1100 2026-04-04 11:12 by 猪会飞
[考研] 297求调剂 +11 ljy20040718! 2026-04-03 13/650 2026-04-04 09:23 by 来看流星雨10
[考研] 求调剂,一志愿南京航空航天大学 ,080500材料科学与工程学硕 +10 @taotao 2026-04-03 10/500 2026-04-04 09:01 by T可可西里T
[考研] 数二英二348求调剂 +4 hxdzj1 2026-04-03 5/250 2026-04-03 21:25 by zhq0425
[考研] 兽医调剂 +3 wh119216 2026-04-02 3/150 2026-04-03 19:34 by zrongyan
[考研] 085501一志愿天工大,机械专硕求调剂,跨材料 +3 33上 2026-04-03 3/150 2026-04-03 14:08 by 1753564080
[考研] 377求调剂 +3 RASKIN 2026-04-02 3/150 2026-04-02 09:45 by zzchen2000
[考研] 材料调剂 +11 一样YWY 2026-03-31 11/550 2026-04-01 11:35 by wangjy2002
[考研] 一志愿西交大080500材料学硕349 +6 jqx1258 2026-03-31 7/350 2026-03-31 21:08 by yuq
信息提示
请填处理意见