| 查看: 4311 | 回复: 41 | |||
| 当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖 | |||
[求助]
Gaussian几何优化后的键长不合理
|
|||
|
用Gaussian 09做分子几何优化。分子的部分结构见图1，具有两个手性中心（C3和C6）。几何优化分步过程如下：先用chem3D MM2做初步优化，再用PM3优化（包括频率分析），接下来用RHF 6-31G做优化（包括频率分析），计算均成功完成。但是分子中的碳硫键C3-S1（图1），经PM3优化后，键长1.882埃，基本合理，经RHF 6-31G优化后竟然变成3.172埃，显然是不合理的。我的疑问如下： 我的这种分步优化应该是合理的吧？ 键长不合理的情况是否与分子中包含手性中心有关？因为C3是手性的，导致gaussian对碳硫键的处理不合理？（另一个手性中心C6周围的键长均在合理范围内） gaussian中对手性分子的几何优化有什么需要特别注意的吗？ 6-31G的基组对于处理硫这样的原子足够吗？ 补充：刚看到其他的帖子，认为初始分子的构型是否合理，对找到正确的优化结构很关键？那么我的分步优化产生的构型是否是比较合理的构型呢？  [ Last edited by jianqin on 2011-7-15 at 09:40 ] |
回复此楼» 收录本帖的淘帖专辑推荐
 高斯-化合物性质研究 |
» 猜你喜欢
已知面上挂了，小学校实验方向无平台，感觉太难了
已经有26人回复
-
CSC访学博后项目获批，外方学校暂停合作该怎么办？
已经有51人回复
-
物理化学论文润色/翻译怎么收费?
已经有262人回复
-
求助各位大佬，球球了，在这科萨头
已经有0人回复
-
半透性容器进行高湿或者低湿研究
已经有0人回复
-
分子动力学模拟合作需求
已经有4人回复
-
招生材料与化工、环境科学调剂研究生
已经有5人回复
-
湖北文理学院材料与化工专硕还有调剂名额，欢迎大家推荐考生！
已经有1人回复
-
求助：三乙酰丙酮铁（Fe(acac)₃）标准红外(IR)与XRD谱图/数据
已经有1人回复
-
面上再次挂了，太难了，躺也躺不了，倦也卷不过，小学校之殇！
已经有37人回复
» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)
» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
- Gaussian对分子构型优化加溶剂化与否对最后结果有影响吗？
已经有8人回复
- 【求助】键长键角等固定后的优化..悬赏30...【已经解决～感谢～】
已经有22人回复
- 【求助】gaussian view画图时键长怎么调整
已经有10人回复
- 【求助】用gaussian view打开优化好的结构后,将断裂键连上,是否影响后面计算
已经有9人回复
- 【求助】势能面出错
已经有6人回复
- 【求助】前线轨道研究反应选择性的问题
已经有24人回复
zhangmt
至尊木虫 (著名写手)
我叫MT
- QC强帖: 5
- 应助: 99 (初中生)
- 金币: 6961.8
- 散金: 10406
- 红花: 49
- 帖子: 1761
- 在线: 763.2小时
- 虫号: 880392
- 注册: 2009-10-22
- 性别: GG
- 专业: 理论和计算化学
【答案】应助回帖
★ ★ ★
gmy1990(金币+3): 非常感谢你对论坛的贡献，奖励一下！ 2011-07-15 12:39:14
jianqin(金币+10): 2011-07-15 15:15:42
gmy1990(金币+3): 非常感谢你对论坛的贡献，奖励一下！ 2011-07-15 12:39:14
jianqin(金币+10): 2011-07-15 15:15:42
|
1、这类小分子，根本没必要预优化，根据经验，在Gview里面直接画好，然后上Gaussian直接跑就行。 2、基组偏小，6-311g*跑这个也不过半个小时左右 3、手性中心对优化没有影响，只要你的初始结构合理即可 4、分析原因可能有两点： A.初始构象不合理 B.Gaussian默认步长偏大 5、解决方案： 从一个合理初始构象开始，缩小步长，很快就能收敛。 这个问题几乎就不是问题。 |
5楼2011-07-15 12:29:20
zhangmt
至尊木虫 (著名写手)
我叫MT
- QC强帖: 5
- 应助: 99 (初中生)
- 金币: 6961.8
- 散金: 10406
- 红花: 49
- 帖子: 1761
- 在线: 763.2小时
- 虫号: 880392
- 注册: 2009-10-22
- 性别: GG
- 专业: 理论和计算化学
7楼2011-07-15 15:42:54
zhangmt
至尊木虫 (著名写手)
我叫MT
- QC强帖: 5
- 应助: 99 (初中生)
- 金币: 6961.8
- 散金: 10406
- 红花: 49
- 帖子: 1761
- 在线: 763.2小时
- 虫号: 880392
- 注册: 2009-10-22
- 性别: GG
- 专业: 理论和计算化学
10楼2011-07-15 17:48:06
zhangmt
至尊木虫 (著名写手)
我叫MT
- QC强帖: 5
- 应助: 99 (初中生)
- 金币: 6961.8
- 散金: 10406
- 红花: 49
- 帖子: 1761
- 在线: 763.2小时
- 虫号: 880392
- 注册: 2009-10-22
- 性别: GG
- 专业: 理论和计算化学
12楼2011-07-15 20:43:18
zhangmt
至尊木虫 (著名写手)
我叫MT
- QC强帖: 5
- 应助: 99 (初中生)
- 金币: 6961.8
- 散金: 10406
- 红花: 49
- 帖子: 1761
- 在线: 763.2小时
- 虫号: 880392
- 注册: 2009-10-22
- 性别: GG
- 专业: 理论和计算化学
20楼2011-07-18 12:17:53
zhangmt
至尊木虫 (著名写手)
我叫MT
- QC强帖: 5
- 应助: 99 (初中生)
- 金币: 6961.8
- 散金: 10406
- 红花: 49
- 帖子: 1761
- 在线: 763.2小时
- 虫号: 880392
- 注册: 2009-10-22
- 性别: GG
- 专业: 理论和计算化学
34楼2011-07-23 20:03:56
40