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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 量子化学 » Gaussian » Gaussian几何优化后的键长不合理
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jianqin

金虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by zhangmt at 2011-07-18 12:17:53:
别隐藏H啊，你直接贴gjf文件吧。看起来方便些。。这样看不方便。

%mem=2GB
%nproc=4
%chk=298.chk
# opt freq rb3lyp/6-31+g(d,p) geom=connectivity iop(1/8=10)

298 B3LYP 6-31+G(d p)

1 1
N                  2.22760000    1.72230000    1.05790000
C                  1.83990000    1.04100000   -0.16230000
C                  2.03220000   -0.30580000    0.00070000
C                  2.69640000   -0.51510000    1.35790000
C                  2.71530000    0.86840000    1.94170000
C                  1.37260000    1.83320000   -1.32620000
O                  0.65420000    1.50310000   -2.24220000
O                  1.85080000    3.10450000   -1.31520000
C                  2.01170000   -1.52080000    2.26630000
S                  1.78010000   -1.63190000   -1.09060000
N                 -1.05170000   -1.17570000   -1.58920000
C                 -0.03270000   -2.13170000   -1.17050000
C                 -0.54220000   -2.78790000    0.11500000
C                 -1.93870000   -2.22800000    0.38070000
C                 -2.10220000   -1.01740000   -0.54760000
C                 -2.02880000    0.29220000    0.24680000
N                 -3.17820000    1.08830000    0.40970000
O                 -0.96860000    0.71730000    0.71280000
C                 -4.52800000    0.52100000    0.19490000
C                 -3.13680000    2.24610000    1.33200000
H                  2.12800000    2.69930000    1.18130000
H                  3.75900000   -0.84250000    1.18900000
H                  3.07550000    1.11010000    2.95210000
H                  1.55940000    3.58050000   -2.08770000
H                  2.23790000   -1.32120000    3.32170000
H                  2.35480000   -2.54110000    2.04090000
H                  0.91560000   -1.51540000    2.13980000
H                 -0.73190000   -0.33980000   -2.02400000
H                  0.11560000   -2.86170000   -2.01020000
H                 -0.55840000   -3.89000000    0.01830000
H                  0.13400000   -2.57400000    0.97260000
H                 -2.07050000   -1.95970000    1.44550000
H                 -2.71660000   -2.98640000    0.16780000
H                 -3.07320000   -1.06790000   -1.11020000
H                 -4.51470000   -0.22770000   -0.61370000
H                 -5.21720000    1.32420000   -0.10090000
H                 -4.92180000    0.04440000    1.10420000
H                 -4.05570000    2.83880000    1.22480000
H                 -3.04440000    1.93280000    2.38180000
H                 -2.28440000    2.89360000    1.08750000

1 2 1.0 5 2.0 21 1.0
2 3 2.0 6 1.0
3 4 1.0 10 1.0
4 5 1.0 9 1.0 22 1.0
5 23 1.0
6 7 2.0 8 1.0
7
8 24 1.0
9 25 1.0 26 1.0 27 1.0
10 12 1.0
11 12 1.0 15 1.0 28 1.0
12 13 1.0 29 1.0
13 14 1.0 30 1.0 31 1.0
14 15 1.0 32 1.0 33 1.0
15 16 1.0 34 1.0
16 17 1.0 18 2.0
17 19 1.0 20 1.0
18
19 35 1.0 36 1.0 37 1.0
20 38 1.0 39 1.0 40 1.0
21
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21楼2011-07-18 12:51:12
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jianqin

金虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by coolrainbow at 2011-07-18 12:02:55:
含有S这种原子的体系必须加极化才行
比如6-311g(d)等等
如果非要在win下算也没关系，优化个三四天不算长

用opt freq DFT B3LYP 6-31+g(d,p)做了优化，gjf文件见楼上。
离子结构式（含手性中心）如图
PM3优化后的结构见下图，碳硫键键长在合理范围内。
我自己的分析是：由于氮上带正电荷，导致氮正离子旁边的羧基取向与环共平面，与吡咯环边上的羰基之间有斥力作用，导致碳硫键被拉长了，我再用不带电荷的分子再做一下优化，试一试。
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22楼2011-07-18 13:54:25
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fatpig8832

铁杆木虫 (著名写手)
还有一种可能性，这东西说不定是三重态，不知有没有算过，看看和单重态哪个才是ground state
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23楼2011-07-18 17:20:13
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jianqin

金虫 (正式写手)
用297的中性分子做了优化，B3LYP 6-31+g(d,p)，碳硫键键长合理，的确是氮原子带电荷的影响。
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24楼2011-07-18 19:53:01
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jianqin

金虫 (正式写手)
用完整的中性分子做DFT优化，键长也是合理的。对于离子是单重态还是三重态的问题，很抱歉，从来没有想过，我再学习学习...
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25楼2011-07-19 09:18:44
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jianqin

金虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by fatpig8832 at 2011-07-18 17:20:13:
还有一种可能性，这东西说不定是三重态，不知有没有算过，看看和单重态哪个才是ground state

用三重态(1 3)算了，选了个小机组，hf 6-31G，计算一段时间后显示convergence failure，计算就停止了。
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26楼2011-07-20 10:16:07
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fatpig8832

铁杆木虫 (著名写手)
★ ★ ★
小红豆(金币+3): 感谢参与 2011-07-23 19:52:31
引用回帖:
Originally posted by jianqin at 2011-07-20 10:16:07:
用三重态(1 3)算了，选了个小机组，hf 6-31G，计算一段时间后显示convergence failure，计算就停止了。

可以对比下三重态最后几步的能量和单重态的最终能量，看看谁高...
如果三重态的较低，那么ground state应该是三重，要想办法把三重优化出来；如果三重的高很多，就不用再试了...
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27楼2011-07-20 11:30:03
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jianqin

金虫 (正式写手)
尝试了把碳硫键键长固定，用RHF 6-31G优化，电荷+1， spin 1，成功收敛！

请问：如何把键长设置在一定范围内，然后按照一定的步数从设置的最小值开始，慢慢增加到最大值，对每一步分别进行几何优化？
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28楼2011-07-21 22:29:26
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jianqin

金虫 (正式写手)
ion 298, gaussian opt freq rhf 6-31G output file
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29楼2011-07-23 13:16:28
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gongxd325

至尊木虫 (文坛精英)
★ ★ ★
小红豆(金币+3): 感谢参与 2011-07-23 19:52:46
首先确认下输入是否正确，究竟是中性分子还是离子？如是中性的，1号原子N上不该有H，输入文件中的1  1应该是0  1。预优化建议用B3LYP/3-21G，然后再用大基组优化。这些确认无误后再考虑做势能面计算。
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一个人做点好事并不难难的是一辈子做好事!!!
30楼2011-07-23 14:25:41
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