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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 量子化学 » Gaussian » Gaussian几何优化后的键长不合理
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fatpig8832

铁杆木虫 (著名写手)
哥啊，我们随便算点有金属的东西都要个几天啊...
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11楼2011-07-15 18:01:26
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zhangmt

至尊木虫 (著名写手)

我叫MT
算几天就有点过分了。科研是要有一定周期的。即便一个反应机理，也要算几十个任务的。一次算上几天，那一年才能算多少啊？没有效率的。建议超过3天的就kill掉，显然所用方法基组偏大了——除非是在windows下面算的。那是玩票。。。
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一群自以为正义凛然的年轻人将一切不能以科学解释的事情定性为封建迷信并大刀阔斧地进行消灭，其实这是修养不足学识浅薄的一种体现，也是可恶的偏执和愚蠢的自以
12楼2011-07-15 20:43:18
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jianqin

金虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by zhangmt at 2011-07-15 17:48:06:
如果不是阴离子体系的话，用不到弥散啊。少了弥散，基组数目可就少了好多呢。
如果初始构象合理的话，1-2个小时搞定应该问题不大。
话说，10多个小时也是可以接受的范围——头一天晚上递任务，早起就能分析结果 ...

如果算的是正离子呢？需要加弥散和极化吗？

如果需要考虑氢键作用，是否弥散和极化是必须的？
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13楼2011-07-15 22:44:08
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jianqin

金虫 (正式写手)
下面说明下周末的计算情况：
1. 构建初始结构后，直接用DFT方法，B3LYP 6-31+g(d,p)，得到的结果与分步优化一样。

2. 减小步长后，iop(1/8=10) or opt(maxstep=10) 得到的结果也一样，碳硫键键长不合理。

3. gaussian中可以把键长限制在某一范围内做几何优化吗？

4. 优化后的不合理结构见首页。
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14楼2011-07-18 08:31:15
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jianqin

金虫 (正式写手)
不合理结构见图（首页不能编辑了）

结构中有氮正离子
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15楼2011-07-18 08:33:18
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fatpig8832

铁杆木虫 (著名写手)
引用回帖:
Originally posted by jianqin at 2011-07-18 08:33:18:
不合理结构见图（首页不能编辑了）

结构中有氮正离子

虽然不是很清楚，但你这张图上的C和N都没有连H，是一开始就没有任何H，还是你在画图时把H删掉了？

从第一页的图来看，至少N上要连H吧？
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16楼2011-07-18 10:30:55
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fatpig8832

铁杆木虫 (著名写手)
所以说，错误可能就在于没把H加上去，虽然第一页的图中没有那么多H，但事实上，对做化学的来说，应该是知道那些C上其实都是连了H的...
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17楼2011-07-18 10:44:08
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jianqin

金虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by fatpig8832 at 2011-07-18 10:30:55:
虽然不是很清楚，但你这张图上的C和N都没有连H，是一开始就没有任何H，还是你在画图时把H删掉了？

从第一页的图来看，至少N上要连H吧？

优化时有氢的，但为了把图显示清楚，氢不显示了
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18楼2011-07-18 11:08:41
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coolrainbow

木虫 (著名写手)

未来国家冻凉
★ ★ ★
小红豆(金币+3): 感谢参与交流 2011-07-23 19:51:16
含有S这种原子的体系必须加极化才行
比如6-311g(d)等等
如果非要在win下算也没关系，优化个三四天不算长
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技术博客：http://hi.baidu.com/coolrainbow/blog
19楼2011-07-18 12:02:55
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zhangmt

至尊木虫 (著名写手)

我叫MT
★ ★
小红豆(金币+2): 感谢参与 2011-07-23 19:51:29
别隐藏H啊，你直接贴gjf文件吧。看起来方便些。。这样看不方便。
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一群自以为正义凛然的年轻人将一切不能以科学解释的事情定性为封建迷信并大刀阔斧地进行消灭，其实这是修养不足学识浅薄的一种体现，也是可恶的偏执和愚蠢的自以
20楼2011-07-18 12:17:53
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