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汕头大学海洋科学接受调剂
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jianqin

金虫 (正式写手)

[求助] Gaussian几何优化后的键长不合理

用Gaussian 09做分子几何优化。分子的部分结构见图1,具有两个手性中心(C3和C6)。几何优化分步过程如下:先用chem3D MM2做初步优化,再用PM3优化(包括频率分析),接下来用RHF 6-31G做优化(包括频率分析),计算均成功完成。但是分子中的碳硫键C3-S1(图1),经PM3优化后,键长1.882埃,基本合理,经RHF 6-31G优化后竟然变成3.172埃,显然是不合理的。我的疑问如下:
我的这种分步优化应该是合理的吧?
键长不合理的情况是否与分子中包含手性中心有关?因为C3是手性的,导致gaussian对碳硫键的处理不合理?(另一个手性中心C6周围的键长均在合理范围内)
gaussian中对手性分子的几何优化有什么需要特别注意的吗?
6-31G的基组对于处理硫这样的原子足够吗?
补充:刚看到其他的帖子,认为初始分子的构型是否合理,对找到正确的优化结构很关键?那么我的分步优化产生的构型是否是比较合理的构型呢?


[ Last edited by jianqin on 2011-7-15 at 09:40 ]
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gongxd325

至尊木虫 (文坛精英)

★ ★ ★
小红豆(金币+3): 感谢参与 2011-07-23 19:52:46
首先确认下输入是否正确,究竟是中性分子还是离子?如是中性的,1号原子N上不该有H,输入文件中的1  1应该是0  1。预优化建议用B3LYP/3-21G,然后再用大基组优化。这些确认无误后再考虑做势能面计算。
一个人做点好事并不难难的是一辈子做好事!!!
30楼2011-07-23 14:25:41
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gongxd325

至尊木虫 (文坛精英)

★ ★
小红豆(金币+2): 谢谢交流 2011-07-23 19:53:06
设置内存时别超过总内存的80%,否则会很慢
一个人做点好事并不难难的是一辈子做好事!!!
31楼2011-07-23 14:35:55
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