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kehan_1230

铜虫 (小有名气)

[交流] 【求助】求助一个关于chem 3D的问题 已有6人参与

本人没用过Chem office,现在需要用里面的Chem 3D画一个有机分子的三维图,需要达到的效果如下图所示。现在已经采用Chem draw得到这个有机分子的平面结构,见下图。采用的版本是Chemoffice2002。请各位会用Chem office的大侠们指点。



[ Last edited by kehan_1230 on 2010-7-23 at 02:07 ]
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kehan_1230

铜虫 (小有名气)

1。从Chem Draw中直接把2D的分子式粘贴到Chem 3D中,显示的是球棍模型,怎样将其显示形式修改为下图所示的棒状模型?
2。个人感觉要得到3D构象是不是需要进行能量优化取能量最小的构象?如果是,该如何使用Chem 3D进行能量优化?
2楼2010-07-23 01:53:29
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kehan_1230

铜虫 (小有名气)

琢磨了手册,已经搞定上述问题,请求删帖,谢谢……
3楼2010-07-23 03:12:32
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gaoqunqunl

金虫 (小有名气)


小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
楼主,是怎么样做出来的?可以分享一下经验吗
4楼2010-07-23 09:48:46
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nh13

木虫 (正式写手)

★ ★
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lei0736(金币+1):谢谢 2010-07-24 11:19:00
建议你在用别的软件优化一下,MM2力场优化了的应该是局部最低能量构象吧。
5楼2010-07-23 09:52:30
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kehan_1230

铜虫 (小有名气)

引用回帖:
Originally posted by nh13 at 2010-07-23 09:52:30:
建议你在用别的软件优化一下,MM2力场优化了的应该是局部最低能量构象吧。

别的软件,能否建议下。
谢谢。
6楼2010-07-23 11:28:40
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nh13

木虫 (正式写手)

★ ★
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lei0736(金币+1):谢谢 2010-07-24 11:19:08
最好能用Gaussian或ADF等量化工具。
7楼2010-07-23 12:46:45
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kekexiliwolf

金虫 (正式写手)

小屁虫

★ ★
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lei0736(金币+1):谢谢 2010-07-24 11:19:15
chemioffice2008可以用MMFF94优化,结果还不错哦,
我们在为了文章而搞科研
8楼2010-07-24 00:12:22
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雪狼乖乖

木虫 (正式写手)


★ ★ ★ ★ ★
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lei0736(金币+4):谢谢 2010-07-24 11:19:24
CHEMdraw 转3D 只要保存一下 然后用3D打开即可 至于优化等等 MM2算法只能定性而已 而且有时候会破坏平面 还是用专门的量化软件比较好
给你提个醒: 3D软件里会有孤对电子 而这个数据可能会造成其他软件识别错误 导入时需要删除
chem3D 画画图可以 如果指望它做计算 估计算出来的值 你也不敢用 不过它加载的MOPAC倒是很好的计算大分子的模块 其他还是用专门的量化计算软件吧 3D曾经计算一个分子画了我4天时间 GAUSSIAN03只用了十几分钟 但对于你这样的大分子 应该先力场处理 再用gaussian计算 否则耗时相当多 优化基组不易过大

[ Last edited by 雪狼乖乖 on 2010-7-24 at 06:26 ]
9楼2010-07-24 00:35:42
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janetin

金虫 (正式写手)


小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
chem office还是很麻烦的。
10楼2011-03-14 10:25:18
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