24小时热门版块排行榜    

查看: 1544  |  回复: 6

天下枫叶

木虫 (著名写手)

[求助] 环糊精与药物模拟

设定环糊精糖苷键上氧原子所在平面为XY
平面, 环糊精的中心为坐标中心, 环糊精的中心轴
为Z 轴, 并设定环糊精大口方向(H2、H3 方向) 为
Z 轴正方向, 小口方向( H6 方向) 为Z 轴负方向。
客体( 萘普生) 分子分别从环糊精两侧沿Z 轴穿
过空腔, 步长为100 10- 6m,
以上是怎么设置啊,如坐标轴等,本人菜鸟,能解决问题,金币不是问题,先谢过了

最好是有贴图,谢谢
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)

» 本主题相关价值贴推荐,对您同样有帮助:

已阅   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

天下枫叶

木虫 (著名写手)

还有就是我从chem3D里导出的结构在GaussianView里不能计算
2楼2011-05-29 13:57:16
已阅   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

sealanlan

铁虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

天下枫叶(金币+2): ultraedit在哪里有,还有那个平面为XY,环糊精的中心为坐标中心,怎么设置 2011-05-31 19:46:55
引用回帖:
Originally posted by 天下枫叶 at 2011-05-29 13:57:16:
还有就是我从chem3D里导出的结构在GaussianView里不能计算

从chem3D导出的结构一般都不能直接用的,需要用ultraedit打开,参照标准的高斯输入文件格式进行修改,去读读高斯教程吧。
努力
3楼2011-05-31 17:16:23
已阅   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

sealanlan

铁虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

天下枫叶(金币+2): 关键是怎么设置坐标, 2011-05-31 19:47:37
引用回帖:
Originally posted by 天下枫叶 at 2011-05-29 13:55:20:
设定环糊精糖苷键上氧原子所在平面为XY
平面, 环糊精的中心为坐标中心, 环糊精的中心轴
为Z 轴, 并设定环糊精大口方向(H2、H3 方向) 为
Z 轴正方向, 小口方向( H6 方向) 为Z 轴负方向。
客体( 萘普生) 分子分 ...

初始结构不用太准确了,我贪图省事儿的时候就在gaussian view里边画个大概差不多,然后用低级组优化一下得到个大致结构,然后再具体优化吧。
努力
4楼2011-05-31 17:18:57
已阅   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

天下枫叶

木虫 (著名写手)

引用回帖:
Originally posted by sealanlan at 2011-05-31 17:18:57:
初始结构不用太准确了,我贪图省事儿的时候就在gaussian view里边画个大概差不多,然后用低级组优化一下得到个大致结构,然后再具体优化吧。

但是环糊精分子太大啊,还有怎么从CCDC里导出环糊精结构
5楼2011-06-02 10:51:51
已阅   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

天下枫叶

木虫 (著名写手)

引用回帖:
Originally posted by sealanlan at 2011-05-31 17:18:57:
初始结构不用太准确了,我贪图省事儿的时候就在gaussian view里边画个大概差不多,然后用低级组优化一下得到个大致结构,然后再具体优化吧。

那这个平面坐标轴,原点啊是怎么设置的
6楼2011-06-15 17:15:55
已阅   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

饭饭316

新虫 (小有名气)

我也不太懂,要对一个化合物进行结构优化,肯定要先画结构式。可是结构式该怎么画才能使优化出来的结构较为准确呢?求各位大虾帮忙解说解说下啊!
7楼2011-06-17 14:23:43
已阅   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 天下枫叶 的主题更新
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 335分 | 材料与化工专硕 | GPA 4.07 | 有科研经历 +4 cccchenso 2026-03-23 4/200 2026-03-23 23:00 by 徐ckkk
[考研] 一志愿南航材料专317分求调剂 +3 炸呀炸呀炸薯条 2026-03-23 3/150 2026-03-23 20:47 by pswait
[考研] 303求调剂 +4 元夕元 2026-03-20 4/200 2026-03-23 19:00 by macy2011
[考研] 0854电子信息求调剂 324 +3 Promise-jyl 2026-03-23 3/150 2026-03-23 13:43 by wangkm
[考研] 303求调剂 +5 安忆灵 2026-03-22 6/300 2026-03-22 12:46 by 素颜倾城1988
[考研] 0856材料专硕353求调剂 +4 NIFFFfff 2026-03-20 4/200 2026-03-22 09:49 by 2026paper
[考研] 286求调剂 +10 Faune 2026-03-21 10/500 2026-03-21 23:34 by 314126402
[考研] 材料学硕301分求调剂 +7 Liyouyumairs 2026-03-21 7/350 2026-03-21 22:31 by peike
[考研] 材料求调剂 +5 @taotao 2026-03-21 5/250 2026-03-21 20:55 by lbsjt
[考研] 265求调剂 +12 梁梁校校 2026-03-19 14/700 2026-03-21 13:38 by lature00
[考研] 一志愿华中科技大学,080502,354分求调剂 +5 守候夕阳CF 2026-03-18 5/250 2026-03-21 01:06 by JourneyLucky
[考研] 一志愿武理材料305分求调剂 +6 想上岸的鲤鱼 2026-03-18 7/350 2026-03-21 01:03 by JourneyLucky
[考研] 22408 344分 求调剂 一志愿 华电计算机技术 +4 solanXXX 2026-03-20 4/200 2026-03-20 23:49 by alg094825
[考研] 南京大学化学376求调剂 +3 hisfailed 2026-03-19 6/300 2026-03-20 23:43 by hisfailed
[考研] 295求调剂 +4 一志愿京区211 2026-03-18 6/300 2026-03-20 23:41 by JourneyLucky
[考研] 295材料求调剂,一志愿武汉理工085601专硕 +5 Charlieyq 2026-03-19 5/250 2026-03-20 20:35 by JourneyLucky
[考研] 353求调剂 +3 拉钩不许变 2026-03-20 3/150 2026-03-20 19:56 by JourneyLucky
[考研] 288求调剂,一志愿华南理工大学071005 +5 ioodiiij 2026-03-17 5/250 2026-03-19 18:22 by zcl123
[考研] 本科郑州大学物理学院,一志愿华科070200学硕,346求调剂 +4 我不是一根葱 2026-03-18 4/200 2026-03-19 09:11 by 浮云166
[考研] 材料工程专硕调剂 +5 204818@lcx 2026-03-17 6/300 2026-03-18 22:55 by 204818@lcx
信息提示
请填处理意见