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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 量子化学 » Gaussian » 环糊精与药物模拟
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天下枫叶

木虫 (著名写手)

[求助] 环糊精与药物模拟

设定环糊精糖苷键上氧原子所在平面为XY
平面, 环糊精的中心为坐标中心, 环糊精的中心轴
为Z 轴, 并设定环糊精大口方向(H2、H3 方向) 为
Z 轴正方向, 小口方向( H6 方向) 为Z 轴负方向。
客体( 萘普生) 分子分别从环糊精两侧沿Z 轴穿
过空腔, 步长为100 10- 6m,
以上是怎么设置啊，如坐标轴等，本人菜鸟，能解决问题，金币不是问题，先谢过了

最好是有贴图，谢谢
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1楼 2011-05-29 13:55:20
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sealanlan

铁虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

天下枫叶(金币+2): ultraedit在哪里有，还有那个平面为XY，环糊精的中心为坐标中心，怎么设置 2011-05-31 19:46:55
引用回帖:
Originally posted by 天下枫叶 at 2011-05-29 13:57:16:
还有就是我从chem3D里导出的结构在GaussianView里不能计算

从chem3D导出的结构一般都不能直接用的，需要用ultraedit打开，参照标准的高斯输入文件格式进行修改，去读读高斯教程吧。
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努力
3楼2011-05-31 17:16:23
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天下枫叶

木虫 (著名写手)
还有就是我从chem3D里导出的结构在GaussianView里不能计算
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2楼2011-05-29 13:57:16
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sealanlan

铁虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

天下枫叶(金币+2): 关键是怎么设置坐标， 2011-05-31 19:47:37
引用回帖:
Originally posted by 天下枫叶 at 2011-05-29 13:55:20:
设定环糊精糖苷键上氧原子所在平面为XY
平面, 环糊精的中心为坐标中心, 环糊精的中心轴
为Z 轴, 并设定环糊精大口方向(H2、H3 方向) 为
Z 轴正方向, 小口方向( H6 方向) 为Z 轴负方向。
客体( 萘普生) 分子分 ...

初始结构不用太准确了，我贪图省事儿的时候就在gaussian view里边画个大概差不多，然后用低级组优化一下得到个大致结构，然后再具体优化吧。
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努力
4楼2011-05-31 17:18:57
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天下枫叶

木虫 (著名写手)
引用回帖:
Originally posted by sealanlan at 2011-05-31 17:18:57:
初始结构不用太准确了，我贪图省事儿的时候就在gaussian view里边画个大概差不多，然后用低级组优化一下得到个大致结构，然后再具体优化吧。

但是环糊精分子太大啊，还有怎么从CCDC里导出环糊精结构
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5楼2011-06-02 10:51:51
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