应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 量子化学 » Gaussian » 环糊精与药物模拟
71/1返回列表
查看: 1453  |  回复: 6
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

天下枫叶

木虫 (著名写手)

[求助] 环糊精与药物模拟

设定环糊精糖苷键上氧原子所在平面为XY
平面, 环糊精的中心为坐标中心, 环糊精的中心轴
为Z 轴, 并设定环糊精大口方向(H2、H3 方向) 为
Z 轴正方向, 小口方向( H6 方向) 为Z 轴负方向。
客体( 萘普生) 分子分别从环糊精两侧沿Z 轴穿
过空腔, 步长为100 10- 6m,
以上是怎么设置啊，如坐标轴等，本人菜鸟，能解决问题，金币不是问题，先谢过了

最好是有贴图，谢谢
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
1楼 2011-05-29 13:55:20
已阅   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

天下枫叶

木虫 (著名写手)
还有就是我从chem3D里导出的结构在GaussianView里不能计算
赞一下 回复此楼
2楼2011-05-29 13:57:16
已阅   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

sealanlan

铁虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

天下枫叶(金币+2): ultraedit在哪里有，还有那个平面为XY，环糊精的中心为坐标中心，怎么设置 2011-05-31 19:46:55
引用回帖:
Originally posted by 天下枫叶 at 2011-05-29 13:57:16:
还有就是我从chem3D里导出的结构在GaussianView里不能计算

从chem3D导出的结构一般都不能直接用的，需要用ultraedit打开，参照标准的高斯输入文件格式进行修改，去读读高斯教程吧。
赞一下 回复此楼
努力
3楼2011-05-31 17:16:23
已阅   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

sealanlan

铁虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

天下枫叶(金币+2): 关键是怎么设置坐标， 2011-05-31 19:47:37
引用回帖:
Originally posted by 天下枫叶 at 2011-05-29 13:55:20:
设定环糊精糖苷键上氧原子所在平面为XY
平面, 环糊精的中心为坐标中心, 环糊精的中心轴
为Z 轴, 并设定环糊精大口方向(H2、H3 方向) 为
Z 轴正方向, 小口方向( H6 方向) 为Z 轴负方向。
客体( 萘普生) 分子分 ...

初始结构不用太准确了，我贪图省事儿的时候就在gaussian view里边画个大概差不多，然后用低级组优化一下得到个大致结构，然后再具体优化吧。
赞一下 回复此楼
努力
4楼2011-05-31 17:18:57
已阅   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

天下枫叶

木虫 (著名写手)
引用回帖:
Originally posted by sealanlan at 2011-05-31 17:18:57:
初始结构不用太准确了，我贪图省事儿的时候就在gaussian view里边画个大概差不多，然后用低级组优化一下得到个大致结构，然后再具体优化吧。

但是环糊精分子太大啊，还有怎么从CCDC里导出环糊精结构
赞一下 回复此楼
5楼2011-06-02 10:51:51
已阅   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

天下枫叶

木虫 (著名写手)
引用回帖:
Originally posted by sealanlan at 2011-05-31 17:18:57:
初始结构不用太准确了，我贪图省事儿的时候就在gaussian view里边画个大概差不多，然后用低级组优化一下得到个大致结构，然后再具体优化吧。

那这个平面坐标轴，原点啊是怎么设置的
赞一下 回复此楼
6楼2011-06-15 17:15:55
已阅   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

饭饭316

新虫 (小有名气)
我也不太懂，要对一个化合物进行结构优化，肯定要先画结构式。可是结构式该怎么画才能使优化出来的结构较为准确呢？求各位大虾帮忙解说解说下啊！
赞一下 回复此楼
7楼2011-06-17 14:23:43
已阅   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 天下枫叶 的主题更新
71/1返回列表
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭