应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 量子化学 » Gaussian » 环糊精与药物模拟
51/1返回列表
查看: 1552  |  回复: 6
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看
当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖

天下枫叶

木虫 (著名写手)

[求助] 环糊精与药物模拟

设定环糊精糖苷键上氧原子所在平面为XY
平面, 环糊精的中心为坐标中心, 环糊精的中心轴
为Z 轴, 并设定环糊精大口方向(H2、H3 方向) 为
Z 轴正方向, 小口方向( H6 方向) 为Z 轴负方向。
客体( 萘普生) 分子分别从环糊精两侧沿Z 轴穿
过空腔, 步长为100 10- 6m,
以上是怎么设置啊，如坐标轴等，本人菜鸟，能解决问题，金币不是问题，先谢过了

最好是有贴图，谢谢
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
1楼 2011-05-29 13:55:20
已阅   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

sealanlan

铁虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

天下枫叶(金币+2): 关键是怎么设置坐标， 2011-05-31 19:47:37
引用回帖:
Originally posted by 天下枫叶 at 2011-05-29 13:55:20:
设定环糊精糖苷键上氧原子所在平面为XY
平面, 环糊精的中心为坐标中心, 环糊精的中心轴
为Z 轴, 并设定环糊精大口方向(H2、H3 方向) 为
Z 轴正方向, 小口方向( H6 方向) 为Z 轴负方向。
客体( 萘普生) 分子分 ...

初始结构不用太准确了，我贪图省事儿的时候就在gaussian view里边画个大概差不多，然后用低级组优化一下得到个大致结构，然后再具体优化吧。
赞一下 回复此楼
努力
4楼2011-05-31 17:18:57
已阅   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 7 个回答

天下枫叶

木虫 (著名写手)
还有就是我从chem3D里导出的结构在GaussianView里不能计算
赞一下 回复此楼
2楼2011-05-29 13:57:16
已阅   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

sealanlan

铁虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

天下枫叶(金币+2): ultraedit在哪里有，还有那个平面为XY，环糊精的中心为坐标中心，怎么设置 2011-05-31 19:46:55
引用回帖:
Originally posted by 天下枫叶 at 2011-05-29 13:57:16:
还有就是我从chem3D里导出的结构在GaussianView里不能计算

从chem3D导出的结构一般都不能直接用的，需要用ultraedit打开，参照标准的高斯输入文件格式进行修改，去读读高斯教程吧。
赞一下 回复此楼
努力
3楼2011-05-31 17:16:23
已阅   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

天下枫叶

木虫 (著名写手)
引用回帖:
Originally posted by sealanlan at 2011-05-31 17:18:57:
初始结构不用太准确了，我贪图省事儿的时候就在gaussian view里边画个大概差不多，然后用低级组优化一下得到个大致结构，然后再具体优化吧。

但是环糊精分子太大啊，还有怎么从CCDC里导出环糊精结构
赞一下 回复此楼
5楼2011-06-02 10:51:51
已阅   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 7 个回答
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 材料调剂 +3 匹克i 2026-03-23 3/150 2026-03-23 23:18 by peike
[考研] 一志愿国科过程所081700，274求调剂 +3 三水研0水立方 2026-03-23 3/150 2026-03-23 23:11 by MajorWen
[考研] 一志愿陕师大生物学071000，298分，求调剂 +3 SYA！ 2026-03-23 3/150 2026-03-23 19:09 by macy2011
[考研] 291 求调剂 +4 化工2026届毕业� 2026-03-21 5/250 2026-03-23 16:46 by 化工2026届毕业�
[考研] 350求调剂 +6 weudhdk 2026-03-19 6/300 2026-03-23 15:47 by tangyuan0840221
[考研] 070300，一志愿北航320求调剂 +3 Jerry0216 2026-03-22 5/250 2026-03-23 09:16 by 。。堂堂
[考研] 287求调剂 +8 晨昏线与星海 2026-03-19 9/450 2026-03-22 17:01 by i_cooler
[考研] 319求调剂 +4 小力气珂珂 2026-03-20 4/200 2026-03-22 15:53 by ColorlessPI
[考研] 303求调剂 +5 安忆灵 2026-03-22 6/300 2026-03-22 12:46 by 素颜倾城1988
[基金申请] 山东省面上项目限额评审 +4 石瑞0426 2026-03-19 4/200 2026-03-22 08:50 by Wei_ren
[考研] 286求调剂 +10 Faune 2026-03-21 10/500 2026-03-21 23:34 by 314126402
[考研] 材料学硕301分求调剂 +7 Liyouyumairs 2026-03-21 7/350 2026-03-21 22:31 by peike
[考研] 265求调剂 +12 梁梁校校 2026-03-19 14/700 2026-03-21 13:38 by lature00
[考研] 一志愿西南交大，求调剂 +5 材化逐梦人 2026-03-18 5/250 2026-03-21 00:26 by JourneyLucky
[考研] 304求调剂 +7 司空. 2026-03-18 7/350 2026-03-20 23:08 by JourneyLucky
[考研] 317求调剂 +5 申子申申 2026-03-19 9/450 2026-03-20 22:26 by JourneyLucky
[考研] 材料学硕297已过四六级求调剂推荐 +11 adaie 2026-03-19 11/550 2026-03-20 21:30 by laoshidan
[考研] 295复试调剂 +8 简木ChuFront 2026-03-19 8/400 2026-03-20 20:44 by zhukairuo
[考研] 求调剂 +3 eation27 2026-03-20 3/150 2026-03-20 19:32 by JourneyLucky
[考研] 085410人工智能专硕317求调剂（0854都可以） +4 xbxudjdn 2026-03-18 4/200 2026-03-20 09:07 by 不168
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭