24小时热门版块排行榜    

查看: 1528  |  回复: 6

天下枫叶

木虫 (著名写手)

[求助] 环糊精与药物模拟

设定环糊精糖苷键上氧原子所在平面为XY
平面, 环糊精的中心为坐标中心, 环糊精的中心轴
为Z 轴, 并设定环糊精大口方向(H2、H3 方向) 为
Z 轴正方向, 小口方向( H6 方向) 为Z 轴负方向。
客体( 萘普生) 分子分别从环糊精两侧沿Z 轴穿
过空腔, 步长为100 10- 6m,
以上是怎么设置啊,如坐标轴等,本人菜鸟,能解决问题,金币不是问题,先谢过了

最好是有贴图,谢谢
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)

» 本主题相关价值贴推荐,对您同样有帮助:

已阅   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

天下枫叶

木虫 (著名写手)

还有就是我从chem3D里导出的结构在GaussianView里不能计算
2楼2011-05-29 13:57:16
已阅   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

sealanlan

铁虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

天下枫叶(金币+2): ultraedit在哪里有,还有那个平面为XY,环糊精的中心为坐标中心,怎么设置 2011-05-31 19:46:55
引用回帖:
Originally posted by 天下枫叶 at 2011-05-29 13:57:16:
还有就是我从chem3D里导出的结构在GaussianView里不能计算

从chem3D导出的结构一般都不能直接用的,需要用ultraedit打开,参照标准的高斯输入文件格式进行修改,去读读高斯教程吧。
努力
3楼2011-05-31 17:16:23
已阅   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

sealanlan

铁虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

天下枫叶(金币+2): 关键是怎么设置坐标, 2011-05-31 19:47:37
引用回帖:
Originally posted by 天下枫叶 at 2011-05-29 13:55:20:
设定环糊精糖苷键上氧原子所在平面为XY
平面, 环糊精的中心为坐标中心, 环糊精的中心轴
为Z 轴, 并设定环糊精大口方向(H2、H3 方向) 为
Z 轴正方向, 小口方向( H6 方向) 为Z 轴负方向。
客体( 萘普生) 分子分 ...

初始结构不用太准确了,我贪图省事儿的时候就在gaussian view里边画个大概差不多,然后用低级组优化一下得到个大致结构,然后再具体优化吧。
努力
4楼2011-05-31 17:18:57
已阅   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

天下枫叶

木虫 (著名写手)

引用回帖:
Originally posted by sealanlan at 2011-05-31 17:18:57:
初始结构不用太准确了,我贪图省事儿的时候就在gaussian view里边画个大概差不多,然后用低级组优化一下得到个大致结构,然后再具体优化吧。

但是环糊精分子太大啊,还有怎么从CCDC里导出环糊精结构
5楼2011-06-02 10:51:51
已阅   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

天下枫叶

木虫 (著名写手)

引用回帖:
Originally posted by sealanlan at 2011-05-31 17:18:57:
初始结构不用太准确了,我贪图省事儿的时候就在gaussian view里边画个大概差不多,然后用低级组优化一下得到个大致结构,然后再具体优化吧。

那这个平面坐标轴,原点啊是怎么设置的
6楼2011-06-15 17:15:55
已阅   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

饭饭316

新虫 (小有名气)

我也不太懂,要对一个化合物进行结构优化,肯定要先画结构式。可是结构式该怎么画才能使优化出来的结构较为准确呢?求各位大虾帮忙解说解说下啊!
7楼2011-06-17 14:23:43
已阅   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 天下枫叶 的主题更新
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 0857调剂 +4 一ll半 2026-02-28 5/250 2026-03-02 02:33 by 908055542
[考研] 求调剂 +5 yunziaaaaa 2026-03-01 6/300 2026-03-01 23:57 by ccp273206157
[考研] 材料学硕318求调剂 +5 February_Feb 2026-03-01 5/250 2026-03-01 23:31 by L135790
[考研] 292求调剂 +6 yhk_819 2026-02-28 6/300 2026-03-01 23:23 by 向上的胖东
[考研] 0856材料与化工,270求调剂 +6 YXCT 2026-03-01 6/300 2026-03-01 23:21 by 向上的胖东
[考研] 265分求调剂不调专业和学校有行学上就 +6 礼堂丁真258 2026-02-28 8/400 2026-03-01 22:50 by jian_
[考研] 26考研报考西工大材料308分求调剂 +3 weizhong123 2026-03-01 3/150 2026-03-01 21:42 by 公瑾逍遥
[考研] 272求调剂 +6 田智友 2026-02-28 6/300 2026-03-01 21:40 by 公瑾逍遥
[考研] 0805总分292,求调剂 +7 幻想之殇 2026-03-01 7/350 2026-03-01 21:22 by 公瑾逍遥
[考研] 299求调剂 +3 Y墨明棋妙Y 2026-02-28 5/250 2026-03-01 21:01 by tangxiaotian
[考研] 298求调剂 +6 axyz3 2026-02-28 6/300 2026-03-01 19:00 by 18137688336
[考研] 272求调剂 +6 材紫有化 2026-02-28 6/300 2026-03-01 18:58 by 18137688336
[考研] 291分工科求调剂 +9 science饿饿 2026-03-01 10/500 2026-03-01 18:55 by 18137688336
[考研] 化工专硕348,一志愿985求调剂 +5 弗格个 2026-02-28 8/400 2026-03-01 17:25 by sunny81
[考研] 304求调剂 +6 曼殊2266 2026-02-28 7/350 2026-03-01 15:14 by wjLi2017
[考研] 317一志愿华南理工电气工程求调剂 +6 Soliloquy_Q 2026-02-28 11/550 2026-03-01 11:14 by 歌liekkas
[考博] 博士自荐 +4 kkluvs 2026-02-28 4/200 2026-03-01 10:19 by 馥安馥安
[基金申请] 面上模板改不了页边距吧? +5 ieewxg 2026-02-25 6/300 2026-03-01 00:10 by addressing
[考研] 085600材料工程一志愿中科大总分312求调剂 +8 吃宵夜1 2026-02-28 10/500 2026-02-28 20:27 by L135790
[考研] 276求调剂 +3 路lyh123 2026-02-28 4/200 2026-02-28 19:45 by 路lyh123
信息提示
请填处理意见