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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » 【求助】Alignment of Membrane and Protein选择中心的问题(已解决)
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nufang19a

金虫 (正式写手)

[交流] 【求助】Alignment of Membrane and Protein选择中心的问题(已解决) 已有3人参与

四聚体蛋白加了水盒子，也去删掉了badwater，POPE也建好了。下面：
第一步：Alignment of Membrane and Protein
我这个蛋白(1YMG)结晶体是单体，通过Substitution Matrix构建成的四聚体，现在这一步有个问题：
通过查询文献只知道了单体的中心（NPA），而四聚体的中心查不到，在膜教程第24页发现：
①set vest [atomselect $kcsamol "protein and resid 97 to 106"]
在这个命令中，我是否可以直接写“protein”？？
②还有就是为什么在这里$kcsa move [transxis z -25]非要旋转25°吗？？
③是否蛋白在镶嵌到膜中时有一定的规则，比如必须是卡在某几个疏水氨基酸上？？
第二步：Combination of Membrane and Protein
④和第一步衔接时，这一步有没有需要提醒的。

[ Last edited by nufang19a on 2011-3-3 at 19:32 ]
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1楼 2011-03-02 11:37:56
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nufang19a

金虫 (正式写手)
谢谢weishenme的帮助，这篇文章很好，虽然方法不一样，但真的很有帮助。谢谢您
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6楼2011-03-03 09:11:25
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nufang19a

金虫 (正式写手)
通过搜索发现了bay_golf618的两个与膜蛋白的帖子
http://www.mdbbs.org/viewthread. ... mp;highlight=%C4%A4     这个还有脚本
http://www.mdbbs.org/thread-20604-1-1.html
现在都不知道，到底是跟着bay_golf618写的走还是跟着教程走，因为他写的都很有说服力，我这菜鸟，晕啊。
其实第一步：Alignment of Membrane and Protein第二步：Combination of Membrane and Protein完全可以参照bay_golf618的http://www.mdbbs.org/viewthread. ... mp;highlight=%C4%A4  这个帖子做完

[ Last edited by nufang19a on 2011-3-2 at 11:57 ]
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2楼2011-03-02 11:41:24
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nufang19a

金虫 (正式写手)
自己顶上去，等结果

[ Last edited by nufang19a on 2011-3-2 at 16:51 ]
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3楼2011-03-02 12:01:23
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nufang19a

金虫 (正式写手)
就是天荒地老也要把它解决
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4楼2011-03-02 16:52:43
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