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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » 【求助】水盒子问题
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sphaeroides

新虫 (初入文坛)
还差半个金币，不容易啊，就让我刷半个吧
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11楼2010-06-30 16:58:30
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wujiangjie

木虫 (正式写手)
★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
lei0736(金币+2):谢谢 2010-06-30 21:12:47
引用回帖:
Originally posted by 574384607 at 2010-05-16 09:36:24:
文献中加的是spc水溶液，和自己建的有什么不同？namd中本身就自带这种类型的水吗，我现在还没用namd

LZ是想做什么体系，怎么用MS？在Gromacs和Amber里这两种水分子都有，一般都选用tip3p，不过选用spc也可以，它的计算量小些
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CQU_wjq
12楼2010-06-30 19:26:50
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coolrainbow

木虫 (著名写手)

未来国家冻凉
★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
lei0736(金币+1):谢谢 2010-06-30 22:32:06
引用回帖:
Originally posted by 574384607 at 2010-05-16 09:36:24:
文献中加的是spc水溶液，和自己建的有什么不同？namd中本身就自带这种类型的水吗，我现在还没用namd

如果用spc水，建议在gromacs下做，这样一致性较好
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技术博客：http://hi.baidu.com/coolrainbow/blog
13楼2010-06-30 21:27:19
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574384607

银虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by sphaeroides at 2010-06-30 16:58:30:
还差半个金币，不容易啊，就让我刷半个吧

不好意思啊，我的这个帖子没设置发放金币，我看了看也加不上金币啦
你可以每天冒险领金币，这样赚金币会快点，提示一下，一旦开始赔金币，就立即停上两天冒险，每天早上八点之前，冒险领金币赚的概率大
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14楼2010-07-01 09:01:50
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热血风无痕

新虫 (初入文坛)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
引用回帖:
5楼: Originally posted by 574384607 at 2010-05-16 11:04:25
这个添加的水不一样影响大不大？我看的几篇文献用的都是spc的，我用的是ms，没类型选项，想自己建水盒子不知何不合适?...

请问一下您的意思是MS自带SPC水模型吗？怎么从软件中找到这个模型呢？我是个新手，多谢指点，谢谢！
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15楼2013-04-22 17:25:30
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hanpeng972

木虫 (著名写手)

硬汉集中营
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
我最近也看到有人用VASP软件中的SPC和TIP3P/Fw力场进行水盒子的模拟，请问您用MS计算水盒子的问题解决了么？有计算依据了么？
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青春无悔
16楼2013-06-07 15:38:36
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shijipei

铜虫 (初入文坛)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
不同模型的水分子用的参数文件不同，只要在参数文件中改为自己谁模型的参数就可以了
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希望在这里可以学到更多知识，大家多指教哦。
17楼2014-04-24 10:24:14
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CQU_wjq

铁杆木虫 (著名写手)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
送红花一朵
引用回帖:
12楼: Originally posted by wujiangjie at 2010-06-30 19:26:50
LZ是想做什么体系，怎么用MS？在Gromacs和Amber里这两种水分子都有，一般都选用tip3p，不过选用spc也可以，它的计算量小些...

请问怎么在MS中选择tip3p，请原谅我的低级问题
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逆风奔跑。
18楼2014-07-09 23:36:03
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