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574384607

银虫 (小有名气)

[交流] 【求助】水盒子问题 已有12人参与

文献中加的是spc水溶液,和自己建的有什么不同?namd中本身就自带这种类型的水吗,我现在还没用namd
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wujiangjie

木虫 (正式写手)

★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
lei0736(金币+2):谢谢 2010-06-30 21:12:47
引用回帖:
Originally posted by 574384607 at 2010-05-16 09:36:24:
文献中加的是spc水溶液,和自己建的有什么不同?namd中本身就自带这种类型的水吗,我现在还没用namd

LZ是想做什么体系,怎么用MS?在Gromacs和Amber里这两种水分子都有,一般都选用tip3p,不过选用spc也可以,它的计算量小些

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12楼2010-06-30 19:26:50
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查看全部 18 个回答

chenshixua

木虫 (正式写手)

这个真的不清楚,抱歉
2楼2010-05-16 10:27:28
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574384607

银虫 (小有名气)

引用回帖:
Originally posted by chenshixua at 2010-05-16 10:27:28:
这个真的不清楚,抱歉

thank you all the same
3楼2010-05-16 10:56:34
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bay__gulf

金虫 (著名写手)

刘苏州

★ ★
574384607(金币+1): 2010-05-16 11:01:14
lei0736(金币+2):谢谢 2010-05-16 16:59:36
namd (准确说是vmd) 默认添加的是tip3p, 这个和spc 力场极为相似只有几个参数的不同
如果用charmm 力场, 推荐使用tip3p, 因为charmm 力场的参数是在tip3p 下拟合得到的, 这个最准确
4楼2010-05-16 10:57:05
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