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574384607

银虫 (小有名气)

[交流] 【求助】水盒子问题 已有12人参与

文献中加的是spc水溶液,和自己建的有什么不同?namd中本身就自带这种类型的水吗,我现在还没用namd
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hanpeng972

木虫 (著名写手)

硬汉集中营


小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
我最近也看到有人用VASP软件中的SPC和TIP3P/Fw力场进行水盒子的模拟,请问您用MS计算水盒子的问题解决了么?有计算依据了么?
青春无悔
16楼2013-06-07 15:38:36
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查看全部 18 个回答

chenshixua

木虫 (正式写手)

这个真的不清楚,抱歉
2楼2010-05-16 10:27:28
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574384607

银虫 (小有名气)

引用回帖:
Originally posted by chenshixua at 2010-05-16 10:27:28:
这个真的不清楚,抱歉

thank you all the same
3楼2010-05-16 10:56:34
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bay__gulf

金虫 (著名写手)

刘苏州

★ ★
574384607(金币+1): 2010-05-16 11:01:14
lei0736(金币+2):谢谢 2010-05-16 16:59:36
namd (准确说是vmd) 默认添加的是tip3p, 这个和spc 力场极为相似只有几个参数的不同
如果用charmm 力场, 推荐使用tip3p, 因为charmm 力场的参数是在tip3p 下拟合得到的, 这个最准确
4楼2010-05-16 10:57:05
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